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- PDB-2yko: Structure of the human LINE-1 ORF1p trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yko
タイトルStructure of the human LINE-1 ORF1p trimer
要素LINE-1 ORF1P
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN / GENOME EVOLUTION / NUCLEIC ACID CHAPERONE / RNP / COILED-COIL
機能・相同性
機能・相同性情報


retrotransposition / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / single-stranded DNA binding / single-stranded RNA binding / ribonucleoprotein complex / nucleotide binding / nucleolus / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L1 transposable element, RRM domain / L1 transposable element, C-terminal domain / L1 transposable element, trimerization domain / L1 transposable element trimerization domain / Transposase, L1 / L1 transposable element, dsRBD-like domain / L1 transposable element, C-terminal domain / L1 transposable element, RRM domain / L1 transposable element RBD-like domain / L1 transposable element dsRBD-like domain ...L1 transposable element, RRM domain / L1 transposable element, C-terminal domain / L1 transposable element, trimerization domain / L1 transposable element trimerization domain / Transposase, L1 / L1 transposable element, dsRBD-like domain / L1 transposable element, C-terminal domain / L1 transposable element, RRM domain / L1 transposable element RBD-like domain / L1 transposable element dsRBD-like domain / L1 transposable element, trimerization domain / Rec A Protein; domain 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein / LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Khazina, E. / Weichenrieder, O.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Trimeric Structure and Flexibility of the L1Orf1P Protein in Human L1 Retrotransposition
著者: Khazina, E. / Truffault, V. / Buettner, R. / Schmidt, S. / Coles, M. / Weichenrieder, O.
履歴
登録2011年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月24日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other
改定 1.22011年9月14日Group: Database references
改定 1.32012年10月10日Group: Database references
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LINE-1 ORF1P
B: LINE-1 ORF1P
C: LINE-1 ORF1P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1415
ポリマ－84,0703
非ポリマー712
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7240 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area34670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.690, 85.420, 111.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 LINE-1 ORF1P / ORF1 CODES FOR A 40 KDA PRODUCT


分子量: 28023.404 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 104-330 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FOLLOWING RESIDUES ARE SELENOMETHIONINES, M226, M230, M302, M323
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: Q15605, UniProt: Q9UN81*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 104 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 105 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 104 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 105 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 121 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 125 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 128 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 104 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 105 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, MET 121 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, MET 125 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, MET 128 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 104 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 105 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, MET 121 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, MET 125 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, MET 128 TO ILE
Has protein modificationY
配列の詳細THE FOLLOWING RESIDUES HAVE BEEN MUTATED, C104M, R105A, M121A, M125I, M128I. THE LAST 6 AMINO ACIDS ...THE FOLLOWING RESIDUES HAVE BEEN MUTATED, C104M, R105A, M121A, M125I, M128I. THE LAST 6 AMINO ACIDS ARE A HEXAHISTIDINE PURIFICATION TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
解説: SELENIUM SITES WERE IDENTIFIED IN DATA SET 2, COLLECTED AT 0.97868 A (SE K-EDGE PEAK).
結晶化pH: 7 / 詳細: 100 MM NA-HEPES PH7.0, 1.1 M NA-MALONATE

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.971000, 0.979868
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9711
20.9798681
反射解像度: 2.1→36.8 Å / Num. obs: 40087 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
PHASER位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRIES 2WPQ AND 2W7A

2wpq

2w7a


解像度: 2.1→36.824 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.91 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS WERE REFINED IN THE RIDING POSITIONS. SIDE-CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES WERE TRUNCATED AT CB ATOMS. CHAIN A, RESIDUES 110 TO 111. CHAIN B, RESIDUES 114 TO 116. CHAIN C, RESIDUE ...詳細: HYDROGENS WERE REFINED IN THE RIDING POSITIONS. SIDE-CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES WERE TRUNCATED AT CB ATOMS. CHAIN A, RESIDUES 110 TO 111. CHAIN B, RESIDUES 114 TO 116. CHAIN C, RESIDUE 113. THE FOLLOWING RESIDUES WERE MODELED AS DOUBLE CONFORMATIONS. CHAIN A, RESIDUES 155, 220. CHAIN B, RESIDUES 135, 201, 220, 322. CHAIN C, RESIDUES 130, 136, 256. THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED. CHAIN A, RESIDUES 104 TO 109, 190 TO 192, 204 TO 210, 324 TO 336. CHAIN B, RESIDUES 104 TO 113, 167 TO 171, 190 TO 194, 204 TO 210, 324 TO 336. CHAIN C, RESIDUES 104 TO 112, 204 TO 213, 324 TO 336.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2639 2013 5 %
Rwork0.2081 --
obs0.2109 40085 97.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.663 Å2 / ksol: 0.445 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.767 Å20 Å20 Å2
2--0.8396 Å20 Å2
3----1.6066 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.824 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4951 0 2 190 5143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125089
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2736828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5222087
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073755
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006888
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.15250.34631210.26592709X-RAY DIFFRACTION98
2.1525-2.21070.2891580.24382667X-RAY DIFFRACTION98
2.2107-2.27580.27061610.22412708X-RAY DIFFRACTION98
2.2758-2.34920.26411390.21132718X-RAY DIFFRACTION98
2.3492-2.43310.29341390.22172734X-RAY DIFFRACTION99
2.4331-2.53050.28571590.22282684X-RAY DIFFRACTION99
2.5305-2.64570.3051490.23372729X-RAY DIFFRACTION99
2.6457-2.78510.29641500.22132763X-RAY DIFFRACTION99
2.7851-2.95960.32951200.2142764X-RAY DIFFRACTION98
2.9596-3.18790.25271440.21852749X-RAY DIFFRACTION98
3.1879-3.50850.26821480.19572750X-RAY DIFFRACTION98
3.5085-4.01570.22731350.18412727X-RAY DIFFRACTION97
4.0157-5.05730.21871380.16822735X-RAY DIFFRACTION96
5.0573-36.82970.26531520.23492635X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2579-2.5998-0.53786.691.0251.0289-0.0727-0.012-0.24410.03960.0926-0.33320.33440.17970.00070.21320.02980.0070.2708-0.02350.238360.535582.346719.7769
24.01230.19521.14854.7888-0.44422.98780.17960.26650.2136-0.1919-0.0050.2091-0.3085-0.27740.00020.28850.05650.00370.38540.07990.343542.0097117.01845.6544
34.8985-0.995-0.40493.0876-1.06622.87580.1687-0.1470.60340.3068-0.09860.5379-0.15170.05540.00130.25950.00020.09040.2639-0.05060.421430.1592106.332632.2318
44.6737-1.05560.48484.32330.76822.7715-0.306-0.11990.38760.19010.119-0.0537-0.2739-0.1769-0.00410.3035-0.0186-0.01350.1828-0.03450.281856.6678122.832731.3748
50.0310.0868-0.1020.4316-0.55460.708-0.35960.22480.8471-0.35610.1407-0.07140.43150.3617-0.03060.33060.05-0.04190.2974-0.03480.372343.656595.61235.4894
60.16740.0096-0.0766-0.0032-0.04020.277-0.10240.0581-0.0765-0.1282-0.121-0.07850.8102-0.1121-0.00010.4618-0.02350.03680.3099-0.05710.266144.309792.189637.2413
70.21830.2415-0.30111.0064-0.38730.42860.2656-0.5689-0.16891.0559-0.2601-0.3566-0.05711.20930.01640.33830.0421-0.01090.55040.00970.415768.3027106.342223.5099
82.36250.6209-0.61891.8371-0.40482.5051-0.1671-0.1585-0.149-0.09240.11490.22461.5188-0.7642-0.00610.7618-0.1867-0.06290.5933-0.00450.310430.088588.14723.8069
91.0351-0.09710.8631.5738-0.2252.9365-0.1641-0.6415-0.06931.07040.0486-0.3858-0.94360.47630.02630.68580.0250.10210.42930.12450.289848.43593.910152.0651
102.2813-1.6838-1.21423.0724-0.7442.1370.6411-0.31990.4030.0892-0.2878-1.0947-0.30040.79610.00450.4477-0.07890.06920.6002-0.00470.643977.0458111.417612.2761
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND (RESSEQ 110:156)) OR (CHAIN B AND (RESSEQ 114:156)) OR (CHAIN C AND (RESSEQ 113:156))
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 157:189 OR RESSEQ 193:203 OR RESSEQ 211:252)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESSEQ 157:166 OR RESSEQ 172:189 OR RESSEQ 195:203 OR RESSEQ 211:252)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN C AND (RESSEQ 157:203 OR RESSEQ 214:252)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 253:265)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 253:265)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND (RESSEQ 253:265)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESSEQ 266:323)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 266:323)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN C AND (RESSEQ 266:323)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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