[日本語] English
万見
- PDB-2yiu: X-ray structure of the dimeric cytochrome BC1 complex from the so... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yiu
タイトルX-ray structure of the dimeric cytochrome BC1 complex from the soil bacterium paracoccus denitrificans at 2.7 angstrom resolution
要素
  • CYTOCHROME B
  • CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN
  • UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Single helix bin / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b ...Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Single helix bin / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / STIGMATELLIN A / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Cytochrome b / Cytochrome c1
類似検索 - 構成要素
生物種PARACOCCUS DENITRIFICANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kleinschroth, T. / Castellani, M. / Trinh, C.H. / Morgner, N. / Brutschy, B. / Ludwig, B. / Hunte, C.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2011
タイトル: X-Ray Structure of the Dimeric Cytochrome Bc(1) Complex from the Soil Bacterium Paracoccus Denitrificans at 2.7-A Resolution.
著者: Kleinschroth, T. / Castellani, M. / Trinh, C.H. / Morgner, N. / Brutschy, B. / Ludwig, B. / Hunte, C.
履歴
登録2011年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME B
B: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN
C: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT
D: CYTOCHROME B
E: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN
F: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,78316
ポリマ－200,6996
非ポリマー5,08410
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28390 Å2
ΔGint-336.7 kcal/mol
Surface area66310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.300, 164.910, 100.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 CYTOCHROME B


分子量: 51536.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: C-TERMINAL DECA-HIS TAG / 由来: (天然) PARACOCCUS DENITRIFICANS (バクテリア) / Variant: MK6 PMC1 (FBC-OPERON) / 株: PD1222 / 参照: UniProt: P05418, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN


分子量: 28491.744 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 25-450 / 由来タイプ: 天然
詳細: DELETION OF AMINO ACIDS 39 TO 201 COMPARED TO WILD-TYPE
由来: (天然) PARACOCCUS DENITRIFICANS (バクテリア) / Variant: MK6 PMC1 (FBC-OPERON) / 株: PD1222 / 参照: UniProt: P13627, quinol-cytochrome-c reductase
#3: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE / RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN / RISP


分子量: 20321.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PARACOCCUS DENITRIFICANS (バクテリア) / Variant: MK6 PMC1 (FBC-OPERON) / 株: PD1222 / 参照: UniProt: P05417, quinol-cytochrome-c reductase

-
非ポリマー , 5種, 16分子

#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-SMA / STIGMATELLIN A


分子量: 514.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O7
#6: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#7: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE (HEC): HEME C PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE (HEM): HEME B
配列の詳細NO C-TERMINAL DECA-HIS TAG IN THE DATABANK SEQUENCE. AMINO ACIDS 39-201(CHAINS B AND E) WERE ...NO C-TERMINAL DECA-HIS TAG IN THE DATABANK SEQUENCE. AMINO ACIDS 39-201(CHAINS B AND E) WERE DELETED IN THE MUTANT COMPARED TO THE WILD-TYPE SEQUENCE IN THE DATABASE. THE SEQUENCE BELOW IS THE ONE OF THE DELETION VARIANT. CHAIN, B, E. NUMBERING OF SUBUNIT CYT C1DELTAAC INCLUDES THE PREDICTED SIGNAL SEQUENCE (RESIDUES 1-24), BUT LACKS THE SEQUENCE FOR THE ACIDIC DOMAIN OF WILD-TYPE CYT C1 (RESIDUES 39-201 OF WILD-TYPE CYT C1).

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: 100 MM SODIUM ACETATE, PH 4.6, 50 MM NACL, 30% 2-METHYL 2,4-PENTANDIOL (MPD)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月8日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ MIRROR PAIR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR TWO SI III CRYSTALS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→54.97 Å / Num. obs: 70055 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 40.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QJY

2qjy


解像度: 2.7→97.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 11.368 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.629 / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29049 3535 5 %RANDOM
Rwork0.23766 ---
obs0.24033 66493 94.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.805 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å2-0.22 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----1.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→97.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12644 0 340 6 12990
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02213438
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7612.00618454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.76451606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.03223.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.929151898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6681558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21970
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6731.58034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.267212936
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94235404
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0214.55514
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 258 -
Rwork0.279 4683 -
obs--89.71 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る