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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yh9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the dimeric BamE from E. coli | ||||||
![]() | SMALL PROTEIN A | ||||||
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機能・相同性 | ![]() Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / protein-macromolecule adaptor activity / response to antibiotic / ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zeth, K. / Albrecht, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Outer Membrane Protein Biogenesis in Bacteria. 著者: Albrecht, R. / Zeth, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9907.614 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 34-113 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LIPOPROTEIN SMPA/BAME / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.62 % / 解説: NONE |
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結晶化![]() | pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG 4000, 10% I-PROH, 0.1 M HEPES PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 21093 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 25.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.8→22.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 6.828 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.797 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→22.29 Å
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拘束条件 |
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