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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ygk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the NurA nuclease from Sulfolobus solfataricus | ||||||
![]() | NURA | ||||||
![]() | HYDROLASE / DNA REPAIR / REPLICATION | ||||||
機能・相同性 | NurA domain / NurA domain / NurA / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / metal ion binding / : / DNA double-strand break repair nuclease NurA![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rzechorzek, N.J. / Blackwood, J.K. / Abrams, A.S. / Maman, J.D. / Robinson, N.P. / Pellegrini, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Insights Into DNA-End Processing by the Archaeal Hera Helicase-Nura Nuclease Complex. 著者: Blackwood, J.K. / Rzechorzek, N.J. / Abrams, A.S. / Maman, J.D. / Pellegrini, L. / Robinson, N.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 270.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 229.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.2952, 0.9554), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39649.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.5 詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE PH 4.5, 1 M LITHIUM CHLORIDE, 5% W/V PEG 6K, 50 MM MANGANESE CHLORIDE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→35.94 Å / Num. obs: 24087 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 1.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 2.5→35.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 28.798 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.01 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→35.94 Å
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拘束条件 |
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