[日本語] English
万見
- PDB-2ydx: Crystal structure of human S-adenosylmethionine synthetase 2, bet... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ydx
タイトルCrystal structure of human S-adenosylmethionine synthetase 2, beta subunit
要素METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA
キーワードOXIDOREDUCTASE / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase regulator activity / methionine adenosyltransferase complex / S-adenosylmethionine biosynthetic process / Methylation / one-carbon metabolic process / Ub-specific processing proteases / enzyme binding / extracellular exosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose reductase family / RmlD-like substrate binding domain / RmlD substrate binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / RESVERATROL / Chem-TXP / Methionine adenosyltransferase 2 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Shafqat, N. / Pike, A.C.W. / Yue, W.W. / Vollmar, M. / Papagriogriou, V. / Roos, A. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Kavanagh, K.L. ...Muniz, J.R.C. / Shafqat, N. / Pike, A.C.W. / Yue, W.W. / Vollmar, M. / Papagriogriou, V. / Roos, A. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Kavanagh, K.L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Insight Into S-Adenosylmethionine Biosynthesis from the Crystal Structures of the Human Methionine Adenosyltransferase Catalytic and Regulatory Subunits.
著者: Shafqat, N. / Muniz, J.R.C. / Pilka, E.S. / Papagrigoriou, E. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Yue, W.W.
履歴
登録2011年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA
B: METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA
C: METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA
D: METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA
E: METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,60140
ポリマ－177,7325
非ポリマー7,86935
水9,422523
1
B: METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA
ヘテロ分子

B: METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,45318
ポリマ－71,0932
非ポリマー3,36016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
Buried area9430 Å2
ΔGint-135.8 kcal/mol
Surface area25030 Å2
手法PISA
2
A: METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA
C: METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,20516
ポリマ－71,0932
非ポリマー3,11214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8910 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area25050 Å2
手法PISA
3
D: METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA
E: METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,16915
ポリマ－71,0932
非ポリマー3,07613
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-93.4 kcal/mol
Surface area24360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.389, 163.389, 252.882
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA / DTDP-4-KETO-6-DEOXY-D-GLUCOSE 4-REDUCTASE / METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE II BETA / MAT II BETA / ...DTDP-4-KETO-6-DEOXY-D-GLUCOSE 4-REDUCTASE / METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE II BETA / MAT II BETA / S-ADENOSYLMETHIONINE SYNTHETASE 2 / MAT2B


分子量: 35546.371 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 28-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q9NZL9

-
非ポリマー , 6種, 558分子

#2: 化合物
ChemComp-STL / RESVERATROL / レスベラト-ル


分子量: 228.243 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12O3
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-TXP / 1,4,5,6-TETRAHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 747.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H32N7O17P3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.09 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97926
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→58.96 Å / Num. obs: 78936 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 73.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 1.03 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 56

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.8→58.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9376 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9306 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=STL NAP SO4 CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=12675. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=STL NAP SO4 CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=12675. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=505. NUMBER TREATED BY BAD NON- BONDED CONTACTS=1.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1882 3936 4.99 %RANDOM
Rwork0.1675 ---
obs0.1686 78848 --
原子変位パラメータBiso mean: 64.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9622 Å20 Å20 Å2
2---4.9622 Å20 Å2
3---9.9244 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.382 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→58.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12090 0 506 523 13119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112966HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0917694HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5691SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes401HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1904HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12966HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.07
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1669SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14774SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2394 140 5.74 %
Rwork0.2505 2297 -
all0.2498 2437 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.57430.9323-0.95381.3008-0.93762.5861-0.04560.51370.1906-0.48510.1069-0.1248-0.13980.4647-0.0613-0.304-0.1311-0.01930.3040.0575-0.2224-11.7302-73.4411-13.1809
21.6868-2.3619-2.15421.131-0.85330.0661-0.0296-0.06730.163-0.0012-0.01320.1239-0.09880.02730.0428-0.0831-0.05540.15150.20340.06730.1069-25.0505-59.1401-2.7052
30.7682-0.08511.66371.74590.42241.366-0.02140.3150.1478-0.42440.03120.482-0.2986-0.0168-0.0098-0.2408-0.022-0.06930.19540.1235-0.1193-28.4635-71.7604-12.3305
40-0.99081.028601.46960.9757-0.02290.06670.0629-0.04550.00980.05890.0644-0.00570.0131-0.18080.0939-0.1520.27350.04540.0377-40.7882-79.5215-11.1265
52.65350.1543-0.35161.0091-0.14741.0622-0.05090.0330.2896-0.06950.08640.2231-0.1447-0.0816-0.0355-0.2611-0.0365-0.02890.18550.0492-0.0296-27.6797-76.76562.2556
61.0143-0.97160.60580.1835-0.16340.0066-0.00620.0576-0.0402-0.01930.02250.0155-0.14650.019-0.0162-0.3021-0.05370.02660.28160.070.219-38.7765-71.96084.6542
70.8259-0.23930.91450.01020.04070.5644-0.0388-0.0921-0.07850.11610.01350.10040.13970.22560.0252-0.304-0.0385-0.02890.3040.0116-0.1442-23.6441-85.25692.7999
82.3618-1.62130.66430.2313-1.54764.56450.01840.01940.06260.2360.02890.1297-0.03380.1076-0.0473-0.268-0.10140.00410.304-0.0972-0.0962-11.9577-71.043927.7681
94.3947-0.92290.51433.8440.09512.1525-0.0404-0.5349-0.5442-0.18080.04470.01330.34540.3417-0.0043-0.28530.0771-0.0030.05390.10740.1132-64.7466-89.129212.8379
102.28982.18220.16760.09290.85222.24020.0142-0.0838-0.00320.0649-0.06320.0361-0.11640.04970.049-0.2150.1124-0.0560.3027-0.14620.0423-68.2612-77.912431.3634
113.6248-0.4305-0.59560-0.0140.4156-0.0762-0.54420.13780.4160.0549-0.44710.08160.22380.0214-0.3040.0844-0.06620.304-0.0927-0.0998-54.6872-76.343724.0281
125.8977-0.86160.07472.31120.40021.188-0.1724-0.54420.5442-0.0310.01670.1404-0.28530.13480.1557-0.28230.0085-0.03410.0814-0.11350.1067-63.4603-69.942414.5426
130.89342.6001-1.40636.10782.91041.49510.0143-0.52570.54420.2230.17460.3955-0.24990.0275-0.189-0.3040.1033-0.0201-0.3035-0.1520.304-71.7561-54.956418.3553
142.108-1.4276-1.314300.61182.36940.0214-0.16850.5442-0.0830.1519-0.0795-0.32560.2406-0.1733-0.304-0.0311-0.0114-0.1673-0.06090.2581-64.5188-65.61069.5112
152.7823-0.727-1.23080.39362.50770.003-0.0018-0.0848-0.04840.171-0.00390.1209-0.187-0.01550.0056-0.2876-0.0551-0.0504-0.0235-0.1520.304-94.187-60.904715.0422
164.762301.84481.4631-0.15085.44960.0437-0.5418-0.22180.31160.0074-0.22660.32880.128-0.051-0.2236-0.0258-0.03610.21990.051-0.1053-0.4064-95.628121.951
171.58390.47451.93785.117-1.24180.16180.0409-0.2482-0.5442-0.07620.0297-0.22890.34980.0603-0.0706-0.08590.049-0.04310.14790.152-0.07-1.5411-109.79720.2229
181.5318-0.0112-2.46133.5193-0.2752.2571-0.0539-0.373-0.54420.0620.11550.15460.4374-0.0345-0.06160.0567-0.1108-0.0537-0.05360.1520.0856-13.6178-116.23117.9584
192.320.71970.1011.4620.55375.7256-0.0960.298-0.5386-0.10410.07280.08490.5424-0.32110.0232-0.2678-0.0845-0.04650.0997-0.0229-0.1109-13.7428-103.9843.5078
200.52021.30071.43222.80151.88751.80740.05410.0784-0.3848-0.13160.17050.18780.2971-0.096-0.2246-0.0559-0.152-0.01880.13130.00270.0746-17.7544-115.5836.4116
214.5081.71820.78270.90761.05080.76560.05390.0133-0.1464-0.0394-0.11790.166-0.0064-0.04260.064-0.2918-0.1184-0.03950.18530.0604-0.1479-20.549-97.42558.4847
226.184-2.03162.50584.5812.37960.89950.017-0.06750.0133-0.11270.0017-0.1727-0.05570.1066-0.0187-0.3029-0.10080.01160.304-0.028-0.2796-6.0194-92.7809-8.7613
2302.0276-1.24550.21251.91950.22980.03280.0805-0.1497-0.08860.00060.02710.12190.0805-0.0334-0.304-0.152-0.05960.304-0.0592-0.17872.332-99.5486-19.6946
242.819-0.48550.04931.5383-1.20526.805-0.215-0.46550.0190.12390.209-0.11110.54420.18990.0060.0130.02750.02320.23890.0509-0.304-10.5843-91.497-41.4763
252.7616-0.12371.17261.9754-0.59081.0485-0.16850.1192-0.54420.15040.1020.38620.5442-0.51150.06650.0204-0.1520.1520.3040.023-0.304-27.873-98.8521-44.8498
262.488-0.19930.32651.24410.57743.9486-0.21230.305-0.2392-0.1531-0.05180.39060.3685-0.54420.2641-0.1632-0.1081-0.00730.3040.0192-0.304-26.8635-87.6084-58.097
270-2.8753-0.421400.20780.70570.010.1822-0.1042-0.1198-0.02750.0248-0.0240.05650.01750.0529-0.12180.02430.1577-0.0754-0.2335-10.811-91.2465-78.526
281.8382-0.7318-0.53650-0.60096.4351-0.02720.35370.1612-0.24990.032-0.062-0.39560.4054-0.00470.17190.01820.0078-0.02320.0231-0.2497-2.4255-68.056-76.6497
296.3742.1523-0.99286.026-0.13180-0.04810.07340.5390.03790.1666-0.1432-0.18180.082-0.11850.30350.0363-0.0832-0.29260.0999-0.2838-5.3585-54.1342-74.932
300.0067-1.85361.48823.1177-1.09342.1691-0.0502-0.01890.214-0.13510.1341-0.0711-0.189-0.3522-0.08390.3040.152-0.0985-0.3040.0381-0.3029-19.0864-48.7227-70.3593
312.6985-0.59110.57361.1098-0.89473.338-0.0611-0.25870.5-0.17450.10550.1411-0.30170.1367-0.04440.3030.152-0.007-0.0836-0.0484-0.301-11.4087-60.0182-62.7523
322.3076-1.3515-0.24920.62990.90584.8068-0.1879-0.52290.35650.14760.14530.068-0.5442-0.54420.04260.19070.1520.04870.0915-0.014-0.2945-18.8175-59.8544-58.003
3300.44521.68370.66470.69625.88620.0928-0.09880.23820.0565-0.11750.2367-0.3476-0.33630.0246-0.00990.152-0.00550.25660.0922-0.3037-17.823-66.5539-57.7815
340.0112-0.7780.856600.04350.16260-0.04170.10370.03450.00570.0204-0.00060.033-0.00570.0610.11270.02740.1824-0.1512-0.1548-0.6748-63.0066-34.8271
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 27:95
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 96:111
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 112:147
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 148:152
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESID 153:287
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND RESID 288:292
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND RESID 293:324
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND RESID 325:338
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND RESID 27:95
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND RESID 96:111
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND RESID 112:171
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND RESID 172:253
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND RESID 254:289
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND RESID 290:325
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND RESID 326:338
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND RESID 27:91
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND RESID 92:135
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND RESID 136:176
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN C AND RESID 177:279
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN C AND RESID 280:301
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN C AND RESID 302:315
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN C AND RESID 316:327
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN C AND RESID 328:338
24X-RAY DIFFRACTION25CHAIN D AND RESID 96:172
25X-RAY DIFFRACTION26CHAIN D AND RESID 173:318
26X-RAY DIFFRACTION27CHAIN D AND RESID 319:338
27X-RAY DIFFRACTION28CHAIN E AND RESID 27:91
28X-RAY DIFFRACTION29CHAIN E AND RESID 92:135
29X-RAY DIFFRACTION30CHAIN E AND RESID 136:170
30X-RAY DIFFRACTION31CHAIN E AND RESID 171:204
31X-RAY DIFFRACTION32CHAIN E AND RESID 205:290
32X-RAY DIFFRACTION33CHAIN E AND RESID 291:328
33X-RAY DIFFRACTION34CHAIN E AND RESID 329:337

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る