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- PDB-2ydy: Crystal structure of human S-adenosylmethionine synthetase 2, bet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ydy
タイトルCrystal structure of human S-adenosylmethionine synthetase 2, beta subunit in Orthorhombic crystal form
要素METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase regulator activity / methionine adenosyltransferase complex / S-adenosylmethionine biosynthetic process / Methylation / one-carbon metabolic process / Ub-specific processing proteases / enzyme binding / extracellular exosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose reductase family / RmlD-like substrate binding domain / RmlD substrate binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methionine adenosyltransferase 2 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Yue, W.W. / Shafqat, N. / Muniz, J.R.C. / Pike, A.C.W. / Chaikuad, A. / Allerston, C.K. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Kavanagh, K.L. / Arrowsmith, C.H. ...Yue, W.W. / Shafqat, N. / Muniz, J.R.C. / Pike, A.C.W. / Chaikuad, A. / Allerston, C.K. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Kavanagh, K.L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Insight Into S-Adenosylmethionine Biosynthesis from the Crystal Structures of the Human Methionine Adenosyltransferase Catalytic and Regulatory Subunits.
著者: Shafqat, N. / Muniz, J.R.C. / Pilka, E.S. / Papagrigoriou, E. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Yue, W.W.
履歴
登録2011年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1515
ポリマ－35,8281
非ポリマー3244
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.980, 111.770, 123.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1328-

CL

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要素

#1: タンパク質 METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA / DTDP-4-KETO-6-DEOXY-D-GLUCOSE 4-REDUCTASE / METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE II BETA / MAT II BETA S- ...DTDP-4-KETO-6-DEOXY-D-GLUCOSE 4-REDUCTASE / METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE II BETA / MAT II BETA S-ADENOSYLMETHIONINE SYNTHETASE 2\ / BETA SUBUNIT / MAT2B


分子量: 35827.738 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 17-323 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q9NZL9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月9日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→61.61 Å / Num. obs: 15419 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 32.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.17→2.29 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.25→28.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9315 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=SO4 CL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2099. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=15. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=SO4 CL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2099. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=15. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=1.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2175 641 5.1 %RANDOM
Rwork0.1751 ---
obs0.1773 12589 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.5677 Å20 Å20 Å2
2--3.1742 Å20 Å2
3----10.7419 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→28.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2010 0 16 80 2106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092076HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.972823HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d946SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes51HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes304HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2076HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.78
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion272SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2416SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.46 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 161 5.52 %
Rwork0.1846 2754 -
all0.1867 2915 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00052.84682.14333.1999-0.6620.86720.00970.0222-0.1904-0.10580.14510.12320.2067-0.1814-0.1547-0.0608-0.0092-0.0362-0.1319-0.02570.0794-17.7109-19.83544.881
23.53640.43611.21984.66182.7281.06060.02650.1153-0.37590.002-0.02570.02790.2424-0.1655-0.0008-0.01230.0204-0.0375-0.1605-0.07650.0317-14.8985-26.92764.646
31.60352.88570.99912.1419-2.07643.71670.03460.0689-0.11610.0517-0.00120.01520.05550.0277-0.03330.29540.0537-0.0657-0.20050.0640.1498-9.6104-27.621116.744
42.6067-0.5842-0.26372.0805-0.05911.080.0352-0.3205-0.22480.3070.0489-0.10170.25570.2572-0.0841-0.05730.0055-0.0094-0.0490.0173-0.0107-5.5082-10.207321.0202
55.4287-2.34650.68261.4676-0.2281.36640.0901-0.2115-0.05270.13850.0293-0.04630.0466-0.061-0.1194-0.075-0.03360.0291-0.097-0.01920.062-21.0781-5.640514.9853
60.54070.47820.21630.67080.00830.8932-0.0111-0.0328-0.02310.04740.08010.0298-0.09370.1156-0.069-0.03670.0070.0074-0.0747-0.0115-0.0108-14.6068-0.681112.8514
70.0264-0.58560.45630.1014-0.06330.5257-0.0011-0.1139-0.03680.03140.00830.0078-0.01040.005-0.0072-0.005-0.0269-0.0148-0.0293-0.05790.0275-10.69961.273226.0404
80.0454-0.2720.42030.98730.29820.6245-0.02040.15350.1016-0.16710.0727-0.0994-0.17110.0412-0.0523-0.0387-0.00190.00430.0236-0.01030.0088-15.4651-1.63665.8918
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 28 - 48)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 49 - 92)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 93 - 128)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 129 - 170)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 171 - 211)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESIDUE 288 - 292)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESIDUE 288 - 292)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESIDUE 293 - 324)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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