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万見
- PDB-2ydj: Discovery of Checkpoint Kinase Inhibitor AZD7762 by Structure Bas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ydj
タイトルDiscovery of Checkpoint Kinase Inhibitor AZD7762 by Structure Based Design and Optimization of Thiophene Carboxamide Ureas
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK1
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleus organization ...negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleus organization / negative regulation of gene expression, epigenetic / cellular response to caffeine / Transcriptional Regulation by E2F6 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / replicative senescence / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of cell cycle / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Activation of ATR in response to replication stress / regulation of signal transduction by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / replication fork / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / peptidyl-threonine phosphorylation / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Signaling by SCF-KIT / G2/M DNA damage checkpoint / cellular response to mechanical stimulus / G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cell population proliferation / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA replication / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / chromatin remodeling / protein phosphorylation / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / chromatin / apoptotic process / protein-containing complex / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-YDJ / Serine/threonine-protein kinase Chk1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Read, J.A. / Breed, J. / Haye, H. / McCall, E. / Rowsell, S. / Vallentine, A. / White, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery of Checkpoint Kinase Inhibitor (S)-5-(3-Fluorophenyl)-N-(Piperidin-3-Yl)-3-Ureidothiophene-2-Carboxamide (Azd7762) by Structure-Based Design and Optimization of Thiophenecarboxamide Ureas.
著者: Oza, V. / Ashwell, S. / Almeida, L. / Brassil, P. / Breed, J. / Deng, C. / Gero, T. / Grondine, M. / Horn, C. / Ioannidis, S. / Liu, D. / Lyne, P. / Newcombe, N. / Pass, M. / Read, J.A. / ...著者: Oza, V. / Ashwell, S. / Almeida, L. / Brassil, P. / Breed, J. / Deng, C. / Gero, T. / Grondine, M. / Horn, C. / Ioannidis, S. / Liu, D. / Lyne, P. / Newcombe, N. / Pass, M. / Read, J.A. / Ready, S. / Rowsell, S. / Su, M. / Toader, D. / Vasbinder, M. / Yu, D. / Yu, Y. / Xue, Y. / Zabludoff, S. / Janetka, J.
履歴
登録2011年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Other
改定 1.22013年3月27日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK1
B: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7256
ポリマ－63,8102
非ポリマー9154
水7,458414
1
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3623
ポリマ－31,9051
非ポリマー4572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3623
ポリマ－31,9051
非ポリマー4572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.004, 64.854, 119.999
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK1 / CHK1 CHECKPOINT KINASE


分子量: 31904.863 Da / 分子数: 2 / 断片: CHK1KD, RESIDUES 1-276 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14757, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-YDJ / 5-(3-fluorophenyl)-N-[(3S)-3-piperidyl]-3-ureido-thiophene-2-carboxamide / AZD-7762


分子量: 362.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19FN4O2S
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→43.76 Å / Num. obs: 46087 / % possible obs: 84.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.44 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 2.35 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 78.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→43.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 8.253 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27423 2369 5.1 %RANDOM
Rwork0.22855 ---
obs0.23094 43718 84.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.154 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å20.25 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→43.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4114 0 60 414 4588
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2431.9825811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83137132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7795503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.09924.3207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60715751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1181528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02835
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6011.52529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.121.51014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10624094
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.60631761
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5194.51717
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 141 -
Rwork0.277 2939 -
obs--76.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.62210.0571-0.16130.50590.00240.66070.0237-0.02980.00180.0696-0.0215-0.00870.0458-0.0411-0.00220.0196-0.0027-0.00430.0101-0.00230.0018-7.9451-0.003451.5252
20.72420.0290.0640.52530.01970.82430.04010.07240.0464-0.0706-0.0118-0.0259-0.0601-0.0185-0.02830.02080.00320.010.01390.00490.0060.770914.91127.7125
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 269
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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