[日本語] English
万見
- PDB-2ybx: Crystal Structure of Human Phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ybx
タイトルCrystal Structure of Human Phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
要素PHOSPHATIDYLINOSITOL-5-PHOSPHATE 4-KINASE TYPE-2 ALPHA
キーワードTRANSFERASE / KINASE / SIGNALLING
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle-mediated cholesterol transport / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / megakaryocyte development / PI5P Regulates TP53 Acetylation ...vesicle-mediated cholesterol transport / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / megakaryocyte development / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / autophagosome / photoreceptor outer segment / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / photoreceptor inner segment / regulation of autophagy / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / lysosome / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase Iibeta; Chain: A, domain 2 / 2-Layer Sandwich / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. ...Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase Iibeta; Chain: A, domain 2 / 2-Layer Sandwich / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Tresaugues, L. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Ekblad, T. / Flodin, S. / Graslund, S. ...Tresaugues, L. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Ekblad, T. / Flodin, S. / Graslund, S. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Kouznetsova, E. / Nyman, T. / Persson, C. / Schuler, H. / Siponen, M.I. / Thorsell, A.G. / Wahlberg, E. / Weigelt, J. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Phosphatidylinositol-5-Phosphate 4-Kinase Type-2 Alpha
著者: Tresaugues, L. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Ekblad, T. / Flodin, S. / Graslund, S. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Kouznetsova, ...著者: Tresaugues, L. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Ekblad, T. / Flodin, S. / Graslund, S. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Kouznetsova, E. / Nyman, T. / Persson, C. / Schuler, H. / Siponen, M.I. / Thorsell, A.G. / Wahlberg, E. / Weigelt, J. / Nordlund, P.
履歴
登録2011年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATIDYLINOSITOL-5-PHOSPHATE 4-KINASE TYPE-2 ALPHA
B: PHOSPHATIDYLINOSITOL-5-PHOSPHATE 4-KINASE TYPE-2 ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7213
ポリマ－90,6262
非ポリマー951
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-13.8 kcal/mol
Surface area30440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.040, 98.508, 104.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99988, 0.01034, -0.01175), (0.0059, 0.94451, 0.32844), (0.0145, 0.32833, -0.94445)
ベクター: -28.93359, -6.85638, 41.15516)

-
要素

#1: タンパク質 PHOSPHATIDYLINOSITOL-5-PHOSPHATE 4-KINASE TYPE-2 ALPHA / 1-PHOSPHATIDYLINOSITOL-5-PHOSPHATE 4-KINASE 2-ALPHA / DIPHOSPHOINOSITIDE KINASE 2-ALPHA / PIP5KIII ...1-PHOSPHATIDYLINOSITOL-5-PHOSPHATE 4-KINASE 2-ALPHA / DIPHOSPHOINOSITIDE KINASE 2-ALPHA / PIP5KIII / PHOSPHATIDYLINOSITOL-5-PHOSPHATE 4-KINASE TYPE II ALPHA / PI(5)P 4-KINASE TYPE II ALPHA / PIP4KII-ALPHA / PTDINS(4)P-5-KINASE B ISOFORM / PTDINS(4)P-5-KINASE C ISOFORM / PTDINS(5)P-4-KINASE ISOFORM 2-ALPHA


分子量: 45312.984 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 35-405 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PHOSPHORYL-ASPARTATE INTERMEDIATE IN POSITION 359 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: MAMMALIAN GENE COLLECTION (MGC) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 PRARE
参照: UniProt: P48426, 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, 16% PEG3350, 2 MM BENZYL(1,3,5)TRIPHOSPHATE, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→28.47 Å / Num. obs: 28302 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 55.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.56→2.7 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BO1

1bo1


解像度: 2.56→28.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8661 / SU R Cruickshank DPI: 0.428 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.401 / SU Rfree Blow DPI: 0.259 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.267
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2383 1444 5.11 %RANDOM
Rwork0.1881 ---
obs0.1907 28285 97.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.5792 Å20 Å2-4.0507 Å2
2---21.349 Å20 Å2
3---5.7697 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.314 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→28.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5210 0 5 121 5336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015362HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.077245HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2508SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes148HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes759HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5362HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.21
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion677SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6124SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.56→2.66 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 147 5.04 %
Rwork0.2315 2769 -
all0.2339 2916 -
obs--97.94 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る