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- PDB-2yb5: Structure of the fusidic acid resistance protein FusC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yb5
タイトルStructure of the fusidic acid resistance protein FusC
要素PUTATIVE FUSIDIC ACID RESISTANCE PROTEIN
キーワードTRANSLATION / ANTIBIOTIC RESISTANCE / ZINC FINGER
機能・相同性
機能・相同性情報


3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase - #250 / Elongation factor G-binding protein, N-terminal / Elongation factor G-binding protein, C-terminal treble-clef zinc-finger / EF-G binding protein, N-terminal domain superfamily / Elongation factor G-binding protein, N-terminal / FBP C-terminal treble-clef zinc-finger / Monooxygenase / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-dehydroquinate dehydratase short=3-dehydroquinase / :
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cox, G. / Edwards, T.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Ribosome Clearance by Fusb-Type Proteins Mediates Resistance to the Antibiotic Fusidic Acid
著者: Cox, G. / Thompson, G.S. / Jenkins, H.T. / Homans, S.W. / Edwards, T.A. / Oneill, A.J.
履歴
登録2011年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Other
改定 1.22015年9月23日Group: Data collection
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE FUSIDIC ACID RESISTANCE PROTEIN
F: PUTATIVE FUSIDIC ACID RESISTANCE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,48212
ポリマ－50,8542
非ポリマー62710
水3,387188
1
A: PUTATIVE FUSIDIC ACID RESISTANCE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4932
ポリマ－25,4271
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
F: PUTATIVE FUSIDIC ACID RESISTANCE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,98910
ポリマ－25,4271
非ポリマー5629
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.150, 109.610, 61.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE FUSIDIC ACID RESISTANCE PROTEIN / FUSC


分子量: 25427.182 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-212 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C4 ZINC FINGER, C155, C158, C188, C194 COORDINATE CENTRAL ZINC ION
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
株: MSSA476 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q6GD50, UniProt: M1XHT1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.77 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 20% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M TRIS-HCL PH 8.0, 0.2M AMMONIUM ACETATE.

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
31101
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンDiamond I0211.28
シンクロトロンDiamond I0321.28
シンクロトロンDiamond I0431.28
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC CCD1CCD2010年8月4日MIRRORS
ADSC CCD2CCD2010年8月4日MIRRORS
ADSC CCD3CCD2010年8月4日MIRRORS
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI FILTERSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SI FILTERSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SI FILTERSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 25179 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXPHASER RESOLVE ARPWARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 13.538 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28773 1283 5.1 %RANDOM
Rwork0.21334 ---
obs0.21716 23797 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.877 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å2-0.15 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3454 0 34 188 3676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223536
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1081.9674731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79136076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6425416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.21726.127173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02115708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.104157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02662
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6691.52086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1031.5842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24123394
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.48931450
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5034.51337
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 98 -
Rwork0.301 1723 -
obs--97.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2697-0.0325-1.56555.1935.29138.21440.1459-0.07030.0634-0.7837-0.44410.3396-1.2458-0.58040.29820.70570.21340.17030.1202-0.03530.2386-8.87422.3367.281
21.13320.7603-1.53951.4996-0.46744.67550.0831-0.11590.0454-0.06130.0025-0.00150.3809-0.0091-0.08570.39030.02150.08020.25410.02230.1637-2.793-5.6-0.13
32.35630.36890.3763.1295-0.23762.7084-0.16930.068-0.0911-0.36080.40850.22970.1196-0.1478-0.23920.469-0.04960.08340.22770.08190.173-11.393-16.50721.636
40.31810.1241-0.78853.7185-1.10792.22510.0589-0.01110.0790.0920.2347-0.0925-0.2187-0.0789-0.29360.33820.00510.13590.2995-0.03540.2181-3.1369.46230.956
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2A83 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3F2 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4F75 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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