PDB-2yaz: The Crystal Structure of Leishmania major dUTPase in complex dUMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yaz

タイトル

The Crystal Structure of Leishmania major dUTPase in complex dUMP

要素

DUTPASE

キーワード

HYDROLASE / LEISHMANIASIS

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Hemsworth, G.R. / Moroz, O.V. / Fogg, M.J. / Scott, B. / Bosch-Navarrete, C. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of the Leishmania Major Deoxyuridine Triphosphate Nucleotidohydrolase in Complex with Nucleotide Analogues, Dump, and Deoxyuridine.
著者: Hemsworth, G.R. / Moroz, O.V. / Fogg, M.J. / Scott, B. / Bosch-Navarrete, C. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2011年2月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yaz.cif.gz	414.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yaz.ent.gz	342.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yaz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yaz_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yaz_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	2yaz_validation.xml.gz	36.6 KB	表示
CIF形式データ	2yaz_validation.cif.gz	49.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/2yaz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/2yaz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cicC 2cjeSC 2yayC 2yb0C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2yb0-1 5gnh-3 2cje-1 6gg2-d 2yb0-2 4na0-2 4nk5-3 2h9v-d 1zsq-d 4b1h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DUTPASE

B: DUTPASE

D: DUTPASE

E: DUTPASE

ヘテロ分子

124 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DUTPASE

B: DUTPASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: DUTPASE

E: DUTPASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
62.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.110, 109.110, 309.311
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	DUTPASE / DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE (DUTP DIPHOSPHATASE) / DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE 分子量: 30609.850 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア) 株: 252 / プラスミド: PET-YSBLLIC3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15826, dUTP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.32 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M NACL, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 1.5 M (NH4)2 SO4.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→54.6 Å / Num. obs: 84915 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CJE

2cje

解像度: 2.4→103.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 12.142 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22532	4239	5 %	RANDOM
R_work	0.20268	-	-	-
obs	0.20383	80604	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.832 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0.03 Å²	0 Å²
2-	-	0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→103.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7979	0	103	35	8117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	8271
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.314	1.953	11315
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.374	5	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.093	24.72	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.122	15	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.157	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	6343
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.2	1.5	5172
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.687	2	8258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.791	3	3099
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.482	4.5	3057
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.396→2.458 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	278	-
R_work	0.314	5867	-
obs	-	-	99.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2236	0.4597	0.2582	2.6492	0.0439	3.2653	0.1481	-0.2454	-0.1819	0.4757	-0.1414	0.0504	0.0401	-0.0494	-0.0066	0.2528	-0.161	-0.0348	0.137	0.0178	0.1577	-27.009	43.806	-5.597
2	6.461	0.666	-2.5354	3.3879	-2.3389	5.653	0.0698	-0.1749	-0.6879	0.1428	-0.1527	-0.016	0.6694	0.2079	0.0829	0.3708	-0.0675	-0.041	0.1415	0.0018	0.3618	-22.008	26.774	-15.529
3	2.0134	0.2498	0.3428	4.2758	-0.6069	2.7911	0.0323	0.0035	0.0793	0.2172	-0.0537	-0.2418	-0.255	0.2055	0.0213	0.2974	-0.1946	-0.057	0.1849	0.0015	0.2013	-12.859	62.868	-6.594
4	5.366	-2.339	1.8646	7.9369	1.1769	6.6831	-0.1693	0.9676	-0.1598	-0.4002	0.0102	-0.7124	0.0268	0.7989	0.1591	0.5168	-0.3361	0.0481	0.4962	0.0775	0.4154	-3.708	73.472	-20.216
5	2.712	-0.4762	-0.4118	1.6172	-0.0031	3.9649	0.056	0.6456	-0.1401	-0.1287	-0.076	-0.1788	0.214	0.2209	0.02	0.0346	-0.0145	-0.0202	0.4864	-0.0492	0.219	-24.525	41.456	-46.63
6	3.6462	1.0969	-2.2695	7.2818	-1.1373	5.5753	-0.326	0.4018	-0.6755	-0.2879	0.0613	-0.3886	0.8015	0.4566	0.2648	0.1806	0.1022	-0.0141	0.5748	-0.1019	0.4753	-10.094	28.984	-40.962
7	3.934	-0.3926	-0.2507	2.2161	0.049	3.8684	0.1015	0.3956	-0.2207	-0.0604	-0.0352	0.127	0.1145	-0.3021	-0.0664	0.0227	-0.0519	-0.0504	0.4871	-0.0535	0.2553	-48.328	40.776	-46.701
8	4.9512	-2.9743	0.5305	6.2715	1.5275	7.6794	0.2206	-0.3273	-0.9222	0.6111	-0.0028	0.1243	0.9997	-0.5631	-0.2179	0.2328	-0.2139	-0.0346	0.7543	0.0502	0.5748	-62.256	33.032	-35.056

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	176 - 264
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 195
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	196 - 264
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	8 - 195
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	196 - 264
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	8 - 195
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	196 - 264

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関連情報:EMDBヘッダ

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