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- PDB-2yal: SinR, Master Regulator of biofilm formation in Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yal
タイトルSinR, Master Regulator of biofilm formation in Bacillus subtilis
要素HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SINR
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATOR / ANTAGONIST / SPORULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


sporulation resulting in formation of a cellular spore / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
SinR repressor/SinI anti-repressor, dimerisation domain / SinR repressor/SinI anti-repressor, dimerisation domain superfamily / Anti-repressor SinI / Sin domain profile. / : / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / HTH-type transcriptional regulator SinR
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Colledge, V.L. / Fogg, M.J. / Levdikov, V.M. / Leech, A. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure and Organisation of Sinr, the Master Regulator of Biofilm Formation in Bacillus Subtilis.
著者: Colledge, V.L. / Fogg, M.J. / Levdikov, V.M. / Leech, A. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録2011年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月10日Group: Database references / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年11月20日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SINR
B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SINR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9423
ポリマ－9,8832
非ポリマー591
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-24.6 kcal/mol
Surface area5170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.117, 36.117, 250.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.77051, 0.3865, 0.50689), (0.35904, -0.39393, 0.84612), (0.5267, 0.83393, 0.16476)
ベクター: 7.49792, -8.23566, 2.7411)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SINR / SINR


分子量: 4941.554 Da / 分子数: 2 / 断片: OLIGOMERISATION DOMAIN, RESIDUES 75-111 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GPA TAG AT N-TERMINUS, NI BOUND BETWEEN N-TERMINI OF A CHAIN AND SYMMETRY EQUIVALENT OF THE B CHAIN
由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06533
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
非ポリマーの詳細NICKEL (NI): THERE IS AN ANOMALOUS SCATTERER ASSIGNED AS NI BRIDGING THE N-TERMINI OF THE A AND B CHAINS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 18% PEG MME2000, 0.16 M TRIS PH 8.5,0.01 M NI(II) CHLORIDE, 0.1 M MGCL2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9789
検出器日付: 2009年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 4405 / % possible obs: 85.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 59.6
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 42.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0108精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BON (A 74-110, B)

1bon


解像度: 2.27→41.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / SU B: 34.725 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.45 / ESU R Free: 0.425 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED. THE GEOMETRY NEAR THE NI ATOM I ILL-DEFINED. HOWEVER THE PRESENCE OF NI IS CONFIRMED BY ANOMALOUS DIFFERENCE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED. THE GEOMETRY NEAR THE NI ATOM I ILL-DEFINED. HOWEVER THE PRESENCE OF NI IS CONFIRMED BY ANOMALOUS DIFFERENCE PATTERSONS. THE EXPERIMENTAL DATA IS NOT GOOD, AND THE R FACTOR HIGH. HOWEVER THE STRUCTURE REVEALS INTERESTING BIOCHEMICAL INSIGHTS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.43475 173 4 %RANDOM
Rwork0.28341 ---
obs0.28921 4188 79.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 82.717 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.41 Å21.2 Å20 Å2
2--2.41 Å20 Å2
3----3.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→41.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数649 0 1 0 650
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.022665
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.81.934883
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.961575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.81423.52934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.83115134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.647156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.274→2.333 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.438 74 -
Rfree-0 -
obs--23.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3586-0.53070.3556.6961-0.259420.86240.09150.1068-0.1578-0.50310.1322-0.33870.77261.0681-0.22370.186-0.06820.00820.2465-0.03540.2008-1.5601-10.9375-12.262
25.7279-0.37971.895815.88925.03129.6667-0.01170.07920.1045-0.23720.3583-0.78160.22470.8547-0.34660.1730.04510.00310.34970.02980.0718-2.0253-13.8244-8.9055
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A71 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2B71 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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