PDB-2y9w: Crystal structure of PPO3, a tyrosinase from Agaricus bisporus, i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y9w

タイトル

Crystal structure of PPO3, a tyrosinase from Agaricus bisporus, in deoxy-form that contains additional unknown lectin-like subunit

要素

LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN
POLYPHENOL OXIDASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER-CONTAINING / PIGMENTATION / TYPE-3 COPPER PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosinase / tyrosinase activity / melanin biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

AGARICUS BISPORUS (セイヨウマツタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ismaya, W.T. / Rozeboom, H.J. / Weijn, A. / Mes, J.J. / Fusetti, F. / Wichers, H.J. / Dijkstra, B.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Agaricus Bisporus Mushroom Tyrosinase: Identity of the Tetramer Subunits and Interaction with Tropolone.
著者: Ismaya, W.T. / Rozeboom, H.J. / Weijn, A. / Mes, J.J. / Fusetti, F. / Wichers, H.J. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2011年2月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2019年10月30日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y9w.cif.gz	447.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y9w.ent.gz	368.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y9w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2y9w_validation.pdf.gz	473.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y9w_full_validation.pdf.gz	482.5 KB	表示
XML形式データ	2y9w_validation.xml.gz	42 KB	表示
CIF形式データ	2y9w_validation.cif.gz	58.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/2y9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/2y9w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2y9xC 1bt1S 1js8S 1lnlS 1wx2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2y9x-2 3uek-d 2y9x-1 6tbk-7 6tbi-2 1id5-d 5a97-2 1brl-2 1qat-2 6f6g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: POLYPHENOL OXIDASE

B: POLYPHENOL OXIDASE

C: LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN

D: LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: POLYPHENOL OXIDASE

C: LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: POLYPHENOL OXIDASE

D: LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.060, 104.520, 109.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	5 - 390
2	1	1	6	B	5 - 390
1	1	2	6	C	3 - 150
2	1	2	6	D	3 - 150

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.06594, -0.9977, -0.0158), (-0.9976, -0.06627, 0.02181), (-0.02281, 0.01434, -0.9996)	52.73, 54.89, 132.5
2	given	(0.05159, -0.9986, -0.006577), (-0.9986, -0.05165, 0.008809), (-0.009136, 0.006114, -0.9999)	52.42, 54.94, 132.6

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	POLYPHENOL OXIDASE / TYROSINASE 分子量: 45318.617 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-392 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COMMERCIAL 由来: (天然) AGARICUS BISPORUS (セイヨウマツタケ) 参照: UniProt: C7FF04, tyrosinase
#2: タンパク質	LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN 分子量: 16478.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COMMERCIAL 由来: (天然) AGARICUS BISPORUS (セイヨウマツタケ) 参照: UniProt: G1K3P4*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 403分子

#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物	ChemComp-HO / HOLMIUM ATOM / ホルミウムヒドリド分子量: 164.930 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ho
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 詳細: 10% PEG 4000, 100 MM NA ACETATE PH 4.6, 5 MM HOLMIUM CHLORIDE.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→61.1 Å / Num. obs: 53813 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 32.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDE ENTRIES 1JS8, 1LNL, 1WX2, AND 1BT1

解像度: 2.3→47.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 15.1 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	2699	5.1 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.184	50366	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8518	0	41	389	8948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	8859
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.164	1.921	12032
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.999	5	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.451	24.558	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.705	15	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.663	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	6951
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.437	1.5	5247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.845	2	8482
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.576	3	3612
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.197	4.5	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3154	loose positional	0.29	5
1	2	B	3154	loose positional	0.29	5
2	1	C	1048	loose positional	0.45	5
2	2	D	1048	loose positional	0.45	5
1	1	A	3154	loose thermal	1.46	10
1	2	B	3154	loose thermal	1.46	10
2	1	C	1048	loose thermal	1.65	10
2	2	D	1048	loose thermal	1.65	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	196	-
R_work	0.256	3683	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0444	-0.102	-0.0016	1.1153	0.3631	1.2853	0.0065	0.0039	0.1239	0.0254	0.0296	-0.1791	-0.0396	0.1728	-0.0361	0.0908	0.018	0.0324	0.0832	0.0256	0.0607	11.0828	31.7595	81.0598
2	1.0068	-0.1861	-0.1349	1.0565	0.3993	0.9046	-0.0043	0.0466	-0.1733	-0.0057	0.0203	0.0501	0.096	-0.0187	-0.0159	0.0664	0.011	0.0116	0.0368	0.0239	0.0783	3.3517	23.34	77.8919
3	1.6129	-1.0151	-0.0911	4.562	1.3969	0.4852	0.0163	-0.2899	-0.1696	0.3698	-0.0944	0.1459	0.1807	-0.0576	0.0781	0.2122	-0.0067	0.0894	0.1159	0.0915	0.1303	-5.574	23.7308	96.9827
4	1.6564	-0.7761	-0.1374	2.011	0.2143	0.565	-0.0274	-0.1515	-0.1748	0.1873	0.0135	0.0281	0.1327	0.0278	0.0139	0.106	-0.01	0.0234	0.0881	0.0245	0.0376	-0.0321	27.07	93.0796
5	1.0863	0.3387	0.1461	0.7786	0.4483	1.4422	-0.0192	-0.1901	-0.0252	-0.0639	0.0305	0.0134	-0.0419	0.0716	-0.0114	0.092	0.0257	0.025	0.0638	0.0362	0.0755	6.3232	42.6652	91.1534
6	4.9207	0.6717	-0.6955	8.5463	-2.6889	4.2996	-0.0674	0.0802	-0.3038	-0.3757	-0.0562	0.7346	0.1389	-0.3024	0.1236	0.0398	0.0024	-0.0084	0.1477	-0.0566	0.1393	-18.4522	39.3091	86.5268
7	1.3821	0.0965	0.271	1.6961	-0.0284	1.0702	0.0582	-0.2167	-0.1832	0.1519	-0.0651	-0.0199	0.1511	-0.0556	0.0068	0.0844	-0.0107	0.0083	0.1389	0.0798	0.0532	21.2638	42.2086	51.4588
8	1.6379	0.2612	1.842	1.4008	0.2908	5.8446	0.1483	-0.4278	-0.1302	0.3713	-0.0677	-0.0157	0.1054	-0.057	-0.0805	0.1249	-0.0358	0.0278	0.1937	0.0541	0.0839	19.6529	48.949	58.7561
9	1.2732	0	-0.0937	1.2075	-0.074	0.4464	0.0238	-0.2123	0.0086	0.0748	-0.0394	-0.292	0.0344	0.1441	0.0155	0.0303	-0.0055	-0.0099	0.0941	0.0078	0.075	33.5752	54.8643	47.3569
10	3.5416	-1.2217	0.0509	1.5149	0.1188	0.616	0.0664	0.0908	-0.0694	-0.1518	-0.0574	-0.1913	-0.0291	0.0868	-0.009	0.0692	-0.0198	0.0236	0.04	-0.0026	0.0573	24.9716	54.4424	38.0549
11	1.1126	0.4661	0.5332	0.9569	-0.0887	0.8513	0.0452	-0.1587	-0.0453	-0.0862	-0.0365	0.044	0.0754	-0.0579	-0.0087	0.0581	-0.0029	0.0182	0.0713	0.0271	0.058	9.9782	47.4692	41.7016
12	7.8539	1.8895	-5.6844	5.4778	-3.9836	5.5447	0.3111	-0.2678	0.318	0.1386	-0.4834	-0.7034	-0.3824	0.3879	0.1724	0.2193	0.0023	0.0011	0.1125	-0.0364	0.2615	11.6228	71.6332	45.9908
13	4.6425	2.496	0.7758	2.5627	-0.0748	4.1819	0.0032	0.0712	0.1434	0.0184	-0.0935	0.3291	-0.2392	-0.0117	0.0903	0.1536	0.0285	-0.0148	0.146	0.0199	0.0841	16.5572	47.9593	117.9501
14	1.0335	0.2208	0.2664	2.6911	-0.9356	2.4065	-0.074	0.029	0.0974	0.2355	-0.1114	0.0225	-0.0553	0.0094	0.1854	0.0775	0.0282	-0.0204	0.1511	0.0484	0.0711	15.2383	49.3272	113.2773
15	3.9842	-2.2826	-2.0179	2.6834	0.9714	3.5756	0.1245	-0.1153	0.8946	-0.0051	-0.0746	-0.2889	-0.4861	0.401	-0.0499	0.275	-0.023	-0.0264	0.1983	0.0342	0.3164	20.3569	58.2312	113.7712
16	6.0775	-6.5236	-0.052	17.2138	2.2286	2.3846	0.0008	0.2589	-0.0678	0.0843	-0.2382	0.2155	0.0519	0.1348	0.2374	0.05	-0.0058	0.0021	0.2544	0.0872	0.0494	22.0952	48.6642	104.9149
17	11.9827	-7.0256	-3.6928	4.4638	2.5177	1.4997	0.5944	1.2845	0.3098	-0.5982	-0.47	-0.2176	-0.4325	-0.0882	-0.1244	0.3249	-0.0152	0.0398	0.5577	0.099	0.2462	28.5568	50.8891	100.6068
18	6.0485	0.7014	-1.6666	3.4044	-0.3573	2.5647	-0.0643	-0.1915	0.0849	0.3921	0.0225	-0.4169	-0.104	0.7028	0.0418	0.1295	0.013	-0.072	0.2814	0.0588	0.1327	30.3787	46.6754	113.558
19	4.0735	1.3808	-0.0236	4.0001	-0.0993	3.962	-0.1861	0.3064	0.0782	-0.0131	-0.0712	0.3059	0.0421	-0.1087	0.2573	0.1266	0.0158	0.0241	0.1088	-0.0169	0.0459	5.3708	35.4163	14.594
20	2.3824	-0.4073	-0.351	2.1878	0.2538	3.1651	0.0024	0.2521	-0.094	-0.1369	0.043	0.11	0.0687	-0.1717	-0.0454	0.0995	0.014	-0.0027	0.0834	-0.0185	0.042	2.1392	36.8339	19.41
21	7.2287	-1.7179	0.308	1.4328	2.1091	4.997	-0.1544	0.2248	-0.2734	0.3125	-0.2526	0.3432	0.52	-0.647	0.4069	0.2597	-0.0301	0.0841	0.22	-0.0006	0.2526	-6.8486	30.2875	23.629
22	12.232	-1.0668	5.5776	1.5583	-1.9553	4.1593	-0.1439	0.2686	-0.319	-0.0037	-0.0352	-0.3194	0.1374	0.1804	0.1791	0.2788	0.0186	0.0213	0.1042	-0.0221	0.1848	12.7132	28.1112	28.221
23	4.7213	-1.6994	2.8907	3.9307	0.6921	2.6745	-0.1312	-0.8525	-0.4757	0.8264	0.3223	0.3629	0.3311	-0.5114	-0.1911	0.3462	0.029	0.048	0.1964	0.0703	0.179	4.0393	24.0384	31.4159
24	3.4045	-0.4307	-0.8088	5.0388	0.2227	2.445	-0.184	0.4124	-0.8542	-0.4631	-0.0806	-0.0511	0.4625	0.155	0.2646	0.2457	0.0282	0.0492	0.0787	-0.095	0.2273	7.5543	22.4487	18.5864

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	86 - 202
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	203 - 255
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	256 - 317
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	318 - 368
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	369 - 393
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 85
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	86 - 130
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	131 - 240
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	241 - 314
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	315 - 370
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	371 - 393
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	9 - 39
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	40 - 66
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	67 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	86 - 105
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	106 - 114
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	115 - 150
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	10 - 38
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	39 - 76
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	77 - 93
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	94 - 104
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	105 - 117
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	118 - 150

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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