PDB-2y6x: Structure of Psb27 from Thermosynechococcus elongatus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y6x

タイトル

Structure of Psb27 from Thermosynechococcus elongatus

要素

PHOTOSYSTEM II 11 KD PROTEIN

キーワード

PHOTOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

photosystem II repair / thylakoid lumen / thylakoid / photosystem II assembly / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Michoux, F. / Takasaka, K. / Boehm, M. / Nixon, P.J. / Murray, J.W.

引用

ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of the Psb27 Assembly Factor at 1.6A: Implications for Binding to Photosystem II.
著者: Michoux, F. / Takasaka, K. / Boehm, M. / Komenda, J. / Nixon, P.J. / Murray, J.W.

履歴

登録	2011年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月15日	Group: Other
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y6x.cif.gz	62.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y6x.ent.gz	46.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y6x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2y6x_validation.pdf.gz	411.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y6x_full_validation.pdf.gz	412 KB	表示
XML形式データ	2y6x_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	2y6x_validation.cif.gz	10.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/2y6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/2y6x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2kmfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3njf-3 4ahi-d 7nq8-d 3n55-d 3i3j-7 3hvp-d 4qfi-1 6igw-d 3euy-2 3njj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (3) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (3)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PHOTOSYSTEM II 11 KD PROTEIN

ヘテロ分子

12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.930, 50.820, 53.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PHOTOSYSTEM II 11 KD PROTEIN / PSB27 分子量: 12689.293 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 24-134 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア) プラスミド: PRSET-A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: Q8DG60
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.35 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 35% W/V PEG 4K MIXED WITH EQUAL VOLUME OF 20MG/ML PROTEIN SOLUTION, HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.2831
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2831 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→30.31 Å / Num. obs: 13700 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.52 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.31
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 6.61 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.16 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0104	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2KMF

2kmf

解像度: 1.6→30.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 4.004 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23775	683	5 %	RANDOM
R_work	0.1901	-	-	-
obs	0.19246	12980	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.831 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	867	0	1	130	998

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	913
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	657
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.892	1.988	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.026	3	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.627	5	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.278	23.778	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.628	15	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.266	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	188
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	625
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	511
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.089	0.2	511
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.178	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.13	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.108	1.5	566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.4	1.5	223
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.778	2	908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.207	3	347
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.334	4.5	325
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	58	-
R_work	0.275	913	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5265	0.5827	-1.9999	0.7617	-0.0675	2.1268	-0.0133	-0.1321	-0.1036	0.1096	-0.0184	0.0004	0.0722	0.0182	0.0317	0.0241	-0.0018	-0.0097	0.0328	0.0163	0.0344	6.359	-2.429	8.797
2	4.7078	0.7248	-4.1665	0.7814	-0.2763	3.945	0.1155	0.1382	0.2412	0.0473	0.0328	0.1039	-0.1271	-0.1722	-0.1483	0.0348	0.0336	-0.0193	0.0817	-0.0025	0.0504	4.035	6.248	8.586
3	1.9549	1.2911	0.4464	1.5056	1.7067	5.9901	-0.0371	0.2758	0.3627	-0.2974	0.2105	-0.0914	-0.6968	0.4018	-0.1734	0.1247	0.0011	0.108	0.1501	0.0769	0.3086	16.272	6.309	-5.363
4	8.7013	-4.0182	-2.7122	2.4765	1.4001	1.1351	0.1534	0.1057	0.1782	-0.1277	-0.0395	0.0462	-0.1182	-0.1114	-0.1139	0.0293	0.0058	0.014	0.0464	0.0278	0.0614	0.214	5.019	-1.268
5	4.5682	-2.4035	-2.2335	3.6618	1.1307	1.1117	-0.0749	0.1019	-0.1589	0.016	0.0401	0.203	0.0398	-0.0836	0.0348	0.005	-0.0183	-0.0086	0.0965	0.0286	0.0856	-8.198	-1.849	0.952
6	13.5651	-2.513	-2.4545	2.1332	-0.4056	2.2818	-0.041	0.214	-0.5462	-0.0838	-0.0021	0.0826	0.3692	-0.0538	0.0431	0.0766	-0.0031	-0.0116	0.008	-0.0108	0.0259	10.361	-9.005	-3.767
7	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.029	0	0	0.029	0	0.029	0	0	0
8	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.029	0	0	0.029	0	0.029	0	0	0
9	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.029	0	0	0.029	0	0.029	0	0	0
10	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.029	0	0	0.029	0	0.029	0	0	0
11	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.029	0	0	0.029	0	0.029	0	0	0
12	21.7836	-0.6344	-28.1472	31.8752	0.4088	65.4667	0.6811	-0.0939	0.6763	-0.1321	0.062	-0.9925	0.4714	1.7973	-0.7431	0.1562	0.0217	0.0051	0.1507	-0.0009	0.0908	22.72	-9.751	-9.21

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	56 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	76 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	86 - 105
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	106 - 118
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	119 - 133
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	27 - 55
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	56 - 75
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	76 - 85
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	86 - 105
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	106 - 118
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	119 - 134

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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