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- PDB-2y6r: Structure of the TetX monooxygenase in complex with the substrate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y6r
タイトルStructure of the TetX monooxygenase in complex with the substrate 7- chlortetracycline
要素TETX2 PROTEIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / FLAVIN / TIGECYCLINE / TETRACYCLINE DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


tetracycline 11a-monooxygenase / monooxygenase activity / FAD binding / response to antibiotic / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Flavin-dependent monooxygenase TetX / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-CHLOROTETRACYCLINE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Flavin-dependent monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Volkers, G. / Palm, G.J. / Weiss, M.S. / Wright, G.D. / Hinrichs, W.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for a New Tetracycline Resistance Mechanism Relying on the Tetx Monooxygenase.
著者: Volkers, G. / Palm, G.J. / Weiss, M.S. / Wright, G.D. / Hinrichs, W.
履歴
登録2011年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TETX2 PROTEIN
B: TETX2 PROTEIN
C: TETX2 PROTEIN
D: TETX2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,46323
ポリマ－178,3494
非ポリマー6,11419
水1,69394
1
A: TETX2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1406
ポリマ－44,5871
非ポリマー1,5535
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TETX2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1406
ポリマ－44,5871
非ポリマー1,5535
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: TETX2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0445
ポリマ－44,5871
非ポリマー1,4574
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: TETX2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1406
ポリマ－44,5871
非ポリマー1,5535
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.416, 78.870, 86.609
Angle α, β, γ (deg.)110.99, 90.27, 92.87
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 15 - 383 / Label seq-ID: 25 - 393

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9984, -0.00149, 0.05661), (0.0178, 0.94075, 0.33862), (-0.05376, 0.33909, -0.93922)-34.55771, 5.96727, 61.64372
2given(0.99997, -0.00702, 0.00294), (-0.00703, -0.99996, 0.00542), (0.00291, -0.00544, -0.99998)33.5425, -44.79966, 54.77277
3given(-0.99888, -0.00871, 0.04644), (-0.00733, -0.94236, -0.33451), (0.04668, -0.33447, 0.94125)-4.92228, 28.5899, -6.93168
4given(0.99991, -0.01055, 0.00769), (-0.01051, -0.99993, -0.00531), (0.00774, 0.00523, -0.99996)29.24026, 34.51287, 54.93652
5given(-0.99818, 0.0123, -0.05907), (0.00877, -0.93898, -0.34386), (-0.0597, -0.34375, 0.93716)2.61017, -17.69847, -3.00693
6given(-0.99868, -0.00143, 0.05143), (0.01612, 0.9406, 0.33912), (-0.04886, 0.3395, -0.93934)29.0364, -69.25974, 38.30962

-
要素

#1: タンパク質
TETX2 PROTEIN


分子量: 44587.254 Da / 分子数: 4 / 断片: FAD-BINDING DOMAIN, RESIDUES 11-388 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93L51
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-CTC / 7-CHLOROTETRACYCLINE / クロルテトラサイクリン


分子量: 478.880 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23ClN2O8 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 94 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 95 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 94 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 95 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 94 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 95 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 94 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LYS 95 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 94 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LYS 95 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.918
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→48.33 Å / Num. obs: 29712 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 56.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 3.09→3.21 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XDO

2xdo


解像度: 3.1→48.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 54.13 / SU ML: 0.461 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.524 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25616 1493 5 %RANDOM
Rwork0.22509 ---
obs0.22672 28232 98.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.959 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.37 Å2-0.18 Å2-0.37 Å2
2---3.44 Å2-2.55 Å2
3----3.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11265 0 399 94 11758
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02211927
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4391.99316283
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.59751456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.15925.514564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.957151874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.011551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4371.57254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.821211645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1234673
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0134.54636
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1447tight positional0.040.05
2B1447tight positional0.040.05
3C1447tight positional0.040.05
4D1447tight positional0.040.05
1A1331loose positional0.055
2B1331loose positional0.055
3C1331loose positional0.045
4D1331loose positional0.055
1A1447tight thermal0.070.5
2B1447tight thermal0.070.5
3C1447tight thermal0.060.5
4D1447tight thermal0.060.5
1A1331loose thermal0.0810
2B1331loose thermal0.0810
3C1331loose thermal0.0710
4D1331loose thermal0.0710
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 106 -
Rwork0.294 2091 -
obs--98.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2522-0.14352.63962.2896-1.82526.83370.0775-0.1474-0.45370.0487-0.05850.54160.5142-0.1695-0.0190.0708-0.03390.0790.0281-0.01060.2845-15.8467-0.868814.9502
23.8630.16662.26163.44860.80174.51740.1393-0.08560.22030.001-0.05080.494-0.0074-0.3367-0.08840.04650.02120.0380.1217-0.00030.1179-11.03814.6579.8319
33.8384-1.1436-0.9758.4114-1.35565.0696-0.07310.16820.1896-0.20380.2427-0.94490.40730.5458-0.16960.13120.0115-0.09130.2041-0.09070.219813.61454.848215.1169
47.32591.11681.6154.81071.28982.59930.2537-0.24480.60230.4955-0.28270.3419-0.387-0.17060.02910.39670.11580.08860.1002-0.00920.2036-13.658216.319414.7415
54.30580.0485-0.61753.8931-1.85227.41790.042-0.03510.492-0.5251-0.08050.4631-0.881-0.2270.03850.32570.0467-0.08620.0483-0.04780.137913.835636.413740.8444
63.91020.474-1.98463.76370.24414.22340.1254-0.0612-0.051-0.0924-0.03520.2026-0.0525-0.4549-0.09020.2186-0.0664-0.0650.16220.01380.02918.60530.730946.0363
76.2942.55380.63165.979-2.53476.77060.1235-0.1925-0.4229-0.28410.0001-0.999-0.39740.8303-0.12360.2307-0.08530.15990.3105-0.11920.249643.257630.436440.5855
87.6164-0.8192-1.54614.87461.80392.50580.42530.2816-0.5094-0.2651-0.34510.17110.3532-0.2259-0.08030.3397-0.0482-0.1450.2076-0.02410.101115.9419.216440.8291
92.79292.87773.17524.97920.9217.9125-0.27560.458-0.3856-0.91330.4613-0.8602-0.22810.6326-0.18570.4729-0.0870.24820.2761-0.09660.2998-14.8768-23.556244.1826
104.03220.43951.82225.28770.04373.9678-0.09170.18180.3847-0.54340.0948-0.4879-0.40040.4866-0.00310.1998-0.09170.03140.23960.03730.1833-19.5189-20.08351.1694
115.72782.8777-0.43887.64972.2029.0431-0.01840.05450.7147-1.2495-0.37691.5022-0.5268-1.1150.39530.37650.1796-0.41730.3321-0.07990.5987-44.2907-17.917646.3949
123.9336-0.52871.39086.3566-0.23921.3522-0.0379-0.14310.9672-1.26160.1233-0.3835-1.13430.362-0.08541.2971-0.39490.33310.308-0.060.4846-16.9498-7.343349.9869
135.9941-2.91-2.5235.50890.22328.3737-0.1992-0.53890.47171.08390.3654-0.84240.13610.773-0.16620.32680.0623-0.16630.1729-0.1340.202519.6207-22.126811.5224
143.6845-0.1948-1.50494.6486-0.10863.2806-0.0352-0.0567-0.28090.28460.177-0.45290.36390.4386-0.14180.21010.0947-0.01220.22420.01090.136914.9725-25.59184.3266
157.9781-2.21440.9398.8542.04528.1814-0.27790.2228-0.67580.9495-0.16171.11990.5201-0.74290.43960.3762-0.13950.30240.1581-0.00240.3693-9.8055-27.73659.3305
165.98511.0967-1.97615.3235-0.20431.2307-0.00190.0563-1.00990.69320.1614-0.74110.97520.4006-0.15951.15320.4361-0.43110.2979-0.16140.640217.5262-38.3365.7023
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2A88 - 189
3X-RAY DIFFRACTION3A190 - 284
4X-RAY DIFFRACTION4A285 - 383
5X-RAY DIFFRACTION5B15 - 87
6X-RAY DIFFRACTION6B88 - 189
7X-RAY DIFFRACTION7B190 - 284
8X-RAY DIFFRACTION8B285 - 383
9X-RAY DIFFRACTION9C15 - 87
10X-RAY DIFFRACTION10C88 - 189
11X-RAY DIFFRACTION11C190 - 284
12X-RAY DIFFRACTION12C285 - 383
13X-RAY DIFFRACTION13D15 - 87
14X-RAY DIFFRACTION14D88 - 189
15X-RAY DIFFRACTION15D190 - 284
16X-RAY DIFFRACTION16D285 - 383

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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