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- PDB-2y69: Bovine heart cytochrome c oxidase re-refined with molecular oxygen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y69
タイトルBovine heart cytochrome c oxidase re-refined with molecular oxygen
要素
  • (CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE ...) x 5
  • (CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT ...) x 8
キーワードELECTRON TRANSPORT / COMPLEX IV / PROTON PUMPS / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation ...Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / aerobic respiration / central nervous system development / respiratory electron transport chain / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I ...Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome C Oxidase; Chain G / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome C Oxidase; Chain M / Cytochrome C Oxidase; Chain L / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Few Secondary Structures / Irregular / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / OXYGEN MOLECULE / Chem-PEK / Chem-PGV / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial ...CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / OXYGEN MOLECULE / Chem-PEK / Chem-PGV / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kaila, V.R.I. / Oksanen, E. / Goldman, A. / Verkhovsky, M.I. / Sundholm, D. / Wikstrom, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: A Peroxide Bridge between Fe and Cu Ions in the O2 Reduction Site of Fully Oxidized Cytochrome C Oxidase Could Suppress the Proton Pump.
著者: Aoyama, H. / Muramoto, K. / Shinzawa-Itoh, K. / Hirata, K. / Yamashita, E. / Tsukihara, T. / Ogura, T. / Yoshikawa, S.
履歴
登録2011年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references / Other / Version format compliance
改定 1.22015年2月4日Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.32018年6月20日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.42019年7月31日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.52019年11月6日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.62024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 0THIS ENTRY 2Y69 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R3ABMSF) ...THIS ENTRY 2Y69 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R3ABMSF) DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 3ABM: H.AOYAMA,K.MURAMOTO,K.SHINZAWA-ITOH,K.HIRATA,E.YAMASHITA, T.TSUKIHARA,T.OGURA,S.YOSHIKAWA

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 1
B: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2
C: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 3
D: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 4 ISOFORM 1
E: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 5A
F: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 5B
G: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 6A2
H: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT VIB ISOFORM 1
I: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIC
J: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 7A1
K: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 7B
L: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7C
M: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 8H
N: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 1
O: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2
P: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 3
Q: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 4 ISOFORM 1
R: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 5A
S: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 5B
T: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 6A2
U: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT VIB ISOFORM 1
V: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIC
W: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 7A1
X: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 7B
Y: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7C
Z: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 8H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)464,22554
ポリマ－452,24026
非ポリマー11,98528
水18,8801048
1
A: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 1
B: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2
C: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 3
D: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 4 ISOFORM 1
E: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 5A
F: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 5B
H: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT VIB ISOFORM 1
I: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIC
J: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 7A1
K: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 7B
L: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7C
M: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 8H
T: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 6A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,11227
ポリマ－226,12013
非ポリマー5,99214
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60720 Å2
ΔGint-501 kcal/mol
Surface area64280 Å2
手法PISA
2
G: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 6A2
N: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 1
O: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2
P: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 3
Q: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 4 ISOFORM 1
R: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 5A
S: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 5B
U: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT VIB ISOFORM 1
V: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIC
W: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 7A1
X: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 7B
Y: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7C
Z: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 8H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,11227
ポリマ－226,12013
非ポリマー5,99214
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60630 Å2
ΔGint-503.9 kcal/mol
Surface area64650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.697, 206.991, 178.251
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT ... , 8種, 16分子 ANBOCPDQERFSHULY

#1: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 1 / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I


分子量: 57065.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2 / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE II


分子量: 26040.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P68530, cytochrome-c oxidase
#3: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 3 / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE III


分子量: 29957.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P00415, cytochrome-c oxidase
#4: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 4 ISOFORM 1 / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT IV ISOFORM 1 / COX IV- 1 / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE IV


分子量: 19602.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P00423, cytochrome-c oxidase
#5: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 5A / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VA


分子量: 16758.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P00426, cytochrome-c oxidase
#6: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 5B / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VB / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIA


分子量: 13852.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P00428, cytochrome-c oxidase
#8: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT VIB ISOFORM 1 / COX VIB-1 / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VII / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT AED


分子量: 10170.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P00429, cytochrome-c oxidase
#12: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7C / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIIC / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIIIA


分子量: 7342.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P00430, cytochrome-c oxidase

-
CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE ... , 5種, 10分子 GTIVJWKXMZ

#7: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 6A2 / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIA-HEART / COXVIAH / POLYPEPTIDE VIB


分子量: 10899.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P07471, cytochrome-c oxidase
#9: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIC / STA


分子量: 8626.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P04038, cytochrome-c oxidase
#10: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 7A1 / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIIA-HEART / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT VIIA-H / COX VIIA-M / VIIIC


分子量: 9076.522 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P07470, cytochrome-c oxidase
#11: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 7B / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIIB / IHQ


分子量: 9077.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P13183, cytochrome-c oxidase
#13: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE 8H / CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE VIII-HEART / CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 8-1 / VIIIB / IX


分子量: 7650.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P10175, cytochrome-c oxidase

-
糖 , 1種, 2分子

#23: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 10種, 1074分子

#14: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#15: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#16: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#17: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#18: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#19: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#20: 化合物 ChemComp-PEK / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 2-ARACHIDONOYL-1-STEAROYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 768.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H78NO8P / コメント: リン脂質*YM
#21: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#22: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#24: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1048 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.17 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 3ABM

-
データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Biso Wilson estimate: 0 Å2

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0066 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→64.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.281 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS ENTRY REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF X-RAY DATA R3ABMSF.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24546 16433 3.5 %RANDOM
Rwork0.21062 ---
obs0.21207 455500 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.538 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20 Å20 Å2
2--1.37 Å20 Å2
3----2.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→64.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28264 0 804 1048 30116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02230046
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0130.02230046
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X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02122432
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X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23132489
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9994.52440
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 1503 -
Rwork0.318 30851 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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