PDB-2y62: Crystal structure of Leishmanial E65Q-TIM complexed with R-Glycid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y62

タイトル

Crystal structure of Leishmanial E65Q-TIM complexed with R-Glycidol phosphate

要素

TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE SYNONYM TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE, TIM

キーワード

ISOMERASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / TRANSITION STATE ANALOGUE / GLYCOLYSIS / PENTOSE SHUNT / GLUCONEOGENESIS / ENZYME-LIGAND COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosome / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process
類似検索 - 分子機能

生物種

LEISHMANIA MEXICANA (メキシコリーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.08 Å

データ登録者

Venkatesan, R. / Alahuhta, M. / Pihko, P.M. / Wierenga, R.K.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: High Resolution Crystal Structures of Triosephosphate Isomerase Complexed with its Suicide Inhibitors: The Conformational Flexibility of the Catalytic Glutamate in its Closed, Liganded Active Site.
著者: Venkatesan, R. / Alahuhta, M. / Pihko, P.M. / Wierenga, R.K.

履歴

登録	2011年1月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月22日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status ...pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / refine / struct_conn Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y62.cif.gz	135 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y62.ent.gz	103.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y62.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2y62_validation.pdf.gz	456.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y62_full_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示
XML形式データ	2y62_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	2y62_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/2y62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/2y62	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y61C 2y63C 1n55S 1amk 1if2 1qds 2vxn S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bi5-6 1mo0-d 4unl-d 4o54-1 5i3i-1 6nlh-4 1tpe-1 6r8h-1 4o53-1 4o4v-1 4bi5-1 6ooi-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE SYNONYM TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE, TIM

ヘテロ分子

27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE SYNONYM TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE, TIM

ヘテロ分子

A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE SYNONYM TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE, TIM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.760, 52.460, 58.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.08, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2253- GOL
2	1	A-3030- HOH
3	1	A-3283- HOH
4	1	A-3484- HOH

#1: タンパク質	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE SYNONYM TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE, TIM 分子量: 27208.236 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LEISHMANIA MEXICANA (メキシコリーシュマニア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P48499, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉O₆P
#3: 化合物	ChemComp-1GP / SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル1-りん酸分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉O₆P
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	1G3P, GOP: MICROHETEROGENEITY OBSERVED. S-GLYCIDOL PHOSPHATE BECAME GLYCEROL PHOSPHATE ESTER WITH ...1G3P, GOP: MICROHETEROGENEITY OBSERVED. S-GLYCIDOL PHOSPHATE BECAME GLYCEROL PHOSPHATE ESTER WITH THE SIDECHAIN OXYGEN OF GLU1167.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.48 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 詳細: 21% PEG6000, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5-5.5, 1MM DTT, 1MM EDTA, 1MM NAN3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.8997
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8997 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.08→10 Å / Num. obs: 110340 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 1.08→1.1 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
SHELXL-97	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
MOLREP	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N55

1n55

解像度: 1.08→10 Å / Num. parameters: 22132 / Num. restraintsaints: 28321 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1328	5510	5 %	RANDOM
obs	0.1089	-	99 %	-
all	-	104703	-	-

Refine analyze

Occupancy sum hydrogen: 1941.59 / Occupancy sum non hydrogen: 2293.29

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.08→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1900	0	30	484	2414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	s_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	s_angle_d	0.032
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_dist	0
X-RAY DIFFRACTION	s_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTION	s_zero_chiral_vol	0.091
X-RAY DIFFRACTION	s_non_zero_chiral_vol	0.092
X-RAY DIFFRACTION	s_anti_bump_dis_restr	0.074
X-RAY DIFFRACTION	s_rigid_bond_adp_cmpnt	0.005
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_adp_cmpnt	0.034
X-RAY DIFFRACTION	s_approx_iso_adps	0.077

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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