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万見
- PDB-2y4w: Solution structure of human ubiquitin conjugating enzyme Rad6b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y4w
タイトルSolution structure of human ubiquitin conjugating enzyme Rad6b
要素UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 B
キーワードLIGASE / DNA DAMAGE / DNA REPAIR / UBIQUITINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptonemal complex organization / positive regulation of reciprocal meiotic recombination / chiasma assembly / negative regulation of post-translational protein modification / HULC complex / sperm axoneme assembly / meiotic telomere clustering / XY body / protein K11-linked ubiquitination / postreplication repair ...synaptonemal complex organization / positive regulation of reciprocal meiotic recombination / chiasma assembly / negative regulation of post-translational protein modification / HULC complex / sperm axoneme assembly / meiotic telomere clustering / XY body / protein K11-linked ubiquitination / postreplication repair / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / ectopic germ cell programmed cell death / protein K48-linked ubiquitination / response to UV / protein autoubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / replication fork / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / chromatin organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / spermatogenesis / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein stabilization / response to xenobiotic stimulus / DNA repair / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / chromatin / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like ...: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / CYANA
データ登録者Huang, A. / Hibbert, R.G. / deJong, R.N. / Das, D. / Sixma, T.K. / Boelens, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Symmetry and Asymmetry of the Ring-Ring Dimer of Rad18
著者: Huang, A. / Hibbert, R.G. / Dejong, R.N. / Das, D. / Sixma, T.K. / Boelens, R.
履歴
登録2011年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references / Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02024年5月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3281
ポリマ－17,3281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 B / RAD6 HOMOLOG B / UBIQUITIN CARRIER PROTEIN B / UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2-17 KDA / UBIQUITIN- ...RAD6 HOMOLOG B / UBIQUITIN CARRIER PROTEIN B / UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2-17 KDA / UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE B / HR6B / HHR6B / RAD6B


分子量: 17328.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63146, ubiquitin-protein ligase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H NOESY
1413D CBCA(CO)NH
1513D C(CO)NH
1613D HNCO
1713D HNCA
1813D HN(CA)CB
1913D HBHA(CO)NH
11013D HN(CO)CA
11113D (H)CCH-TOCSY
11213D 1H-15N NOESY
11313D 1H-13C NOESY
11413D HN(CA)CO
11513D CNH-NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED RAD6B

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試料調製

詳細内容: 50MM KH2PO4/K2HPO4 (PH 8.0), 300 MM NACL, 1 MM DTT, 95%/5% H2O/D2O
試料状態イオン強度: 300 mM / pH: 8 / 圧: 1.0 atm / 温度: 310.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
Sparky構造決定
精密化手法: CYANA / ソフトェア番号: 1 / 詳細: REFINMENT ACCORDING TO RECOORD APPROACH
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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