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万見
- PDB-2y3l: Structure of segment MVGGVVIA from the amyloid-beta peptide (Ab, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y3l
タイトルStructure of segment MVGGVVIA from the amyloid-beta peptide (Ab, residues 35-42), alternate polymorph 2
要素AMYLOID BETA A4 PROTEIN
キーワードPROTEIN FIBRIL / ALZHEIMER DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / collateral sprouting in absence of injury / growth cone filopodium / microglia development / hippocampal neuron apoptotic process / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / axo-dendritic transport ...amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / collateral sprouting in absence of injury / growth cone filopodium / microglia development / hippocampal neuron apoptotic process / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / axo-dendritic transport / axon midline choice point recognition / regulation of synapse structure or activity / astrocyte activation involved in immune response / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / growth factor receptor binding / peptidase activator activity / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of amyloid fibril formation / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / astrocyte projection / Lysosome Vesicle Biogenesis / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / neuron remodeling / dendrite development / nuclear envelope lumen / regulation of multicellular organism growth / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of protein metabolic process / signaling receptor activator activity / negative regulation of long-term synaptic potentiation / transition metal ion binding / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / The NLRP3 inflammasome / modulation of excitatory postsynaptic potential / intracellular copper ion homeostasis / main axon / Notch signaling pathway / ECM proteoglycans / response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of T cell migration / regulation of presynapse assembly / neuronal dense core vesicle / swimming behavior / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / adult locomotory behavior / positive regulation of chemokine production / positive regulation of calcium-mediated signaling / extracellular matrix organization / positive regulation of mitotic cell cycle / axonogenesis / cellular response to manganese ion / neuron projection maintenance / clathrin-coated pit / astrocyte activation / regulation of neuron apoptotic process / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of glycolytic process / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / response to interleukin-1 / platelet alpha granule lumen / learning / cellular response to cAMP / cellular response to copper ion / endosome lumen / trans-Golgi network membrane / locomotory behavior / positive regulation of interleukin-1 beta production / dendritic shaft / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / protein serine/threonine kinase binding / Post-translational protein phosphorylation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / microglial cell activation / visual learning / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / synapse organization / positive regulation of interleukin-6 production / recycling endosome / positive regulation of JNK cascade / response to lead ion / Golgi lumen / cognition / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / endocytosis / positive regulation of inflammatory response / calcium ion transport / positive regulation of tumor necrosis factor production / regulation of translation / Platelet degranulation / heparin binding / regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Colletier, J.P. / Laganowsky, A. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Molecular Basis for Amyloid-{Beta} Polymorphism.
著者: Colletier, J. / Laganowsky, A. / Landau, M. / Zhao, M. / Soriaga, A.B. / Goldschmidt, L. / Flot, D. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.
履歴
登録2010年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMYLOID BETA A4 PROTEIN
B: AMYLOID BETA A4 PROTEIN
C: AMYLOID BETA A4 PROTEIN
G: AMYLOID BETA A4 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,9804
ポリマ－2,9804
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area3220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)9.470, 47.590, 20.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
AMYLOID BETA A4 PROTEIN / AMYLOID BETA PEPTIDE / ABPP / APPI / APP / ALZHEIMER DISEASE AMYLOID PROTEIN / CEREBRAL VASCULAR ...AMYLOID BETA PEPTIDE / ABPP / APPI / APP / ALZHEIMER DISEASE AMYLOID PROTEIN / CEREBRAL VASCULAR AMYLOID PEPTIDE / CVAP / PREA4 / PROTEASE NEXIN-II / PN-II


分子量: 744.943 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 706-713 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P05067
配列の詳細AMYLOID BETA PEPTIDE (AB) IS A PROTEOLYTIC PRODUCT OF THE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN (APP). AB ...AMYLOID BETA PEPTIDE (AB) IS A PROTEOLYTIC PRODUCT OF THE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN (APP). AB SEGMENT 35-MVGGVVIA-42 CORRESPONDS TO RESIDUES 706-713 OF APP

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 10.91 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: AB3542 CRYSTALS (FIRST DISSOLVED IN WATER) WERE FOUND IN 1.5-YEAR-OLD TRAYS SET AT 0.5 MG/ML IN 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.5 M MG FORMATE (CRYSTAL FORM II)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→23.8 Å / Num. obs: 896 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 2.54
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 1.91 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / % possible all: 88.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0085精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→23.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.99 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.717 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24699 53 5.6 %RANDOM
Rwork0.20165 ---
obs0.20435 896 88.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.899 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20.1 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→23.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数204 0 0 0 204
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.023200
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8962.03268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.591528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.0391532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1740.240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 3 -
Rwork0.222 65 -
obs--88.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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