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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y2v | |||||||||
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タイトル | Nonaged form of Mouse Acetylcholinesterase inhibited by sarin-Update | |||||||||
![]() | ACETYLCHOLINESTERASE | |||||||||
![]() | HYDROLASE / CHOLINESTERASE / METHYLPHOSPHONATE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / positive regulation of dendrite morphogenesis / acetylcholine receptor signaling pathway / choline metabolic process / osteoblast development ...acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / positive regulation of dendrite morphogenesis / acetylcholine receptor signaling pathway / choline metabolic process / osteoblast development / acetylcholinesterase activity / positive regulation of axonogenesis / basement membrane / regulation of receptor recycling / side of membrane / synaptic cleft / laminin binding / collagen binding / synapse assembly / response to insulin / neuromuscular junction / receptor internalization / nuclear envelope / retina development in camera-type eye / presynaptic membrane / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic membrane / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Akfur, C. / Artursson, E. / Ekstrom, F. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Methylphosphonate Adducts of Acetylcholinesterase Investigated by Time Correlated Single Photon Counting and X-Ray Crystallography 著者: Akfur, C. / Artursson, E. / Ekstrom, F. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 236.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 188.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.735238, -0.403452, -0.545658), ベクター: |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AB![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 60354.070 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 32-574 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CATALYTIC SER203 PHOSPHONYLATED BY SARIN / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | |
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-非ポリマー , 5種, 734分子 ![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/ME2.gif)
![](data/chem/img/P15.gif)
![](data/chem/img/ETX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ME2.gif)
![](data/chem/img/P15.gif)
![](data/chem/img/ETX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-P15 / | #6: 化合物 | ChemComp-ETX / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | RESIDUE SGB REPRESENTS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 26-30% (V/V) PEG 750MME, 0.1 M HEPES PH 7.0. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月13日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→29.14 Å / Num. obs: 306983 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 50.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1J06 解像度: 2.45→28.979 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.96 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.816 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→28.979 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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