[日本語] English
万見
- PDB-2y1y: Human alphaB crystallin ACD(residues 71-157) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y1y
タイトルHuman alphaB crystallin ACD(residues 71-157)
要素ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN,
キーワードCHAPERONE / SMALL HEAT SHOCK PROTEIN / STRESS PROTEIN / EYE LENS PROTEIN / CATARACT
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / cardiac myofibril / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye ...microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / cardiac myofibril / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye / muscle organ development / actin filament bundle / HSF1-dependent transactivation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / stress-activated MAPK cascade / muscle contraction / synaptic membrane / response to hydrogen peroxide / negative regulation of cell growth / cellular response to gamma radiation / Z disc / unfolded protein binding / protein folding / response to estradiol / amyloid-beta binding / response to heat / protein refolding / microtubule binding / perikaryon / dendritic spine / lysosome / response to hypoxia / protein stabilization / axon / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin B chain, ACD domain / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like ...Alpha-crystallin B chain, ACD domain / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-crystallin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Naylor, C.E. / Bagneris, C. / Clark, A.R. / Keep, N.H. / Slingsby, C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of R120G Disease Mutant of Human Alphab-Crystallin Domain Dimer Shows Closure of a Groove
著者: Clark, A.R. / Naylor, C.E. / Bagneris, C. / Keep, N.H. / Slingsby, C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of Alpha-Crystallin Domain Dimers of Alphab-Crystallin and Hsp20.
著者: Bagneris, C. / Bateman, O.A. / Naylor, C.E. / Cronin, N. / Boelens, W.C. / Keep, N.H. / Slingsby, C.
履歴
登録2010年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN,
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4282
ポリマ－10,3101
非ポリマー1181
水1,13563
1
A: ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN,
ヘテロ分子

A: ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN,
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8574
ポリマ－20,6212
非ポリマー2362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_455-x-1,y,-z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-33.1 kcal/mol
Surface area9540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.030, 36.030, 148.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2053-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN, / ALPHAB-CRYSTALLIN / ALPHA(B)-CRYSTALLIN / HEAT SHOCK PROTEIN BETA-5 / HSPB5 / RENAL CARCINOMA ...ALPHAB-CRYSTALLIN / ALPHA(B)-CRYSTALLIN / HEAT SHOCK PROTEIN BETA-5 / HSPB5 / RENAL CARCINOMA ANTIGEN NY-REN-27 / ROSENTHAL FIBER COMPONENT


分子量: 10310.271 Da / 分子数: 1 / 断片: ALPHA-CRYSTALLIN DOMAIN (ACD), RESIDUES 71-157 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENOMETHIONE CONTAINING PROTEIN / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02511
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 137 TO MSE
配列の詳細ALPHA-CRYSTALLIN DOMAIN ONLY. HUMAN ALPHAB CRYSTALLIN ACD(RESIDUES 71-157). LEUCINE 137 MUTATED TO ...ALPHA-CRYSTALLIN DOMAIN ONLY. HUMAN ALPHAB CRYSTALLIN ACD(RESIDUES 71-157). LEUCINE 137 MUTATED TO METHIONINE FOR PHASING.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: SITTING DROPS, 20 MG/ML PROTEIN IN 25 MM TRIS, PH8.5, 200 MM NACL. EQUILIBRATED AGAINST MOTHER LIQUOR OF 110 MM BICINE, PH 9.0, 40% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.01 Å / Num. obs: 7272 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 25.4 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 26.8 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 11.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WJ7

2wj7


解像度: 2→35.012 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2211 588 4.7 %
Rwork0.2044 --
obs0.2051 7272 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.58 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1894 Å20 Å2-0 Å2
2--3.1894 Å20 Å2
3----6.3788 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.012 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数603 0 8 63 674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003638
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.673866
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.18240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04995
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003114
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.20130.18081580.18482971X-RAY DIFFRACTION100
2.2013-2.51970.24921230.19983034X-RAY DIFFRACTION100
2.5197-3.17430.24841450.20913005X-RAY DIFFRACTION100
3.1743-35.01710.20931620.20552984X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5863-0.0504-0.43710.53870.65332.89650.00520.1148-0.1072-0.2119-0.14050.0473-0.2641-0.0370.14440.15150.1195-0.00050.1684-0.00120.084-16.676514.640811.6912
20.56060.0672-0.55490.66570.09552.8189-0.32770.0825-0.20890.0870.060.03550.82310.4060.15930.26360.16410.02990.25310.01470.1893-10.112.21386.4863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 1:58
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 59:87

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る