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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r5z | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Subunit C of V-ATPase | ||||||
要素 | V-type ATP synthase subunit C | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha-helix | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Iwata, M. / Imamura, H. / Stambouli, E. / Ikeda, C. / Tamakoshi, M. / Nagata, K. / Makyio, H. / Hankamer, B. / Barber, J. / Yoshida, M. ...Iwata, M. / Imamura, H. / Stambouli, E. / Ikeda, C. / Tamakoshi, M. / Nagata, K. / Makyio, H. / Hankamer, B. / Barber, J. / Yoshida, M. / Yokoyama, K. / Iwata, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of a central stalk subunit C and reversible association/dissociation of vacuole-type ATPase. 著者: Iwata, M. / Imamura, H. / Stambouli, E. / Ikeda, C. / Tamakoshi, M. / Nagata, K. / Makyio, H. / Hankamer, B. / Barber, J. / Yoshida, M. / Yokoyama, K. / Iwata, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r5z.cif.gz | 199.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1r5z.ent.gz | 168.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r5z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1r5z_validation.pdf.gz | 452.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1r5z_full_validation.pdf.gz | 479.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1r5z_validation.xml.gz | 44.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1r5z_validation.cif.gz | 63.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/1r5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/1r5z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35968.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) プラスミド: pET3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P74902, H+-transporting two-sector ATPase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: MPD, ammonium acetate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.95 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月7日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→100 Å / Num. all: 86730 / Num. obs: 86730 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 410472 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99 % / Num. unique obs: 8633 / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 1.95→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 3.44 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.439 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.249 / Rfactor Rwork: 0.191 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 2 Å |