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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y0e | ||||||
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タイトル | BceC and the final step of UGDs reaction | ||||||
要素 | UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / CARBOHYDRATE SYNTHESIS / EXOPOLYSACCHARIDE / CYSTIC FIBROSIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / UDP-glucuronate biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / NAD binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BURKHOLDERIA CEPACIA (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Rocha, J. / Popescu, A.O. / Borges, P. / Mil-Homens, D. / Sa-Correia, I. / Fialho, A.M. / Frazao, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2011 タイトル: Structure of Burkholderia Cepacia Udp-Glucose Dehydrogenase (Ugd) Bcec and Role of Tyr10 in Final Hydrolysis of Ugd Thioester Intermediate. 著者: Rocha, J. / Popescu, A.O. / Borges, P. / Mil-Homens, D. / Moreira, L.M. / Sa-Correia, I. / Fialho, A.M. / Frazao, C. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010 タイトル: Cloning, Expression, Purification, Crystallization and Preliminary Crystallographic Studies of Bcec, a Udp-Glucose Dehydrogenase from Burkholderia Cepacia Ist408. 著者: Rocha, J. / Popescu, A.O. / Sa-Correia, I. / Fialho, A.M. / Frazao, C. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010 タイトル: Cloning, Expression, Purification, Crystallization and Preliminary Crystallographic Studies of Ugdg, an Udp-Glucose Dehydrogenase from Sphingomonas Elodea Atcc 31461. 著者: Rocha, J. / Granja, A.T. / Sa-Correia, I. / Fialho, A. / Frazao, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2y0e.cif.gz | 738.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2y0e.ent.gz | 613.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2y0e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2y0e_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2y0e_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2y0e_validation.xml.gz | 79.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2y0e_validation.cif.gz | 116.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/2y0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/2y0e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 52295.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BURKHOLDERIA CEPACIA (バクテリア) 株: IST 408 / プラスミド: PBCEC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SURE / 参照: UniProt: C9E261, UDP-glucose 6-dehydrogenase |
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-非ポリマー , 5種, 1401分子
#2: 化合物 | ChemComp-UGA / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | CRYSTALLIZ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: AT 293 K UPON VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO-LITER PROTEIN SOLUTION (5 MG/ML PROTEIN, 25 MM TRIS-HCL PH 8.3, 50 MM NACL, 2.5 MM DTT, 0.25 MM UDP-GLCA, AND 0.5 MM OXIDIZED NAD), ...詳細: AT 293 K UPON VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO-LITER PROTEIN SOLUTION (5 MG/ML PROTEIN, 25 MM TRIS-HCL PH 8.3, 50 MM NACL, 2.5 MM DTT, 0.25 MM UDP-GLCA, AND 0.5 MM OXIDIZED NAD), AND 1 MICRO-LITER WELL SOLUTION (200 MM AMMONIUM SULPHATE, 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 11 % (W/V) PEG 4K, AND 50 MM NAF), EQUILIBRATED AGAINST 500 MICRO-LITER PRECIPITATION SOLUTION IN THE WELL. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→47.56 Å / Num. obs: 197721 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PRELIMINARY (MAINLY POLY-ALA) MODEL OF SPHINGOMONAS ELODEA UGD (SEE REFERENCE 2 IN REMARK 1) 解像度: 1.75→35.689 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.07 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.484 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.689 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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