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- PDB-2xzl: Upf1-RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xzl
タイトルUpf1-RNA complex
要素
  • 5- R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U) -3
  • ATP-DEPENDENT HELICASE NAM7
キーワードHYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA COMPLEX / NMD / RNA DEGRADATION / ALLOSTERIC REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic RNA surveillance / double-stranded DNA helicase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / regulation of translational termination / intracellular mRNA localization / silent mating-type cassette heterochromatin formation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / DNA duplex unwinding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) ...cytoplasmic RNA surveillance / double-stranded DNA helicase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / regulation of translational termination / intracellular mRNA localization / silent mating-type cassette heterochromatin formation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / DNA duplex unwinding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / ribosomal small subunit binding / single-stranded DNA binding / DNA helicase / DNA recombination / RNA helicase activity / RNA helicase / protein ubiquitination / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1240 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #230 / RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / : ...Helix Hairpins - #1240 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #230 / RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / : / DNA2/NAM7-like helicase / Helix Hairpins / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Helix non-globular / Special / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / RNA / ATP-dependent helicase NAM7
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chakrabarti, S. / Jayachandran, U. / Bonneau, F. / Fiorini, F. / Basquin, C. / Domcke, S. / Le Hir, H. / Conti, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: Molecular Mechanisms for the RNA-Dependent ATPase Activity of Upf1 and its Regulation by Upf2.
著者: Chakrabarti, S. / Jayachandran, U. / Bonneau, F. / Fiorini, F. / Basquin, C. / Domcke, S. / Le Hir, H. / Conti, E.
履歴
登録2010年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-DEPENDENT HELICASE NAM7
B: 5- R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U) -3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,31820
ポリマ－92,7082
非ポリマー3,61018
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-53.9 kcal/mol
Surface area32510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.135, 114.117, 65.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ATP-DEPENDENT HELICASE NAM7 / UP FRAMESHIFT FACTOR 1 / NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY PROTEIN 1 / NUCLEAR ACCOMODATION OF ...UP FRAMESHIFT FACTOR 1 / NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY PROTEIN 1 / NUCLEAR ACCOMODATION OF MITOCHONDRIA 7 PROTEIN / UP-FRAMESHIFT SUPPRESSOR 1


分子量: 89997.070 Da / 分子数: 1 / 断片: CH DOMAIN AND HELICASE DOMAIN, RESIDUES 54-850 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) GOLD PLYSS / 参照: UniProt: P30771, RNA helicase
#2: RNA鎖 5- R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U) -3


分子量: 2710.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

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非ポリマー , 6種, 114分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 50MM MES PH 6.0, 200MM AMMONIUM ACETATE, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年11月23日 / 詳細: LN2-COOLED DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→53.2 Å / Num. obs: 33993 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 3.2 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WJV

2wjv


解像度: 2.4→41.882 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.45 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 138-143, 157-159, 213-224 261-262 AND 283-291 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 1725 5.1 %
Rwork0.1974 --
obs0.1999 33972 97.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.692 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2786 Å20 Å20.0757 Å2
2---0.175 Å20 Å2
3---0.4536 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→41.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5649 164 132 96 6041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026059
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6678237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.72208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047970
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031002
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.48580.26871630.21453241X-RAY DIFFRACTION99
2.4858-2.58530.25211520.21063233X-RAY DIFFRACTION99
2.5853-2.7030.28321600.21683257X-RAY DIFFRACTION99
2.703-2.84540.31281670.22343265X-RAY DIFFRACTION98
2.8454-3.02370.27171720.22353215X-RAY DIFFRACTION98
3.0237-3.2570.30161750.21513247X-RAY DIFFRACTION98
3.257-3.58470.24881850.20123215X-RAY DIFFRACTION98
3.5847-4.1030.21221700.1753243X-RAY DIFFRACTION98
4.103-5.16780.18232040.15663157X-RAY DIFFRACTION97
5.1678-41.88830.22751770.19843174X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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