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- PDB-2wjv: Crystal structure of the complex between human nonsense mediated ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wjv
タイトルCrystal structure of the complex between human nonsense mediated decay factors UPF1 and UPF2
要素
  • REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1
  • REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 2
キーワードHYDROLASE / ZINC-FINGER / ATP-BINDING / RNA-BINDING / NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY / NUCLEOTIDE-BINDING / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / supraspliceosomal complex / exon-exon junction complex / telomere maintenance via semi-conservative replication / positive regulation of mRNA catabolic process / cell cycle phase transition / regulation of translational termination / histone mRNA catabolic process / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / regulation of telomere maintenance ...positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / supraspliceosomal complex / exon-exon junction complex / telomere maintenance via semi-conservative replication / positive regulation of mRNA catabolic process / cell cycle phase transition / regulation of translational termination / histone mRNA catabolic process / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / regulation of telomere maintenance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / telomeric DNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cellular response to interleukin-1 / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / animal organ regeneration / mRNA export from nucleus / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / liver development / helicase activity / P-body / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cellular response to lipopolysaccharide / DNA helicase / double-stranded DNA helicase activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / RNA helicase activity / RNA helicase / DNA repair / chromatin binding / protein-containing complex binding / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rhinovirus 14, subunit 4 - #160 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #770 / Helix Hairpins - #1240 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #230 / Up-frameshift suppressor 2, C-terminal / Nonsense-mediated mRNA decay protein Nmd2/UPF2 / Up-frameshift suppressor 2 / RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain ...Rhinovirus 14, subunit 4 - #160 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #770 / Helix Hairpins - #1240 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #230 / Up-frameshift suppressor 2, C-terminal / Nonsense-mediated mRNA decay protein Nmd2/UPF2 / Up-frameshift suppressor 2 / RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / DNA2/NAM7-like helicase / : / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helix Hairpins / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Helix non-globular / Special / Few Secondary Structures / Irregular / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of nonsense transcripts 1 / Regulator of nonsense transcripts 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Clerici, M. / Mourao, A. / Gutsche, I. / Gehring, N.H. / Hentze, M.W. / Kulozik, A. / Kadlec, J. / Sattler, M. / Cusack, S.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Unusual Bipartite Mode of Interaction between the Nonsense-Mediated Decay Factors, Upf1 and Upf2.
著者: Clerici, M. / Mourao, A. / Gutsche, I. / Gehring, N.H. / Hentze, M.W. / Kulozik, A. / Kadlec, J. / Sattler, M. / Cusack, S.
履歴
登録2009年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1
B: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1
D: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 2
E: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,85133
ポリマ－201,2494
非ポリマー2,60229
水00
1
A: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1
D: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,07018
ポリマ－100,6242
非ポリマー1,44516
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-203.4 kcal/mol
Surface area39820 Å2
手法PISA
2
B: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1
E: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,78115
ポリマ－100,6242
非ポリマー1,15713
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-167.24 kcal/mol
Surface area39670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.410, 97.290, 124.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B
15A
25B
16A
26B

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PROPROPROPROAA119 - 1985 - 84
211PROPROPROPROBB119 - 1985 - 84
121ASPASPLEULEUAA235 - 239121 - 125
221ASPASPLEULEUBB235 - 239121 - 125
131PROPROGLNGLNAA246 - 256132 - 142
231PROPROGLNGLNBB246 - 256132 - 142
141GLNGLNALAALAAA261 - 275147 - 161
241GLNGLNALAALABB261 - 275147 - 161
112LEULEUGLNGLNAA294 - 324180 - 210
212LEULEUGLNGLNBB294 - 324180 - 210
113LEULEUASNASNAA765 - 905651 - 791
213LEULEUASNASNBB765 - 905651 - 791
114VALVALGLNGLNAA414 - 579300 - 465
214VALVALGLNGLNBB414 - 579300 - 465
115GLUGLUALAALAAA592 - 728478 - 614
215GLUGLUALAALABB592 - 728478 - 614
116GLNGLNTRPTRPAA324 - 333210 - 219
216GLNGLNTRPTRPBB324 - 333210 - 219
126LYSLYSLEULEUAA340 - 347226 - 233
226LYSLYSLEULEUBB340 - 347226 - 233
136GLNGLNTYRTYRAA358 - 366244 - 252
236GLNGLNTYRTYRBB358 - 366244 - 252
146PROPROGLUGLUAA372 - 394258 - 280
246PROPROGLUGLUBB372 - 394258 - 280
156PROPROVALVALAA402 - 414288 - 300
256PROPROVALVALBB402 - 414288 - 300

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.990738, 0.135769, -0.001918), (0.135572, 0.988316, -0.06965), (-0.007561, -0.069265, -0.99757)
ベクター: 44.527, -2.8712, 2.3975)

-
要素

#1: タンパク質 REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1 / UPF1 / ATP-DEPENDENT HELICASE RENT1 / NONSENSE MRNA REDUCING FACTOR 1 / UP-FRAMESHIFT SUPPRESSOR 1 ...UPF1 / ATP-DEPENDENT HELICASE RENT1 / NONSENSE MRNA REDUCING FACTOR 1 / UP-FRAMESHIFT SUPPRESSOR 1 HOMOLOG / NORF1 / HUPF1


分子量: 89984.242 Da / 分子数: 2 / 断片: CH-DOMAIN AND HELICASE DOMAIN, RESIDUES 115-914 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3)
参照: UniProt: Q92900, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: タンパク質 REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 2 / UPF2 / NONSENSE MRNA REDUCING FACTOR 2 / UP-FRAMESHIFT SUPPRESSOR 2 HOMOLOG / HUPF2


分子量: 10640.256 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL REGION, RESIDUES 1105-1198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR(DE3) / 参照: UniProt: Q9HAU5
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
非ポリマーの詳細SUPHATE ION (SO4): FROM CRYSTALLISATION MEDIUM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 1.5-1.6M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM MES PH 6.3-6.5 AND 2% V/V GLYCEROL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.94
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 49227 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 3.88 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0038精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2GK6 AND 2IYK

2gk6

2iyk


解像度: 2.85→48.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 32.993 / SU ML: 0.284 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.386 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2463 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.203 46534 96.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20 Å20.41 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----1.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13066 0 121 0 13187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02213409
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2281.97418147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.839322417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.97751636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.56724.61603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.519152403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1821580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.22028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02114593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022527
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4581.58240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0621.53316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89213322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.20435169
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.074.54825
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1497tight positional0.020.05
12B1497tight positional0.020.05
21A458tight positional0.020.05
22B458tight positional0.020.05
31A1918tight positional0.020.05
32B1918tight positional0.020.05
41A2175tight positional0.030.05
42B2175tight positional0.030.05
51A1797tight positional0.030.05
52B1797tight positional0.030.05
61A828tight positional0.020.05
62B828tight positional0.020.05
11A1497tight thermal0.9310
12B1497tight thermal0.9310
21A458tight thermal1.1510
22B458tight thermal1.1510
31A1918tight thermal1.1110
32B1918tight thermal1.1110
41A2175tight thermal1.2910
42B2175tight thermal1.2910
51A1797tight thermal1.2710
52B1797tight thermal1.2710
61A828tight thermal1.2110
62B828tight thermal1.2110
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 182 -
Rwork0.332 3418 -
obs--96.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.11421.33211.96963.0685-0.6254.7723-0.01280.30910.1565-0.10140.0603-0.35010.18790.5103-0.04740.37610.1303-0.04780.7288-0.11040.350177.707-0.44559.482
25.3865-1.48042.4823.70460.03565.5255-0.0318-0.34280.38450.1555-0.00910.34610.1054-0.67780.04090.3083-0.1293-0.01550.6304-0.00290.3004-33.9973.578-57.486
32.2818-0.1233-0.21993.0001-0.13963.29650.1180.20990.237-0.1570.012-0.1708-0.15940.4428-0.12990.2233-0.1608-0.09890.47290.00120.158746.1874.01930.207
47.6685-0.3332-1.41056.81443.839613.78010.33560.8024-0.0364-0.8776-0.381-0.3765-0.70750.34070.04551.08410.0351-0.20590.7749-0.11690.451243.389-15.893.97
53.31981.7430.54048.87882.58195.3235-0.146-0.06640.03820.0236-0.03550.93340.338-0.37130.18150.1137-0.139-0.04380.51030.06810.375413.552-9.38128
62.23490.0168-0.17792.65480.4892.60690.1511-0.15270.14330.0871-0.0097-0.10810.0354-0.2019-0.14150.19810.0863-0.14340.3955-0.00470.1563-0.8765.175-28.069
76.63990.7366-0.070514.7509-10.036718.85120.0735-0.52870.08541.62980.12990.7048-1.8706-0.8568-0.20341.02510.1402-0.13550.55880.0930.4411-0.637-12.556-0.782
84.3765-2.11940.09428.7608-2.71454.7589-0.3571-0.3618-0.03670.37120.1874-0.66120.45550.3170.16970.21630.2436-0.12970.5817-0.11350.335530.07-12.411-25.43
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 3
2X-RAY DIFFRACTION1A116 - 280
3X-RAY DIFFRACTION1D1102 - 1198
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 3
5X-RAY DIFFRACTION2B116 - 280
6X-RAY DIFFRACTION2E1102 - 1198
7X-RAY DIFFRACTION3A286 - 323
8X-RAY DIFFRACTION3A415 - 699
9X-RAY DIFFRACTION4A324 - 414
10X-RAY DIFFRACTION5A700 - 911
11X-RAY DIFFRACTION6B288 - 323
12X-RAY DIFFRACTION6B415 - 699
13X-RAY DIFFRACTION7B324 - 414
14X-RAY DIFFRACTION8B700 - 913

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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