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- PDB-2wjy: Crystal structure of the complex between human nonsense mediated ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wjy
タイトルCrystal structure of the complex between human nonsense mediated decay factors UPF1 and UPF2 Orthorhombic form
要素REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1
キーワードHYDROLASE / NONSENSE MEDIATED DECAY / ZINC-FINGER / ATP-BINDING / METAL-BINDING / UPF2 / UPF1 / HELICASE / NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY / PHOSPHOPROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / double-stranded DNA helicase activity / supraspliceosomal complex / exon-exon junction complex / telomere maintenance via semi-conservative replication / cell cycle phase transition / positive regulation of mRNA catabolic process / regulation of translational termination / histone mRNA catabolic process / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization ...positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / double-stranded DNA helicase activity / supraspliceosomal complex / exon-exon junction complex / telomere maintenance via semi-conservative replication / cell cycle phase transition / positive regulation of mRNA catabolic process / regulation of translational termination / histone mRNA catabolic process / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / regulation of telomere maintenance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / telomeric DNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cellular response to interleukin-1 / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / mRNA export from nucleus / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / P-body / helicase activity / cellular response to lipopolysaccharide / DNA helicase / chromosome, telomeric region / DNA replication / RNA helicase activity / RNA helicase / DNA repair / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1240 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #230 / RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / DNA2/NAM7-like helicase ...Helix Hairpins - #1240 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #230 / RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / DNA2/NAM7-like helicase / : / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helix Hairpins / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Helix non-globular / Special / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of nonsense transcripts 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Clerici, M. / Mourao, A. / Gutsche, I. / Gehring, N.H. / Hentze, M.W. / Kulozik, A. / Kadlec, J. / Sattler, M. / Cusack, S.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Unusual Bipartite Mode of Interaction between the Nonsense-Mediated Decay Factors, Upf1 and Upf2.
著者: Clerici, M. / Mourao, A. / Gutsche, I. / Gehring, N.H. / Hentze, M.W. / Kulozik, A. / Kadlec, J. / Sattler, M. / Cusack, S.
履歴
登録2009年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,94912
ポリマ－89,9841
非ポリマー96511
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.910, 129.140, 311.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1 / UPF1 / ATP-DEPENDENT HELICASE RENT1 / NONSENSE MRNA REDUCING FACTOR 1 / UP-FRAMESHIFT SUPPRESSOR 1 ...UPF1 / ATP-DEPENDENT HELICASE RENT1 / NONSENSE MRNA REDUCING FACTOR 1 / UP-FRAMESHIFT SUPPRESSOR 1 HOMOLOG / NORF1 / HUPF1


分子量: 89984.242 Da / 分子数: 1 / 断片: CH-DOMAIN AND HELICASE DOMAIN, RESIDUES 115-914 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3)
参照: UniProt: Q92900, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細SULPHATE ION (SO4): FROM CRSYTALLISATION MEDIUM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM MES PH 6, 10% DIOXANE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 45136 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.71 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.78 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0070精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2GK7, 2IYK

2gk7

2iyk


解像度: 2.5→46.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 16.68 / SU ML: 0.17 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2403 2266 5 %RANDOM
Rwork0.19552 ---
obs0.19777 42869 98.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å20 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6107 0 43 254 6404
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0226326
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3861.9718570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4085776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.74724.386285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.786151126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1731540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5751.53888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13926293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.82732438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0834.52277
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 175 -
Rwork0.289 3120 -
obs--99.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.75230.1417-4.67680.95990.28146.98060.12580.33850.1633-0.2399-0.0788-0.2218-0.24720.2875-0.0470.79490.02640.22730.78980.02060.312459.36517.63915.374
21.6565-0.8705-0.48552.33770.82361.35810.00310.20820.297-0.2684-0.01420.1064-0.1958-0.03340.01110.1683-0.0068-0.01370.18530.06950.178131.44237.5547.13
31.8390.0902-0.31170.9298-0.05951.11550.01720.11660.0994-0.02850.02230.0678-0.0984-0.0567-0.03950.0140.0154-0.0060.04710.00680.074627.8723.84661.044
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A116 - 279
2X-RAY DIFFRACTION2A288 - 457
3X-RAY DIFFRACTION3A458 - 913

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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