PDB-2xz6: MTSET-modified Y53C mutant of Aplysia AChBP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xz6

タイトル

MTSET-modified Y53C mutant of Aplysia AChBP

要素

SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

キーワード

RECEPTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / neuron projection / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.137 Å

データ登録者

Brams, M. / Gay, E.A. / Colon Saez, J. / Guskov, A. / Van Elk, R. / Van Der Schors, R.C. / Peigneur, S. / Tytgat, J. / Strelkov, S.V. / Smit, A.B. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures of a Cysteine-Modified Mutant in Loop D of Acetylcholine Binding Protein
著者: Brams, M. / Gay, E.A. / Colon Saez, J. / Guskov, A. / Van Elk, R. / Van Der Schors, R.C. / Peigneur, S. / Tytgat, J. / Strelkov, S.V. / Smit, A.B. / Yakel, J.L. / Ulens, C.

履歴

登録	2010年11月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2xz6.ent.gz	700.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2xz6_validation.pdf.gz	519 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xz6_full_validation.pdf.gz	556.9 KB	表示
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CIF形式データ	2xz6_validation.cif.gz	93.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/2xz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/2xz6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2xz5C 2uz6S 2br7 2br8 2byn 2byp 2byq 2byr 2bys 2c9t 2w8f 2w8g 2wn9 2wnc 2wnj 2wnl 2wzy 2x00 2xnt 2xnu 2xnv 2xys 2xyt 2y7y S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2w8f-1 2xnu-d 2xnt-1 2xyt-2 2xnv-1 2w8f-2 2xyt-1 5lxb-1 3peo-1 5oaj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

F: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

G: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

H: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

I: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

J: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

ヘテロ分子

247 kDa, 10 ポリマー
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1

F: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

G: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

H: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

I: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

J: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 5 ポリマー
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2

A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	144.824, 144.824, 274.588
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1
9	1
10	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:184 OR RESSEQ 193:205 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 1:184 OR RESSEQ 193:205 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 1:184 OR RESSEQ 193:205 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 1:184 OR RESSEQ 193:205 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 1:184 OR RESSEQ 193:205 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 1:184 OR RESSEQ 193:205 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 1:184 OR RESSEQ 193:205 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 1:184 OR RESSEQ 193:205 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)
9	1	1	CHAIN I AND (RESSEQ 1:184 OR RESSEQ 193:205 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)
10	1	1	CHAIN J AND (RESSEQ 1:184 OR RESSEQ 193:205 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)

#1: タンパク質	SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR / ACHBP 分子量: 24628.547 Da / 分子数: 10 / 断片: RESIDUES 20-236 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MTSET MODIFIED 由来: (組換発現) APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物) 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8WSF8
#2: 化合物	ChemComp-ETM / 2-(TRIMETHYLAMMONIUM)ETHYL THIOL / チオコリン分子量: 120.236 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄NS
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 72 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 72 TO CYS ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 72 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 72 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, TYR 72 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, TYR 72 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, TYR 72 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, TYR 72 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, TYR 72 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, TYR 72 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN I, TYR 72 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN J, TYR 72 TO CYS

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.86 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 150 MM KSCN, BISTRISPROPANE PH 8.5, 14% PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→100 Å / Num. obs: 50724 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 31.61 Å² / R_merge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 4.1
反射シェル	解像度: 3.15→3.32 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2UZ6

2uz6

解像度: 3.137→95.95 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2363	2601	5.1 %
R_work	0.1859	-	-
obs	0.1886	50724	95.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.4 Å² / k_sol: 0.311 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-37.7125 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-37.7125 Å²	0 Å²
3-	-	-	-38.9257 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.137→95.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16310	0	70	0	16380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	16790
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.069	22870
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.641	6140
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	2570
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2950

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1568	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1568	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	3	C	1568	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062
1	4	D	1568	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	5	E	1568	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
1	6	F	1568	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056
1	7	G	1568	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	8	H	1568	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	9	I	1568	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
1	10	J	1568	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1374-3.2495	0.348	465	0.2901	8622	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2495-3.3796	0.2931	465	0.2469	8872	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3796-3.5335	0.2958	481	0.2206	8980	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5335-3.7198	0.2756	479	0.2103	8943	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7198-3.9528	0.2314	483	0.1856	8962	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9528-4.258	0.2101	536	0.1509	8967	X-RAY DIFFRACTION	97
4.258-4.6865	0.181	472	0.1273	9007	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6865-5.3646	0.1747	501	0.1404	8902	X-RAY DIFFRACTION	96
5.3646-6.7586	0.196	479	0.1619	8788	X-RAY DIFFRACTION	95
6.7586-95.9953	0.2368	437	0.196	8661	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8686	0.4049	-5.8344	5.7323	1.5514	6.4707	-0.1825	1.7526	-0.2399	-1.2631	0.205	-0.2892	-0.8782	-0.9592	-0.3656	0.613	0.2219	0.0942	0.5339	-0.0299	0.286	-22.4467	24.5309	-61.7579
2	0.2647	0.0838	0.5265	1.6105	0.5735	2.9979	0.0427	-0.1115	0.0055	0.2293	-0.1944	0.5242	0.6419	0.0575	0.1447	0.2734	-0.0146	0.1877	0.3654	-0.0391	0.3434	-32.9481	35.3479	-36.8338
3	3.8385	1.02	4.5196	1.1807	0.6263	6.1594	0.7012	0.5259	-1.2939	0.3094	1.0345	0.0012	-0.4322	0.0421	-1.4608	0.212	0.0238	-0.0233	0.3639	0.0334	0.5019	-30.473	29.5835	-36.902
4	2.3914	0.1698	1.1734	0.853	1.019	2.0282	0.0511	0.4282	0.0857	-0.0593	0.4229	0.0434	-0.0246	0.6205	-0.0969	0.337	-0.0553	-0.0627	0.1795	-0.0765	0.2648	-28.1637	29.2264	-47.7457
5	3.7227	1.2004	3.2236	0.6727	1.1072	2.8052	0.8156	0.2874	-0.8071	0.6728	-0.4336	0.0228	1.0678	-0.2837	-0.6137	0.3336	-0.1196	-0.0224	0.2957	-0.3222	0.5345	-28.9538	23.8567	-48.8591
6	0.666	-0.7331	0.704	0.9181	-0.3845	1.6592	-0.4279	-0.1625	-0.3314	0.1006	0.3105	0.3414	0.0671	-0.3395	0.0419	0.1979	0.0203	0.1176	0.3428	0.0376	0.3475	-34.5535	32.3667	-27.5074
7	1.1433	0.3284	-1.2333	2.2831	-0.9668	2.3574	0.2386	0.0038	-0.2557	0.5162	0.0979	0.9611	-0.2304	0.2061	-0.2878	0.115	-0.0164	0.1706	0.1171	0.0809	0.4361	-41.6123	37.0543	-29.0588
8	2.4133	2.034	1.7405	5.9665	4.2829	6.0583	0.1151	0.378	-0.5123	0.241	0.5933	-0.7492	0.9386	0.1498	-0.7773	0.2163	0.0382	-0.211	0.1922	-0.2477	0.4652	-36.7423	44.0322	-62.0959
9	0.5709	0.1215	-0.9656	0.5827	-0.4824	1.6986	-0.2444	-0.1411	0.0674	-0.3066	-0.0453	-0.2189	0.4023	-0.0861	0.1383	0.1711	-0.0267	-0.039	0.2294	-0.0894	0.3007	-30.9015	58.8245	-38.6092
10	3.3352	-0.1553	0.6394	5.5052	0.6813	1.7758	-0.0744	0.0954	0.1886	-0.6574	-0.1306	-0.3106	-0.0369	0.1913	-0.0837	0.1278	-0.0334	-0.0812	0.1226	-0.1145	0.1385	-38.3909	52.7139	-54.5163
11	0.9301	-0.3879	-0.0236	0.8779	0.8908	0.9383	-0.1772	0.223	-0.1334	0.1582	-0.0605	0.6386	0.2215	-0.2312	0.2736	0.27	-0.1512	-0.0072	0.2417	-0.0833	0.3374	-30.6703	56.3525	-32.5425
12	1.2049	1.6698	-1.2512	3.4402	-2.6019	3.331	-0.1161	0.3009	0.0513	0.4513	0.0884	0.4275	-0.284	-0.581	0.0299	0.1259	0.0142	0.0317	0.1577	-0.1625	0.2317	-35.1349	61.3633	-33.3461
13	2.1525	0.8695	0.6702	0.8386	1.6647	4.8499	-0.9348	-0.0028	0.1801	0.0513	-0.0218	0.2343	0.3311	-0.5128	0.6064	0.2101	0.1477	0.0806	0.2941	-0.1683	0.5012	-37.5825	67.439	-30.5105
14	2.6863	0.6203	-0.0277	0.6938	-1.3255	4.6705	-0.0386	-0.5943	0.7009	-0.6875	0.1004	0.4639	0.967	0.0059	-0.3347	0.2123	0.1337	-0.0019	0.1902	0.0163	0.528	-31.7803	69.6892	-31.7742
15	2.0317	1.4495	-1.0507	1.2393	-0.1273	2.3282	-0.7194	0.5556	-0.2882	-0.2772	0.1541	-0.2872	-0.6505	-0.206	0.4826	0.2225	-0.0333	-0.129	0.1185	0.0335	0.3581	-11.7297	66.2451	-54.7607
16	0.6011	-0.8969	-0.4597	1.6709	0.1273	2.1234	-0.1349	0.1121	0.4364	-0.1222	0.1348	0.005	-0.1236	-0.3399	0.0033	0.2198	-0.1704	-0.1037	0.3295	0.1137	0.3906	-12.6048	67.6217	-44.7672
17	0.3871	-0.0055	0.727	1.8943	-2.6702	4.975	-0.2078	0.1944	-0.2105	0.0307	-0.2147	-0.7422	0.2577	-0.1563	0.3572	0.0341	0.021	-0.0807	0.2911	-0.141	0.3838	-11.1158	61.6534	-44.3275
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60	3.4179	0.0333	1.4695	1.1832	-0.7165	1.1199	0.2097	0.0625	0.1614	0.0734	-0.1771	0.0861	0.026	0.3839	-0.0778	0.2001	0.064	0.0334	0.265	0.0394	0.1455	-10.7083	127.2143	-19.8245
61	2.4151	0.3424	0.6482	0.7123	-0.6961	1.1169	0.0908	-0.5508	-0.4019	-0.346	0.1479	-0.3709	0.1654	-0.5403	-0.0819	0.0391	0.1653	0.097	0.4153	0.0312	0.3912	-12.7891	126.8051	-29.6017
62	1.2348	0.4832	0.225	0.3232	1.155	8.3689	-0.1767	0.1622	0.2056	-0.2964	-0.1906	-0.1912	-1.3332	0.2163	-1.3174	0.3893	-0.1289	0.0802	0.1797	0.1966	0.2452	-11.8819	135.9935	-41.2373
63	0.5071	-0.258	0.1016	1.4816	0.3073	2.3239	-0.3827	0.3015	0.2426	0.1503	-0.1644	0.193	0.162	-0.0926	0.0593	0.2657	-0.137	0.0262	0.0564	0.1187	0.2459	-13.6974	143.2763	-38.0053
64	2.335	-2.2545	0.3821	2.5438	0.156	2.3141	-0.162	-0.2224	-0.0188	0.392	0.3716	0.0633	0.7112	0.3998	0.0509	0.3329	-0.0116	-0.0896	0.1647	0.0899	0.3725	-26.3066	136.3098	-5.3614
65	0.129	0.4591	-0.2185	1.3173	0.4836	3.3615	-0.0994	-0.064	0.1178	-0.1085	0.187	-0.3729	-0.7294	0.3226	0.3668	0.2207	0.101	-0.0819	0.2019	0.1753	0.2289	-39.939	137.6476	-32.4872
66	1.5683	0.059	0.6296	1.4044	0.7589	1.088	0.2405	0.3043	0.3567	-0.0978	-0.4545	0.0097	0.1681	-0.0581	0.0739	0.2981	0.072	0.0198	0.4055	0.0673	0.2478	-30.0491	143.7213	-12.4376
67	1.3575	0.8721	0.9872	0.6752	0.9066	1.2226	0.0327	0.139	0.4237	0.0335	-0.025	0.0754	0.125	0.0816	-0.0235	0.1769	-0.0429	0.0154	0.116	0.0716	0.2943	-35.4195	135.4176	-25.0578
68	0.472	0.3758	-0.5674	0.3148	-0.4315	0.6236	-0.1131	0.2204	0.113	0.1249	0.0061	0.1631	-0.0885	-0.1067	0.0326	0.1403	0.0343	-0.0414	0.1554	0.0231	0.1711	-41.0219	141.0223	-36.1652
69	3.6984	-0.821	-4.3498	1.7734	-0.2623	6.7245	-0.0508	0.8321	-0.4908	-0.2441	-0.4908	0.1604	-0.5528	-1.0214	-0.1309	0.1998	0.1152	-0.1698	0.3539	0.0105	0.3625	-46.2017	142.8621	-37.4189
70	1.5989	0.6408	-2.6088	1.8137	-2.1156	6.8167	0.0142	-0.3177	0.7666	0.0358	0.0938	0.0053	0.1595	0.8424	0.0136	0.2816	0.1495	-0.0142	0.1413	-0.0007	0.4473	-44.6403	142.6072	-39.5332

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:14)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 15:48)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 49:59)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 60:102)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 103:114)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 115:184)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 185:205)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 1:13)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 14:56)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 57:89)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 90:137)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 138:173)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 174:184)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 185:205)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 1:38)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN C AND RESID 39:73)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN C AND RESID 74:101)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN C AND RESID 102:114)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN C AND RESID 115:173)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN C AND RESID 174:186)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN C AND RESID 187:205)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN D AND RESID 1:13)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN D AND RESID 14:52)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN D AND RESID 53:57)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN D AND RESID 58:81)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN D AND RESID 82:129)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN D AND RESID 130:172)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN D AND RESID 173:205)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(CHAIN E AND RESID 1:17)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(CHAIN E AND RESID 18:47)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(CHAIN E AND RESID 48:58)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(CHAIN E AND RESID 59:99)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(CHAIN E AND RESID 100:125)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(CHAIN E AND RESID 126:172)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(CHAIN E AND RESID 173:205)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(CHAIN F AND RESID 1:13)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(CHAIN F AND RESID 14:53)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(CHAIN F AND RESID 54:71)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(CHAIN F AND RESID 72:95)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(CHAIN F AND RESID 96:121)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(CHAIN F AND RESID 122:174)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(CHAIN F AND RESID 175:205)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(CHAIN G AND RESID 1:13)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(CHAIN G AND RESID 14:52)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(CHAIN G AND RESID 53:101)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(CHAIN G AND RESID 102:114)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(CHAIN G AND RESID 115:173)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(CHAIN G AND RESID 174:193)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(CHAIN G AND RESID 194:205)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(CHAIN H AND RESID 1:13)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(CHAIN H AND RESID 14:53)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(CHAIN H AND RESID 54:77)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(CHAIN H AND RESID 78:113)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(CHAIN H AND RESID 114:160)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(CHAIN H AND RESID 161:196)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(CHAIN H AND RESID 197:205)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(CHAIN I AND RESID 1:14)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(CHAIN I AND RESID 15:48)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(CHAIN I AND RESID 49:62)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(CHAIN I AND RESID 63:97)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	(CHAIN I AND RESID 98:125)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	(CHAIN I AND RESID 126:174)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	(CHAIN I AND RESID 175:205)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	(CHAIN J AND RESID 1:17)
65	X-RAY DIFFRACTION	65	(CHAIN J AND RESID 18:53)
66	X-RAY DIFFRACTION	66	(CHAIN J AND RESID 54:81)
67	X-RAY DIFFRACTION	67	(CHAIN J AND RESID 82:112)
68	X-RAY DIFFRACTION	68	(CHAIN J AND RESID 113:167)
69	X-RAY DIFFRACTION	69	(CHAIN J AND RESID 168:190)
70	X-RAY DIFFRACTION	70	(CHAIN J AND RESID 191:205)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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