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- PDB-2xz4: Crystal structure of the LFZ ectodomain of the peptidoglycan reco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xz4
タイトルCrystal structure of the LFZ ectodomain of the peptidoglycan recognition protein LF
要素PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN LF
キーワードIMMUNE SYSTEM / INNATE IMMUNITY
機能・相同性
機能・相同性情報


Antimicrobial peptides / negative regulation of peptidoglycan recognition protein signaling pathway / defense response to other organism / negative regulation of immune response / determination of adult lifespan / response to bacterium / antibacterial humoral response / innate immune response / signaling receptor binding / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan recognition protein family domain, metazoa/bacteria / Peptidoglycan recognition protein / Animal peptidoglycan recognition proteins homologous to Bacteriophage T3 lysozyme. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / COPPER (II) ION / Peptidoglycan-recognition protein LF
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Basbous, N. / Coste, F. / Leone, P. / Vincentelli, R. / Royet, J. / Kellenberger, C. / Roussel, A.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2011
タイトル: The Drosophila Peptidoglycan-Recognition Protein Lf Interacts with Peptidoglycan-Recognition Protein Lc to Downregulate the Imd Pathway.
著者: Basbous, N. / Coste, F. / Leone, P. / Vincentelli, R. / Royet, J. / Kellenberger, C. / Roussel, A.
履歴
登録2010年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN LF
B: PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN LF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6999
ポリマ－41,0732
非ポリマー6267
水4,107228
1
A: PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN LF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9765
ポリマ－20,5361
非ポリマー4404
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN LF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7234
ポリマ－20,5361
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.802, 113.443, 37.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-500-

CU

21A-2004-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN LF / PGRP-LIKE PROTEIN / PGRP-LF


分子量: 20536.312 Da / 分子数: 2 / 断片: LFZ ECTODOMAIN, RESIDUES 52-226 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PMT/BIP/V5-HISA / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8SXQ7
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細LFZ IS THE FIRST PGRP ECTODOMAIN OF PGRP-LF

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 30% PEG300, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月30日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→45.17 Å / Num. obs: 34205 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.72→1.81 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2F2L CHAIN X

2f2l


解像度: 1.72→33.747 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2014 1718 5 %
Rwork0.1636 --
obs0.1655 34162 98.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.451 Å2 / ksol: 0.415 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7313 Å2-0 Å20 Å2
2---3.1114 Å20 Å2
3---2.3802 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→33.747 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2609 0 35 228 2872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072726
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0843682
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.708990
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005477
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.78150.23711470.21533114X-RAY DIFFRACTION95
1.7815-1.85280.26061560.18183231X-RAY DIFFRACTION100
1.8528-1.93710.22041910.16723221X-RAY DIFFRACTION100
1.9371-2.03930.20311810.16063250X-RAY DIFFRACTION100
2.0393-2.1670.19911810.14793243X-RAY DIFFRACTION100
2.167-2.33430.18341710.14343277X-RAY DIFFRACTION99
2.3343-2.56910.19851760.15133245X-RAY DIFFRACTION99
2.5691-2.94070.20361810.16143262X-RAY DIFFRACTION98
2.9407-3.70420.16371770.15023287X-RAY DIFFRACTION98
3.7042-33.75370.20151570.16463314X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6359-0.30240.73981.2636-0.1970.87080.17110.267-0.3652-0.04010.0437-0.4848-0.0710.2281-0.13750.0428-0.0024-0.00970.1167-0.02680.28133.85973.63016.3186
20.5627-0.79280.20841.89880.27950.5144-0.0105-0.18610.1470.38350.1418-0.7059-0.02150.2209-0.05130.2073-0.0099-0.11360.1056-0.03630.141529.57878.361719.4018
31.0735-1.21360.13893.25560.05120.3084-0.00720.0915-0.05640.24450.06650.1835-0.0212-0.0251-0.08560.0695-0.00730.00190.09040.02020.08320.4827-3.410912.0748
45.5129-1.7579-1.31185.9176-0.13060.36920.1720.75990.089-0.8336-0.2464-0.2735-0.1153-0.31310.05610.12390.01950.01660.1760.03590.127926.61537.211-2.5889
50.56130.00620.37351.01150.21720.649-0.05630.01050.16830.08610.1009-0.2069-0.0925-0.0008-0.02480.09970.0254-0.02230.12560.00790.147421.757611.998610.6234
60.52460.2396-0.44170.9044-0.10590.75540.07530.08480.05590.0916-0.0423-0.133-0.0683-0.08210.00170.09030.0148-0.03070.10450.00790.122125.15131.676212.8272
72.5183-0.8847-1.13052.0743-0.12390.8584-0.1096-0.3123-0.21910.29810.07740.39580.0212-0.14510.01740.09130.00360.02770.11150.00570.138717.0655-2.386411.3941
81.1640.05821.66324.15221.60894.3484-0.09630.0463-0.1034-0.6573-0.13810.6581-0.102-0.29960.16810.20930.0339-0.09060.2307-0.08810.215614.4981-4.4337-3.6106
90.9137-0.01011.35670.12620.25162.48170.14680.0194-0.0271-0.0455-0.1621-0.10110.2656-0.0220.00310.1210.0060.00420.1130.00420.158927.1139-9.84734.3879
102.6716-1.9356-0.07292.37420.12031.1974-0.3476-0.28380.04280.40560.3054-0.37210.22450.17490.01590.15030.0092-0.04650.1252-0.00340.146230.1996-14.706916.0462
110.10150.0072-0.23122.19510.05650.8144-0.0454-0.21-0.34730.1369-0.02220.51290.023-0.09910.09940.10010.00690.04080.136-0.00550.220411.1525-6.521413.4218
120.5446-0.50680.37620.9763-0.38550.46190.20640.1147-0.3252-0.1791-0.11820.39280.20180.0169-0.08060.1185-0.0124-0.02090.1435-0.04310.272212.774-12.31156.2937
130.63470.2781-0.00031.1486-0.04740.3154-0.0699-0.01210.0594-0.01290.1172-0.20640.0003-0.0069-0.0060.07930.0068-0.0040.14050.01630.178315.218916.87370.7579
140.8102-0.7831-0.00495.501-1.46861.62120.027-0.1138-0.1639-0.64440.17250.01760.2489-0.0723-0.12210.1894-0.0111-0.03330.1497-0.02220.13684.005711.1975-9.4669
151.7231-0.6923-0.64982.597-0.04420.251-0.1202-0.021-0.02520.08480.1010.1195-0.218-0.2343-0.05340.13460.04510.01740.13040.03010.10131.190825.276-1.4544
160.759-0.38040.40471.6005-0.22611.7395-0.2364-0.1905-0.02060.12760.03680.219-0.2104-0.05050.12110.15310.05180.02710.15770.0260.1248.822516.64358.6122
170.5343-0.3710.42930.4384-0.20931.0012-0.0221-0.0384-0.04180.07810.0111-0.0575-0.1474-0.08020.0160.117-0.0044-0.00140.10760.01150.11546.020618.6019-0.9663
180.18951.1912-0.90989.3389-4.96986.76550.1195-0.1586-0.16490.15090.26971.3132-0.162-0.4542-0.28230.1590.0345-0.02990.23830.05060.2807-3.009220.5337-8.1105
190.6469-0.2678-0.98120.31590.3321.71-0.073-0.22210.14130.41050.05280.2395-0.4766-0.2681-0.01990.37490.08590.03140.1702-0.01260.13623.801530.37628.4289
200.9290.754-0.71170.843-1.57018.78170.1087-0.27720.16410.431-0.1712-0.0886-0.89960.39920.08330.2291-0.0185-0.01340.13290.01390.190110.380833.2184-4.7539
216.28520.9123-1.82815.1878-0.59150.8768-0.05180.6583-0.163-0.6857-0.0488-0.4845-0.0429-0.04360.11920.21950.02170.02440.1443-0.00730.16669.337730.5158-14.7517
222.43352.1393-3.96634.201-4.40377.3494-0.21430.3704-0.40510.06890.33180.77860.0677-1.0245-0.0310.26070.1190.09290.20060.10180.3549-3.245332.4528-6.0597
238.2073-7.0487-2.82616.09751.94066.5075-0.6439-0.7833-1.26350.38530.26451.2928-0.4079-1.56670.37380.29910.21990.11450.50790.0080.4568-7.336430.0535.1229
240.6064-1.9649-0.69736.2492.18320.8163-0.25-0.3337-0.04330.77460.46850.00290.5162-0.031-0.18690.4030.17760.03330.29410.0210.2667-2.886338.4223-1.2427
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 8:16)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 17:27)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 28:45)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 46:53)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 54:66)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 67:96)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 97:113)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 114:119)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 120:132)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 133:142)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 143:155)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 156:173)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 8:19)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 20:28)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 29:45)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 46:63)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN B AND RESID 64:91)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN B AND RESID 92:104)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN B AND RESID 105:122)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN B AND RESID 123:133)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN B AND RESID 134:139)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN B AND RESID 140:148)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN B AND RESID 149:162)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN B AND RESID 163:172)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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