PDB-2xz8: CRYSTAL STRUCTURE OF THE LFW ECTODOMAIN OF THE PEPTIDOGLYCAN RECO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xz8

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE LFW ECTODOMAIN OF THE PEPTIDOGLYCAN RECOGNITION PROTEIN LF

要素

PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN LF

キーワード

IMMUNE SYSTEM / DROSOPHILA / INNATE IMMUNITY / PGRP-LF

機能・相同性

機能・相同性情報

Antimicrobial peptides / negative regulation of peptidoglycan recognition protein signaling pathway / defense response to other organism / negative regulation of immune response / determination of adult lifespan / response to bacterium / antibacterial humoral response / signaling receptor binding / innate immune response / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Basbous, N. / Coste, F. / Leone, P. / Vincentelli, R. / Royet, J. / Kellenberger, C. / Roussel, A.

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2011
タイトル: The Drosophila Peptidoglycan-Recognition Protein Lf Interacts with Peptidoglycan-Recognition Protein Lc to Downregulate the Imd Pathway.
著者: Basbous, N. / Coste, F. / Leone, P. / Vincentelli, R. / Royet, J. / Kellenberger, C. / Roussel, A.

履歴

登録	2010年11月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xz8.cif.gz	124.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xz8.ent.gz	98.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xz8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/2xz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/2xz8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2xz4C 2f2lS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gqz-d 3qgw-1 4m14-d 3t9t-d 5uis-2 6x3o-2 2fb8-2 5ew9-d 2eg3-1 2fb8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN LF

B: PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN LF

ヘテロ分子

34.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.240, 82.240, 178.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1368- NA
2	1	A-2001- HOH
3	1	A-2070- HOH
4	1	A-2099- HOH
5	1	B-2048- HOH

#1: タンパク質	PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN LF / PGRP-LIKE PROTEIN / PGRP-LF 分子量: 16954.184 Da / 分子数: 2 / 断片: LFW ECTODOMAIN, RESIDUES 230-369 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): ORIGAMI / 参照: UniProt: Q8SXQ7
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 3.8 / 詳細: 45% PEG 300, 0.1M PHOSPHATE CITRATE PH 3.8.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月24日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→37.82 Å / Num. obs: 27070 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 21.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.94→2.04 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2F2L (CHAIN A)

2f2l

解像度: 1.94→35.611 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2096	1356	5 %
R_work	0.1735	-	-
obs	0.1752	27026	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 70.747 Å² / k_sol: 0.406 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.9046 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.9046 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.6469 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→35.611 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2074	0	35	180	2289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2162
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.015	2944
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.086	766
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	335
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	375

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-2.0093	0.2214	135	0.1994	2490	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0093-2.0898	0.1984	124	0.1773	2493	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0898-2.1849	0.1856	136	0.1681	2508	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1849-2.3	0.208	129	0.1636	2507	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3-2.4441	0.1983	155	0.1605	2505	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4441-2.6328	0.2079	140	0.164	2543	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6328-2.8976	0.2154	137	0.1658	2568	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8976-3.3166	0.23	135	0.17	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3166-4.1776	0.1766	142	0.1472	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1776-35.6169	0.2352	123	0.1953	2815	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9195	-0.5559	2.1538	0.7197	-0.9028	1.613	0.0212	0.3827	0.0328	-0.0107	-0.116	-0.1767	0.1098	0.113	0.081	0.1061	0.0374	0.0189	0.1881	-0.0092	0.0914	16.5237	39.2855	94.6827
2	0.4446	-1.125	-0.948	2.668	1.3979	0.8829	-0.0569	0.1073	-0.0909	0.3821	-0.0415	0.2588	0.2818	0.1051	0.0535	0.2754	0.1	-0.0187	0.1838	-0.0055	0.1492	12.8659	43.8781	78.0846
3	4.5609	-5.6073	2.4254	-1.3518	-3.3685	5.0262	-0.9909	-0.6148	1.7374	0.0628	-0.1637	-0.2533	-1.4941	-0.6004	0.8884	0.4448	0.0959	-0.1589	0.2642	-0.1468	0.3804	15.7382	58.0046	95.6454
4	0.7274	-0.8063	-0.2259	-0.5128	-0.2854	2.1049	-0.0217	-0.0409	0.1341	0.0698	-0.023	-0.0259	-0.2321	-0.1818	0.0559	0.1375	0.0354	-0.0385	0.1223	-0.0115	0.1323	10.9248	47.8453	99.3777
5	-0.3518	-0.1266	0.5184	1.3076	-0.328	1.5018	-0.0243	0.0177	-0.0015	0.0334	-0.1137	-0.1293	-0.017	0.2802	0.1242	0.1043	0.0063	-0.0018	0.1355	0.0191	0.1106	16.8526	46.9089	91.1233
6	1.9833	1.8727	1.5512	2.5702	-3.0833	7.2898	-0.2306	-0.1352	-0.1056	-0.359	0.4231	0.0842	0.5776	-0.6843	0.0384	0.1535	0.0034	-0.007	0.1911	-0.0323	0.1394	8.749	40.5208	84.5017
7	1.2929	-0.0416	-0.951	0.6338	-1.4807	3.5843	0.2038	0.0475	0.2081	0.0276	-0.2962	-0.178	-0.6239	0.1447	0.034	0.2279	0.0095	0.0134	0.1537	0.0594	0.1865	18.3384	53.1305	84.5488
8	0.8996	-0.7106	1.3743	1.666	1.2742	2.6504	-0.0999	0.0914	0.0079	0.4718	0.101	-0.1901	0.6378	0.7584	-0.0315	0.274	0.1594	0.0165	0.2638	0.055	0.1711	23.7523	42.1953	77.4005
9	2.5914	1.4663	-0.3669	6.8036	-3.6511	5.4418	0.4258	1.2958	0.3095	-1.5258	-0.9328	-0.3425	0.7515	-0.6202	0.3645	0.438	0.2529	0.0021	0.4518	0.0802	0.1524	17.7116	43.7261	71.356
10	3.5254	-0.3749	1.1456	-0.0968	-1.0465	3.0689	-0.3741	0.2776	0.3487	0.0604	0.244	-0.0794	-0.3481	0.0923	0.0933	0.2629	0.1089	-0.0575	0.1637	0.0159	0.1563	10.1478	55.4076	79.1344
11	1.2135	-0.3968	-0.9387	0.3941	0.6923	1.2796	-0.0404	0.1464	0.009	-0.0771	-0.0341	0.1019	-0.1917	-0.059	0.0606	0.1506	0.0135	-0.0058	0.1459	-0.0108	0.1368	23.7275	31.3398	93.9112
12	0.9198	-0.7019	0.1449	0.908	0.4297	0.1798	0.1888	0.1852	-0.0512	-0.297	-0.2765	-0.0444	0.1415	0.2013	0.0593	0.2726	0.1184	-0.0005	0.2025	-0.0159	0.1766	27.732	21.7341	81.989
13	2.0598	-3.9488	-2.1512	2.1111	4.4318	6.0286	-0.1819	-0.3415	-0.7536	0.8826	-0.4737	0.4125	1.7338	0.2644	0.493	0.7052	0.0485	0.1391	0.2721	0.1046	0.3426	21.6682	13.1791	100.0202
14	0.8793	-1.0778	0.0622	0.8132	1.1221	3.8757	-0.0511	-0.3526	-0.2038	0.2722	0.013	-0.093	0.519	0.6736	0.0397	0.1844	0.0931	0.0378	0.1799	0.0213	0.1118	30.5193	23.5852	100.0428
15	1.2401	0.0274	-0.2139	1.7498	1.2768	1.3577	-0.029	0.0715	-0.0037	0.2077	-0.1136	0.2039	0.2167	-0.0518	0.1164	0.1204	0.0074	0.0169	0.0984	-0.0197	0.1097	23.4254	23.1308	92.2363
16	1.6865	0.3306	-2.8029	3.0849	2.4725	4.8354	0.2396	-0.1828	0.1383	-0.4614	0.0416	-0.1381	-0.2688	0.5804	-0.1236	0.0634	0.0194	0.0057	0.1074	0.0144	0.1211	30.4039	29.5829	86.0108
17	0.8487	-0.1155	1.4901	2.812	-0.6076	1.9566	-0.0705	0.3281	-0.0407	0.1462	-0.1599	-0.2722	0.0337	0.4497	0.1154	0.2113	0.0344	0.0137	0.2082	-0.0224	0.1555	28.6006	22.5221	84.5834
18	3.9181	-1.2595	0.4903	-2.5124	2.3531	5.337	0.1492	-0.0163	-0.9507	1.0777	0.1704	0.5153	2.1379	-0.1828	-0.1948	0.7506	-0.0097	-0.0644	0.1774	-0.0571	0.4323	19.4257	12.6929	86.9363
19	0.593	-0.158	-0.0657	2.4093	1.4252	2.3715	0.1567	0.1883	-0.28	-0.4101	-0.5176	0.1592	-0.1453	-0.4977	0.2765	0.2636	0.0996	-0.0565	0.2473	-0.1152	0.2242	16.8048	25.3101	78.1909
20	2.0672	-1.9922	-1.0138	4.8545	0.0651	1.5015	-0.1949	0.3935	0.0142	0.1515	-0.2712	-0.2668	-0.2623	0.0731	0.2617	0.4075	0.1584	0.0301	0.194	-0.0485	0.1973	28.06	16.612	78.0797

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 234:254)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 255:26)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 265:273)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 274:295)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 296:314)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 315:326)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 327:346)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 347:355)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 356:360)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 361:368)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 231:252)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 253:264)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 265:271)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 272:292)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 293:311)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 312:320)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN B AND RESID 321:330)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN B AND RESID 331:342)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN B AND RESID 343:355)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN B AND RESID 356:364)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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