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- PDB-2xz2: Crystal structure of CstF-50 homodimerization domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xz2
タイトルCrystal structure of CstF-50 homodimerization domain
要素CSTF-50, ISOFORM B
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN / 3' END MRNA MATURATION / TRANSCRIPTION
機能・相同性Cleavage stimulation factor subunit 1, dimerisation domain / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Up-down Bundle / Mainly Alpha / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :
機能・相同性情報
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Moreno-Morcillo, M. / Fribourg, S.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2011
タイトル: Hexameric Architecture of Cstf Supported by Cstf- 50 Homodimerization Domain Structure.
著者: Moreno-Morcillo, M. / Minvielle-Sebastia, L. / Mackereth, C. / Fribourg, S.
履歴
登録2010年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CSTF-50, ISOFORM B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8466
ポリマ－7,6481
非ポリマー1985
水72140
1
A: CSTF-50, ISOFORM B
ヘテロ分子

A: CSTF-50, ISOFORM B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,69212
ポリマ－15,2962
非ポリマー39610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area4290 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area8230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.230, 52.230, 57.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 CSTF-50, ISOFORM B


分子量: 7648.064 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-65 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IMG2
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 100 MM HEPES PH 7.5, 3% PEG400, 1.4 M AMMONIUM SULFATE, 15% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 13968 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.52 % / Biso Wilson estimate: 13.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 21.56
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 5.19 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 5.13 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.4→12.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9489 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2452 702 5.03 %RANDOM
Rwork0.1989 ---
obs0.2012 7738 --
原子変位パラメータBiso mean: 19.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5921 Å20 Å20 Å2
2--1.2175 Å20 Å2
3----0.6254 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.168 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→12.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数525 0 11 40 576
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01568HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.99762HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d217SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes14HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes81HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it568HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion72SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact718SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.51 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2282 146 5.21 %
Rwork0.2142 2658 -
all0.2149 2804 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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