[日本語] English
万見
- PDB-2xz1: The Structure of the 2:2 (Fully Occupied) Complex Between Stearoy... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xz1
タイトルThe Structure of the 2:2 (Fully Occupied) Complex Between Stearoyl Acyl Carrier Protein Desaturase from Ricinus Communis (Castor Bean) and Acyl Carrier Protein.
要素
  • ACYL CARRIER PROTEIN 1, CHLOROPLASTIC
  • ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
キーワードOXIDOREDUCTASE/LIPID BINDING PROTEIN / OXIDOREDUCTASE-LIPID BINDING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase / : / stearoyl-[ACP] desaturase activity / stearoyl-CoA 9-desaturase activity / chloroplast stroma / phosphopantetheine binding / acyl carrier activity / chloroplast / defense response / fatty acid biosynthetic process ...stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase / : / stearoyl-[ACP] desaturase activity / stearoyl-CoA 9-desaturase activity / chloroplast stroma / phosphopantetheine binding / acyl carrier activity / chloroplast / defense response / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fatty acid desaturase type 2, conserved site / Fatty acid desaturases family 2 signature. / Acyl carrier protein, chloroplastic / Fatty acid desaturase, type 2 / Fatty acid desaturase / ACP-like / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A ...Fatty acid desaturase type 2, conserved site / Fatty acid desaturases family 2 signature. / Acyl carrier protein, chloroplastic / Fatty acid desaturase, type 2 / Fatty acid desaturase / ACP-like / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Ferritin-like superfamily / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / : / Chem-PNY / Acyl carrier protein 1, chloroplastic / Stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種RICINUS COMMUNIS (トウゴマ)
SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Guy, J.E. / Moche, M. / Whittle, E. / Lengqvist, J. / Shanklin, J. / Lindqvist, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Remote Control of Regioselectivity in Acyl-Acyl Carrier Protein-Desaturases.
著者: Guy, J.E. / Whittle, E. / Moche, M. / Lengqvist, J. / Lindqvist, Y. / Shanklin, J.
履歴
登録2010年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
B: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
C: ACYL CARRIER PROTEIN 1, CHLOROPLASTIC
D: ACYL CARRIER PROTEIN 1, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,11213
ポリマ－101,2564
非ポリマー8569
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9200 Å2
ΔGint-25.5 kcal/mol
Surface area45310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.404, 76.404, 403.372
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12C
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PROPROLEULEU1BB17 - 36317 - 363
211PROPROLEULEU1AA17 - 36317 - 363
121FEFEFEFE1BI - J401 - 402
221FEFEFEFE1AE - F401 - 402
112ALAALAASPASP6CC1 - 371 - 37
212ALAALAASPASP6DD1 - 371 - 37
122LEULEUALAALA4CC39 - 8239 - 82
222LEULEUALAALA4DD39 - 8239 - 82

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.6935, -0.7205, -0.005791), (-0.7205, 0.6935, -0.001873), (0.005366, 0.002873, -1)53.32, 22.63, -50.99
2given(0.9894, 0.01811, 0.1444), (-0.02697, 0.9979, 0.05963), (-0.143, -0.06289, 0.9877)8.442, 5.173, 6.836

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC / DELTA(9) STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE / STEAROYL-ACP DESATURASE


分子量: 41703.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RICINUS COMMUNIS (トウゴマ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P22337, stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase
#2: タンパク質 ACYL CARRIER PROTEIN 1, CHLOROPLASTIC / ACP I / ACYL CARRIER PROTEIN I


分子量: 8924.858 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SER38 CHAIN D IS A PHOSPHOSERINE, IN CHAIN C IT IS ALSO LINKED TO A FRAGMENT OF PANTETHEINE
由来: (組換発現) SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P07854

-
非ポリマー , 4種, 9分子

#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#6: 化合物 ChemComp-PNY / (2R)-2,4-dihydroxy-3,3-dimethyl-N-{3-oxo-3-[(2-sulfanylethyl)amino]propyl}butanamide / pantetheine / (R)-2,4-Dihydroxy-N-(3-((2-mercaptoethyl)amino)-3-oxopropyl)-3,3-dimethylbutanamide / パンテテイン


分子量: 278.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22N2O4S

-
詳細

配列の詳細SEQUENCE AS DESCRIBED IN BROADWATER AND FOX PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION VOL 15, 314-326 (1999)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.69 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.8
詳細: 16-20% MPD,6-8% PEG20000, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 5.8, 4-6% ACETONITRILE

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→20 Å / Num. obs: 16101 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 3.35→3.44 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AFR

1afr


解像度: 3.35→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 60.836 / SU ML: 0.445 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.585 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25451 857 5.1 %RANDOM
Rwork0.20933 ---
obs0.21155 16101 94.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 107.329 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.51 Å20 Å20 Å2
2--2.51 Å20 Å2
3----5.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6923 0 25 0 6948
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227084
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0941.9669593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5085861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.68524.64347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.48115.0121266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9061548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
12A2815tight positional0.030.05
11B2815tight positional0.030.05
22A343medium positional0.490.5
22B343medium positional0.490.5
22A272loose positional0.515
22B272loose positional0.515
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.437 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 66 -
Rwork0.301 1164 -
obs--95.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.02530.4873-0.7583.0386-0.19392.2152-0.0708-0.2671-0.10530.2380.00190.12810.1011-0.03220.06890.08950.05120.06160.1478-0.02870.115813.576717.8856-14.2148
23.3239-0.6489-1.10641.6956-0.25712.17210.01510.05390.0859-0.1723-0.11040.00530.01050.03110.09530.05720.0472-0.00690.04490.00720.039231.51725.7606-36.3897
38.8262-3.93091.53411.61863.51537.66960.20070.9544-0.3289-1.601-0.26390.7929-0.5676-0.8490.06320.76390.0869-0.01930.5329-0.00370.420739.492714.5488-71.1199
43.3866-3.09044.53362.8898-4.14486.1477-0.0538-0.07390.05040.143-0.0135-0.38140.08650.20.06731.53030.0248-0.04041.31570.02091.881913.63472.823421.2458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 363
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 403
3X-RAY DIFFRACTION1A501
4X-RAY DIFFRACTION2B16 - 363
5X-RAY DIFFRACTION2B401 - 403
6X-RAY DIFFRACTION2B501
7X-RAY DIFFRACTION3C1 - 1138
8X-RAY DIFFRACTION4D1 - 82

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る