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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xz0 | ||||||
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タイトル | The Structure of the 2:1 (Partially Occupied) Complex Between Stearoyl Acyl Carrier Protein Desaturase from Ricinus Communis (Castor Bean) and Acyl Carrier Protein. | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE/LIPID BINDING PROTEIN / OXIDOREDUCTASE-LIPID BINDING PROTEIN COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase / : / stearoyl-[ACP] desaturase activity / stearoyl-CoA 9-desaturase activity / chloroplast stroma / phosphopantetheine binding / acyl carrier activity / chloroplast / defense response / fatty acid biosynthetic process ...stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase / : / stearoyl-[ACP] desaturase activity / stearoyl-CoA 9-desaturase activity / chloroplast stroma / phosphopantetheine binding / acyl carrier activity / chloroplast / defense response / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Moche, M. / Guy, J.E. / Whittle, E. / Lengqvist, J. / Shanklin, J. / Lindqvist, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Remote Control of Regioselectivity in Acyl-Acyl Carrier Protein-Desaturases. 著者: Guy, J.E. / Whittle, E. / Moche, M. / Lengqvist, J. / Lindqvist, Y. / Shanklin, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 472.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 392.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 475.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 495.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 18 - 363 / Label seq-ID: 18 - 363
NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 41703.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P22337, stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase #2: タンパク質 | | 分子量: 8924.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SER38 (SEP IN SEQUENCE) IS A PHOSPHOSERINE 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 33分子 ![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-FE / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | SEQUENCE AS DESCRIBED IN BROADWATER |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.37 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.62 詳細: 4-5% PEG 20000, 8% PEG 550MME, 180MM SODIUM BROMIDE, 100MM SODIUM ACETATE PH 5.62, 15% GLYCEROL. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.811 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. obs: 33376 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1AFR 解像度: 3→29.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 46.969 / SU ML: 0.389 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.45 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 98.175 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→29.28 Å
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拘束条件 |
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