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- PDB-2xz0: The Structure of the 2:1 (Partially Occupied) Complex Between Ste... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xz0
タイトルThe Structure of the 2:1 (Partially Occupied) Complex Between Stearoyl Acyl Carrier Protein Desaturase from Ricinus Communis (Castor Bean) and Acyl Carrier Protein.
要素
  • ACYL CARRIER PROTEIN 1, CHLOROPLASTIC
  • ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
キーワードOXIDOREDUCTASE/LIPID BINDING PROTEIN / OXIDOREDUCTASE-LIPID BINDING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase / stearoyl-[ACP] desaturase activity / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / chloroplast / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fatty acid desaturase type 2, conserved site / Fatty acid desaturases family 2 signature. / Fatty acid desaturase, type 2 / Fatty acid desaturase / Acyl carrier protein, chloroplastic / ACP-like / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A ...Fatty acid desaturase type 2, conserved site / Fatty acid desaturases family 2 signature. / Fatty acid desaturase, type 2 / Fatty acid desaturase / Acyl carrier protein, chloroplastic / ACP-like / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Ferritin-like superfamily / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Acyl carrier protein 1, chloroplastic / Stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種RICINUS COMMUNIS (トウゴマ)
SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Moche, M. / Guy, J.E. / Whittle, E. / Lengqvist, J. / Shanklin, J. / Lindqvist, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Remote Control of Regioselectivity in Acyl-Acyl Carrier Protein-Desaturases.
著者: Guy, J.E. / Whittle, E. / Moche, M. / Lengqvist, J. / Lindqvist, Y. / Shanklin, J.
履歴
登録2010年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月14日Group: Other
改定 1.22011年10月26日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
B: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
C: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
D: ACYL CARRIER PROTEIN 1, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,62814
ポリマ－134,0354
非ポリマー59310
水41423
1
C: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子

C: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7618
ポリマ－83,4072
非ポリマー3546
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area6350 Å2
ΔGint-23.3 kcal/mol
Surface area35030 Å2
手法PISA
2
A: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
B: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
D: ACYL CARRIER PROTEIN 1, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,74810
ポリマ－92,3313
非ポリマー4167
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7210 Å2
ΔGint-19.8 kcal/mol
Surface area41370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.274, 188.274, 81.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 18 - 363 / Label seq-ID: 18 - 363

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.5685, -0.88227, -0.003608), (-0.8227, -0.5684, -0.08182), (0.00468, 0.0072, -1)-89.34, -170.5, 21.79
2given(-0.8505, -0.5258, 0.01109), (0.5259, -0.8505, 0.008639), (0.004889, 0.01318, 0.9999)-165.8, -206.9, 4.942

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC / DELTA(9) STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE / STEAROYL-ACP DESATURASE


分子量: 41703.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RICINUS COMMUNIS (トウゴマ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P22337, stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase
#2: タンパク質 ACYL CARRIER PROTEIN 1, CHLOROPLASTIC / ACP I / ACYL CARRIER PROTEIN I


分子量: 8924.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SER38 (SEP IN SEQUENCE) IS A PHOSPHOSERINE
由来: (組換発現) SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P07854

-
非ポリマー , 4種, 33分子

#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE AS DESCRIBED IN BROADWATER AND FOX (PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION VOL 15, 314-326, 1999)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.37 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.62
詳細: 4-5% PEG 20000, 8% PEG 550MME, 180MM SODIUM BROMIDE, 100MM SODIUM ACETATE PH 5.62, 15% GLYCEROL.

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.811
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 33376 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AFR

1afr


解像度: 3→29.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 46.969 / SU ML: 0.389 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.45 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27744 1363 4.1 %RANDOM
Rwork0.24292 ---
obs0.24434 32013 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 98.175 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.88 Å21.44 Å20 Å2
2--2.88 Å20 Å2
3----4.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9044 0 13 23 9080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0229252
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2991.95812526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.84351116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.1624.06463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.58215.0091632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1761572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6291.55596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.84829054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.54333656
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1874.53472
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2807 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.070.05
2Btight positional0.090.05
3Ctight positional0.070.05
1Atight thermal0.251
2Btight thermal0.261
3Ctight thermal0.251
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 93 -
Rwork0.314 2321 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6230.126-0.35171.63450.2163.79670.06160.2249-0.24490.0817-0.03230.79420.2615-1.9392-0.02930.053-0.09110.04021.05090.07390.4429-29.4568-110.484910.4569
21.5724-0.87330.73812.8723-0.34032.1694-0.03570.06870.58250.17140.00140.2664-1.1238-0.57920.03420.68930.36570.1820.31450.10760.3997-15.4788-83.403710.6003
31.5195-0.0209-0.36942.72990.41132.2529-0.23330.0601-0.7681-0.0157-0.06310.17911.37570.03260.29640.89910.04520.16890.016-0.03350.4151-0.3176-29.577313.7109
43.8820.5186-2.04551.93610.73211.68330.402-1.51-0.32540.1458-0.4777-0.10940.08090.71070.07571.5256-0.10970.32640.717-0.07020.6635-15.6472-53.644732.6085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 363
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 402
3X-RAY DIFFRACTION1A501
4X-RAY DIFFRACTION2B18 - 363
5X-RAY DIFFRACTION2B401 - 402
6X-RAY DIFFRACTION2B501
7X-RAY DIFFRACTION2B601
8X-RAY DIFFRACTION3C18 - 363
9X-RAY DIFFRACTION3C401 - 402
10X-RAY DIFFRACTION3C501
11X-RAY DIFFRACTION4D1 - 82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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