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- PDB-2xyi: Crystal Structure of Nurf55 in complex with a H4 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xyi
タイトルCrystal Structure of Nurf55 in complex with a H4 peptide
要素
  • HISTONE H4
  • PROBABLE HISTONE-BINDING PROTEIN CAF1
キーワードTRANSCRIPTION / REPRESSOR / PHOSPHOPROTEIN / WD-REPEAT
機能・相同性
機能・相同性情報


G0 and Early G1 / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Transcriptional Regulation by E2F6 / Regulation of PTEN gene transcription / Neddylation / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / eggshell chorion gene amplification / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins ...G0 and Early G1 / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Transcriptional Regulation by E2F6 / Regulation of PTEN gene transcription / Neddylation / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / eggshell chorion gene amplification / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / RCAF complex / RMTs methylate histone arginines / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Transcriptional regulation by small RNAs / Estrogen-dependent gene expression / Myb complex / HATs acetylate histones / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / segment specification / CAF-1 complex / polytene chromosome / NuRD complex / NURF complex / facultative heterochromatin formation / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome organization / ESC/E(Z) complex / nuclear chromosome / Sin3-type complex / histone methyltransferase complex / regulation of mitotic cell cycle / RNA polymerase II transcription regulator complex / histone deacetylase binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / chromosome / chromatin organization / histone binding / transcription regulator complex / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. ...Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone-fold / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Histone H4 / Chromatin assembly factor 1 p55 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Stirnimann, C.U. / Nowak, A.J. / Mueller, C.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Chromatin-Modifying Complex Component Nurf55/P55 Associates with Histones H3, H4 and Polycomb Repressive Complex 2 Subunit Su(Z)12 Through Partially Overlapping Binding Sites.
著者: Nowak, A.J. / Alfieri, C. / Stirnimann, C.U. / Rybin, V. / Baudin, F. / Ly-Hartig, N. / Lindner, D. / Muller, C.W.
履歴
登録2010年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年10月9日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.52023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE HISTONE-BINDING PROTEIN CAF1
B: HISTONE H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7387
ポリマ－50,9432
非ポリマー7955
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint7.2 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.510, 59.210, 65.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE HISTONE-BINDING PROTEIN CAF1 / CHROMATIN ASSEMBLY FACTOR 1 P55 SUBUNIT / CAF-1 P55 SUBUNIT / NUCLEOSOME-REMODELING FACTOR 55 KDA ...CHROMATIN ASSEMBLY FACTOR 1 P55 SUBUNIT / CAF-1 P55 SUBUNIT / NUCLEOSOME-REMODELING FACTOR 55 KDA SUBUNIT / NURF-55


分子量: 48689.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PFASTBACHT / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q24572
#2: タンパク質・ペプチド HISTONE H4


分子量: 2253.764 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 27-46 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P84040
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 35%(V/V) PEG 400, 100MM MES PH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 1.0085
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0085 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→25 Å / Num. obs: 46472 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 18.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3C99

3c99


解像度: 1.75→24.397 Å / SU ML: 0.05 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1948 1859 4 %
Rwork0.161 --
obs0.1624 46467 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.22 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.272 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8604 Å20 Å2-0.0787 Å2
2---4.7543 Å20 Å2
3---0.313 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→24.397 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3158 0 53 398 3609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053418
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9714647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9981275
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.79730.26371400.21573374X-RAY DIFFRACTION97
1.7973-1.85020.19921420.19143390X-RAY DIFFRACTION97
1.8502-1.90990.23111410.17423392X-RAY DIFFRACTION98
1.9099-1.97810.23441410.17123390X-RAY DIFFRACTION98
1.9781-2.05730.2031430.16593429X-RAY DIFFRACTION98
2.0573-2.15080.17991420.15623402X-RAY DIFFRACTION98
2.1508-2.26420.1981420.15643424X-RAY DIFFRACTION98
2.2642-2.40590.22351420.15983402X-RAY DIFFRACTION98
2.4059-2.59150.16721440.16153444X-RAY DIFFRACTION99
2.5915-2.85190.19391440.15233465X-RAY DIFFRACTION99
2.8519-3.26380.21181450.16253469X-RAY DIFFRACTION99
3.2638-4.10880.17371450.13823487X-RAY DIFFRACTION99
4.1088-24.3990.17241480.1593540X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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