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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xxc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a camelid VHH raised against the HIV-1 capsid protein C-terminal domain. | ||||||
要素 | CAMELID VHH 9 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | VICUGNA PACOS (アルパカ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å | ||||||
データ登録者 | Igonet, S. / Vaney, M.C. / Bartonova, V. / Helma, J. / Rothbauer, U. / Leonhardt, H. / Stura, E. / Krausslich, H.-G. / Rey, F.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Targeting HIV-1 Virion Formation with Nanobodies -Implications for the Design of Assembly Inhibitors 著者: Igonet, S. / Vaney, M.C. / Bartonova, V. / Helma, J. / Rothbauer, U. / Leonhardt, H. / Stura, E. / Krausslich, H.-G. / Rey, F.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xxc.cif.gz | 40.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xxc.ent.gz | 27 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xxc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2xxc_validation.pdf.gz | 423.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2xxc_full_validation.pdf.gz | 425.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2xxc_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2xxc_validation.cif.gz | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xxc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 13213.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VICUGNA PACOS (アルパカ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RIL |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE VHH RESIDUES (CHAIN B) ARE NUMBERED ACCORDING TO THE KABAT NUMBERING. THE 6XHISTIDINE TAG AT ...THE VHH RESIDUES (CHAIN B) ARE NUMBERED ACCORDING TO THE KABAT NUMBERING. THE 6XHISTIDINE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.72 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 28-30 % W/V PEG 4000, 100 MM SODIUM CITRATE PH 4.6, 100 MM AMMONIUM SULFATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月10日 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS PLUS CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.67→32 Å / Num. obs: 19028 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 25.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.67→1.76 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 58.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2XT1 解像度: 1.67→13.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9447 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9249 / SU R Cruickshank DPI: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.092 / SU Rfree Blow DPI: 0.092 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.085 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. THE 6XHISTIDINE TAG AT THE C-TERMINUS IS DISORDERED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.26 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.183 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→13.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.67→1.76 Å / Total num. of bins used: 10
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