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万見
- PDB-2xxc: Crystal structure of a camelid VHH raised against the HIV-1 capsi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xxc
タイトルCrystal structure of a camelid VHH raised against the HIV-1 capsid protein C-terminal domain.
要素CAMELID VHH 9
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種VICUGNA PACOS (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Igonet, S. / Vaney, M.C. / Bartonova, V. / Helma, J. / Rothbauer, U. / Leonhardt, H. / Stura, E. / Krausslich, H.-G. / Rey, F.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Targeting HIV-1 Virion Formation with Nanobodies -Implications for the Design of Assembly Inhibitors
著者: Igonet, S. / Vaney, M.C. / Bartonova, V. / Helma, J. / Rothbauer, U. / Leonhardt, H. / Stura, E. / Krausslich, H.-G. / Rey, F.A.
履歴
登録2010年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: CAMELID VHH 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2141
ポリマ－13,2141
非ポリマー00
水2,792155
1
B: CAMELID VHH 9

B: CAMELID VHH 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4282
ポリマ－26,4282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-5.5 kcal/mol
Surface area10050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.208, 80.208, 52.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: 抗体 CAMELID VHH 9


分子量: 13213.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VICUGNA PACOS (アルパカ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RIL
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE VHH RESIDUES (CHAIN B) ARE NUMBERED ACCORDING TO THE KABAT NUMBERING. THE 6XHISTIDINE TAG AT ...THE VHH RESIDUES (CHAIN B) ARE NUMBERED ACCORDING TO THE KABAT NUMBERING. THE 6XHISTIDINE TAG AT THE C-TERMINUS IS DISORDERED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.72 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 28-30 % W/V PEG 4000, 100 MM SODIUM CITRATE PH 4.6, 100 MM AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月10日
詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS PLUS CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→32 Å / Num. obs: 19028 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 25.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.67→1.76 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 58.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XT1

2xt1


解像度: 1.67→13.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9447 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9249 / SU R Cruickshank DPI: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.092 / SU Rfree Blow DPI: 0.092 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.085
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. THE 6XHISTIDINE TAG AT THE C-TERMINUS IS DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2101 958 5.06 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.1815 18940 92.64 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1261 Å20 Å20 Å2
2--5.1261 Å20 Å2
3----10.2522 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.183 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→13.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数855 0 0 155 1010
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01944HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.151282HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d348SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes21HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes149HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it944HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.75
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion119SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1205SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.76 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2749 94 5.98 %
Rwork0.2517 1477 -
all0.2531 1571 -
obs--92.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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