PDB-2xtp: Crystal structure of nucleotide-free human GIMAP2, amino acid res...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xtp

タイトル

Crystal structure of nucleotide-free human GIMAP2, amino acid residues 1-260

要素

GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / G PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid droplet / GTP binding / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Schwefel, D. / Froehlich, C. / Daumke, O.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Oligomerization in Septin-Like Gtpase of Immunity-Associated Protein 2 (Gimap2)
著者: Schwefel, D. / Froehlich, C. / Eichhorst, J. / Wiesner, B. / Behlke, J. / Aravind, L. / Daumke, O.

履歴

登録	2010年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xtp.cif.gz	97.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xtp.ent.gz	80.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xtp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xtp_validation.pdf.gz	406.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xtp_full_validation.pdf.gz	409.3 KB	表示
XML形式データ	2xtp_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	2xtp_validation.cif.gz	16.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xtp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xtp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xtmC 2xtnC 2xtoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qgn-1 4bt6-d 3axd-2 1m78-1 1nn6-d 3rkk-2 4eeh-d 1eyq-1 1fm8-2 1qg4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 2

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.380, 60.910, 72.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 2 / IMMUNITY-ASSOCIATED PROTEIN 2 / HIMAP2 / GIMAP2 分子量: 29354.859 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-260 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q9UG22
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.62 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 11-12% 2-PROPANOL, 15% GLYCEROL, pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9797, 0.9849

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月23日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9797	1
2	0.9849	1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 183804 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 26.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.6

反射シェル

解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0070	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.5→19.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.353 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20382	2085	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18009	-	-	-
obs	0.18128	38936	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.251 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.64 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1712	0	0	179	1891

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.161	1.961	2431
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.904	5	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.406	24.684	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.651	15	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.154	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.671	1.5	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.287	2	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.238	3	676
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.481	4.5	616
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	151	-
R_work	0.247	2817	-
obs	-	-	99.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7952	0.2423	0.1947	0.3599	-0.1766	0.6408	0.0272	0.0097	-0.0452	-0.0036	0.021	-0.0311	-0.0446	-0.0164	-0.0483	0.0267	0.0048	-0.0039	0.0147	-0.0062	0.0197	23.0923	49.5628	8.4488
2	0.8855	0.2195	0.0108	0.8568	0.7048	1.5097	0.0175	0.0293	0.0835	-0.0184	0.0157	0.0887	-0.0767	0.0274	-0.0332	0.0279	0.0076	0.0041	0.0046	0.0009	0.0235	19.0515	54.8041	10.1244
3	0.4786	-0.1446	0.0186	0.5549	0.0254	0.3927	0.0127	-0.0298	-0.0362	0.0084	-0.0194	-0.0077	0.015	0.0138	0.0067	0.0145	-0.0053	-0.0007	0.0066	0.0064	0.0123	27.3776	42.8102	13.9628
4	9.7067	-2.3106	1.3695	3.612	-0.1229	4.2	0.1602	-0.4049	0.3494	0.5161	-0.1793	0.2567	0.0256	-0.2959	0.0191	0.1592	-0.024	0.1204	0.1103	-0.0032	0.1032	9.0248	48.6878	27.002

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	21 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	44 - 96
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	97 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	220 - 254

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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