+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xs5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the RRM domain of mouse Deleted in azoospermia- like in complex with Mvh RNA, UGUUC | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX / TRANSLATION REGULATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() female meiosis II / translation activator activity / positive regulation of meiotic nuclear division / oocyte maturation / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / germ cell development / positive regulation of translational initiation / mRNA 3'-UTR binding / spermatogenesis / ribosome ...female meiosis II / translation activator activity / positive regulation of meiotic nuclear division / oocyte maturation / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / germ cell development / positive regulation of translational initiation / mRNA 3'-UTR binding / spermatogenesis / ribosome / protein-containing complex / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jenkins, H.T. / Edwards, T.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Kinked Beta-Strands Mediate High-Affinity Recognition of Mrna Targets by the Germ-Cell Regulator Dazl 著者: Jenkins, H.T. / Edwards, T.A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 77.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 452.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9987, -0.05053, -0.000232), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9797.299 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 32-117 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 1523.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-PEG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | 詳細: 0.1 M MAGNESIUM ACETATE, 18% (W/V) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月15日 詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→27.07 Å / Num. obs: 29634 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2XS2 解像度: 1.6→27.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.234 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.648 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.07 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|