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- PDB-2xro: Crystal structure of TtgV in complex with its DNA operator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xro
タイトルCrystal structure of TtgV in complex with its DNA operator
要素
  • (TTGV OPERATOR DNA) x 2
  • HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGV
キーワードDNA-BINDING PROTEIN/DNA / DNA-BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX / TETRAMERIC GENE REGULATOR / COOPERATIVE DNA BINDING / MULTIDRUG BINDING PROTEIN / ANTIBIOTIC RESISTANCE / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA )
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / Bacterial transcriptional regulator / IclR helix-turn-helix domain / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / : / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / GAF domain / GAF-like domain superfamily ...helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / Bacterial transcriptional regulator / IclR helix-turn-helix domain / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / : / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OSMIUM ION / DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional regulator TtgV
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lu, D. / Fillet, S. / Meng, C. / Alguel, Y. / Kloppsteck, P. / Bergeron, J. / Krell, T. / Gallegos, M.-T. / Ramos, J. / Zhang, X.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Ttgv in Complex with its DNA Operator Reveals a General Model for Cooperative DNA Binding of Tetrameric Gene Regulators.
著者: Lu, D. / Fillet, S. / Meng, C. / Alguel, Y. / Kloppsteck, P. / Bergeron, J. / Krell, T. / Gallegos, M.T. / Ramos, J. / Zhang, X.
履歴
登録2010年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGV
B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGV
E: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGV
F: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGV
X: TTGV OPERATOR DNA
Y: TTGV OPERATOR DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,9708
ポリマ－128,5896
非ポリマー3802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19510 Å2
ΔGint-139.9 kcal/mol
Surface area51790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.584, 89.584, 416.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN B AND (RESSEQ 14:253 )
211CHAIN F AND (RESSEQ 14:253 )
112CHAIN A AND (RESSEQ 15:253 )
212CHAIN E AND (RESSEQ 15:253 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGV / TOLUENE TOLERANCE PUMP TTGGHI OPERON REPRESSOR


分子量: 25606.568 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 14-253 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93PU6
#2: DNA鎖 TTGV OPERATOR DNA


分子量: 12818.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
#3: DNA鎖 TTGV OPERATOR DNA


分子量: 13344.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
#4: 化合物 ChemComp-OS / OSMIUM ION


分子量: 190.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Os
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 109 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 205 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 109 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 205 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 109 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 205 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, CYS 109 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, CYS 205 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, CYS 109 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, CYS 205 TO SER
配列の詳細SER 13 IS THE RESULT OF CLONING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.32 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.1409
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→77.5 Å / Num. obs: 25878 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 116.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XRN

2xrn


解像度: 3.4→62.225 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 29.65 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: B_SOL IS 102. NO SIGMA CUTOFF WAS APPLIED TO THE DATA. FULL ANOMALOUS DATA USED FOR FIT TO DATA STATISTICS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2823 1316 5 %
Rwork0.2139 --
obs0.217 25878 92.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 99 Å2 / ksol: 0.258 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.9817 Å20 Å20 Å2
2---12.9817 Å20 Å2
3---25.9635 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→62.225 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7102 1736 2 0 8840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019435
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23812753
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4843505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031334
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B1780X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12F1780X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
21A1768X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22E1768X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.52150.36592200.31734104X-RAY DIFFRACTION84
3.5215-3.66250.31842520.28684170X-RAY DIFFRACTION86
3.6625-3.82910.3171780.2684366X-RAY DIFFRACTION89
3.8291-4.0310.32432590.25934460X-RAY DIFFRACTION91
4.031-4.28350.29512760.21954485X-RAY DIFFRACTION92
4.2835-4.61410.26092290.20774590X-RAY DIFFRACTION94
4.6141-5.07820.32512350.20864691X-RAY DIFFRACTION96
5.0782-5.81260.26772420.20714813X-RAY DIFFRACTION98
5.8126-7.32140.26482280.19814942X-RAY DIFFRACTION100
7.3214-62.23560.24081790.18574709X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.8937 Å / Origin y: 37.406 Å / Origin z: -34.9819 Å
111213212223313233
T0.1499 Å2-0.3391 Å2-0.0409 Å2-0.5345 Å20.031 Å2--0.1238 Å2
L1.8457 °2-0.1525 °20.7888 °2-2.0483 °2-1.3185 °2--2.1531 °2
S-0.0888 Å °-0.1243 Å °-0.0831 Å °-0.09 Å °-0.0016 Å °0.1445 Å °0.0927 Å °-0.158 Å °0.0293 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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