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- PDB-6j8w: Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with lig 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j8w
タイトルStructure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with lig 1
要素MoeN5,DNA-binding protein 7d
キーワードTRANSFERASE / MOENOMYCIN / ANTIBIOTICS / BIOSYNTHESIS / PRENYL TRANSFERASE / ALPHA
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / Chromo-like domain superfamily / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C0X / MoeN5 / DNA-binding protein 7d
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces ghanaensis (バクテリア)
Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Ko, T.P. / Zhang, L.L. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019
タイトル: Complex structures of MoeN5 with substrate analogues suggest sequential catalytic mechanism.
著者: Zhang, L.L. / Ko, T.P. / Malwal, S.R. / Liu, W.D. / Zhou, S.Y. / Yu, X.J. / Oldfield, E. / Guo, R.T. / Chen, C.C.
履歴
登録2019年1月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MoeN5,DNA-binding protein 7d
B: MoeN5,DNA-binding protein 7d
C: MoeN5,DNA-binding protein 7d
D: MoeN5,DNA-binding protein 7d
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,1646
ポリマ－150,3274
非ポリマー8372
水9,026501
1
A: MoeN5,DNA-binding protein 7d
B: MoeN5,DNA-binding protein 7d


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1642
ポリマ－75,1642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area25390 Å2
手法PISA
2
C: MoeN5,DNA-binding protein 7d
D: MoeN5,DNA-binding protein 7d
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0004
ポリマ－75,1642
非ポリマー8372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area24230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.777, 217.673, 104.416
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-636-

HOH

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要素

#1: タンパク質
MoeN5,DNA-binding protein 7d / 7 kDa DNA-binding protein d / Sso7d


分子量: 37581.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MOEN5-SSO7D fusion protein
由来: (組換発現) Streptomyces ghanaensis (バクテリア), (組換発現) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
遺伝子: moeN5, sso7d, sso7d-1, SSO10610 / プラスミド: pET32Xa/LIC / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A010, UniProt: P39476
#2: 化合物 ChemComp-C0X / (2S)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoic acid


分子量: 418.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C20H35O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 % / Mosaicity: 0.748 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1 / 詳細: 0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月23日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→25 Å / Num. obs: 65630 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 1.419 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 461075
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.34-2.426.90.82765350.7620.3380.8941.294100
2.42-2.527.10.63964810.8510.2570.6891.303100
2.52-2.647.10.47564580.9130.1910.5131.356100
2.64-2.777.10.34665190.9520.1390.3741.32100
2.77-2.957.10.24965310.9730.10.2681.35100
2.95-3.177.10.17365300.9870.070.1871.479100
3.17-3.497.10.10665490.9940.0420.1141.592100
3.49-47.10.06465820.9970.0260.0691.352100
4-5.0370.05866190.9970.0240.0621.81499.9
5.03-256.80.04568260.9980.0190.0481.32299.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B02

5b02


解像度: 2.35→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.027 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22488 3301 5 %RANDOM
Rwork0.17532 ---
obs0.17777 62154 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.35→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8856 0 46 501 9403
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0139250
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6871.64512536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4131.5920253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4551188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.45120.304526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.313151548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5915104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022005
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2325.3664761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2325.3644760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2098.0295946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.2098.0315947
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9685.9224489
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9645.9214488
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.4088.626591
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.52299.95839178
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.53399.95938968
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 266 -
Rwork0.24 4446 -
obs--98.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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