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- PDB-2xrn: Crystal structure of TtgV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xrn
タイトルCrystal structure of TtgV
要素HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGV
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / TETRAMER GENE REGULATOR / COOPERATIVE DNA BINDING / MULTIDRUG BINDING PROTEIN / ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / IclR helix-turn-helix domain / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / : / Bacterial transcriptional regulator IclR C-terminal / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / GAF domain / GAF-like domain superfamily ...helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / IclR helix-turn-helix domain / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / : / Bacterial transcriptional regulator IclR C-terminal / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator TtgV
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lu, D. / Fillet, S. / Meng, C. / Alguel, Y. / Kloppsteck, P. / Bergeron, J. / Krell, T. / Gallegos, M.-T. / Ramos, J. / Zhang, X.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Ttgv in Complex with its DNA Operator Reveals a General Model for Cooperative DNA Binding of Tetrameric Gene Regulators.
著者: Lu, D. / Fillet, S. / Meng, C. / Alguel, Y. / Kloppsteck, P. / Bergeron, J. / Krell, T. / Gallegos, M.T. / Ramos, J. / Zhang, X.
履歴
登録2010年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGV
B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2132
ポリマ－51,2132
非ポリマー00
水1267
1
A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGV
B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGV

A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGV
B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4264
ポリマ－102,4264
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area10850 Å2
ΔGint-59.9 kcal/mol
Surface area39050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.862, 116.184, 71.881
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 15:253 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 15:253 )

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.240939, 0.000269, -0.97054), (-0.003886, -0.999992, -0.001242), (-0.970532, 0.004071, -0.240936)
ベクター: -26.8252, 60.2082, -34.491)

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要素

#1: タンパク質 HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGV / TOLUENE TOLERANCE PUMP TTGGHI OPERON REPRESSOR


分子量: 25606.568 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 14-253 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93PU6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 109 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 205 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 109 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 205 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 109 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 205 TO SER
配列の詳細SER 13 IS THE RESULT OF CLONING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.05 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9695
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9695 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→69 Å / Num. obs: 12547 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 57.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→44.609 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 30.16 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: NO SIGMA CUTOFF WAS APPLIED TO THE DATA. FULL ANOMALOUS DATA USED IN FIT TO DATA STATISTICS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 629 5 %
Rwork0.2123 --
obs0.2156 12547 92.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.137 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3387 Å20 Å29.9073 Å2
2--1.7304 Å20 Å2
3----3.0692 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→44.609 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3551 0 0 7 3558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9864879
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3221327
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003625
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1761X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1761X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.117
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-3.03210.39911330.35082676X-RAY DIFFRACTION91
3.0321-3.19190.33631390.25392672X-RAY DIFFRACTION91
3.1919-3.39180.27761180.24072738X-RAY DIFFRACTION92
3.3918-3.65360.32981200.24632686X-RAY DIFFRACTION92
3.6536-4.0210.30141490.22652725X-RAY DIFFRACTION93
4.021-4.60240.28011560.18392720X-RAY DIFFRACTION93
4.6024-5.79650.26541400.18422769X-RAY DIFFRACTION94
5.7965-44.61430.21091530.17312772X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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