PDB-2xq9: Pentameric ligand gated ion channel GLIC mutant E221A in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xq9

タイトル

Pentameric ligand gated ion channel GLIC mutant E221A in complex with tetraethylarsonium (TEAs)

要素

GLR4197 PROTEIN

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / OPEN CHANNEL BLOCK

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

GLOEOBACTER VIOLACEUS PCC 7421 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Hilf, R.J.C. / Bertozzi, C. / Zimmermann, I. / Reiter, A. / Trauner, D. / Dutzler, R.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Open Channel Block in a Prokaryotic Pentameric Ligand-Gated Ion Channel
著者: Hilf, R.J.C. / Bertozzi, C. / Zimmermann, I. / Reiter, A. / Trauner, D. / Dutzler, R.

履歴

登録	2010年9月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月19日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xq9.cif.gz	634.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xq9.ent.gz	533.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xq9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xq9_validation.pdf.gz	479 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xq9_full_validation.pdf.gz	575.4 KB	表示
XML形式データ	2xq9_validation.xml.gz	65.6 KB	表示
CIF形式データ	2xq9_validation.cif.gz	87.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/2xq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/2xq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xq3C 2xq4C 2xq5C 2xq6C 2xq7C 2xq8C 2xqaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xq5-d 2xq3-d 2xq6-d 5v6n-d 4il4-d 2xq7-d 4hfc-d 6hz3-d 4hfh-d 5l4e-d 6hyx-d 2xq8-d 6hjb-d 6f10-d 5hcj-d 5iux-d 3tlw-d 5heh-d 3uu6-d 6hjz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (7) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: GLR4197 PROTEIN

B: GLR4197 PROTEIN

C: GLR4197 PROTEIN

D: GLR4197 PROTEIN

E: GLR4197 PROTEIN

ヘテロ分子

181 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.314, 128.310, 164.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.04, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 7:316 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 7:316 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 7:316 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 7:316 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 7:316 )

#1: タンパク質	GLR4197 PROTEIN / GLIC 分子量: 36263.695 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 43-359 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) GLOEOBACTER VIOLACEUS PCC 7421 (バクテリア) プラスミド: PET26 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#2: 化合物	ChemComp-ARS / ARSENIC / ひ素分子量: 74.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: As
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 264 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 264 TO ASP ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 264 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 264 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 264 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 264 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, GLU 264 TO ASP

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.68 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 9% PEG 4000, 50MM CH3COONA, 200MM (NH4)2SO4, PH 4.0, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 277.15K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.045
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年8月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.045 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 68086 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 3.2 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.2→40 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 33.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2566	2802	4.6 %
R_work	0.2516	-	-
obs	0.2519	60862	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.551 Å² / k_sol: 0.268 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	23.56 Å²	-0 Å²	-46.1976 Å²
2-	-	-19.8901 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-7.7213 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12600	0	1	0	12601

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	12940
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.318	17680
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.033	4620
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	2060
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2215

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.061
1	3	C	2520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	4	D	2520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056
1	5	E	2520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.2552	0.3631	26	0.3653	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2552-3.3143	0.3377	66	0.3435	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3143-3.3781	0.3139	112	0.315	2939	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3781-3.447	0.3317	141	0.3055	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
3.447-3.5219	0.2979	160	0.2901	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5219-3.6038	0.3536	145	0.291	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6038-3.6938	0.3339	128	0.2781	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6938-3.7936	0.3071	170	0.264	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7936-3.9052	0.2849	151	0.2571	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9052-4.0311	0.2688	158	0.2465	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0311-4.175	0.2768	167	0.2446	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
4.175-4.342	0.2764	136	0.2324	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
4.342-4.5394	0.2348	149	0.2063	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5394-4.7783	0.1784	160	0.1815	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7783-5.0771	0.2196	161	0.1872	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0771-5.4683	0.213	167	0.2021	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4683-6.0169	0.3287	145	0.2409	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0169-6.8838	0.2732	88	0.2613	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8838-8.6586	0.294	186	0.2402	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
8.6586-40.2029	0.1813	186	0.2842	2922	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 24.9385 Å / Origin y: 3.3601 Å / Origin z: 52.6167 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0314 Å²	-0.0797 Å²	0.0599 Å²	-	0.045 Å²	0.0307 Å²	-	-	-0.048 Å²
L	0.8213 °²	0.0462 °²	0.4157 °²	-	0.8875 °²	0.202 °²	-	-	1.0764 °²
S	-0.0017 Å °	-0.0039 Å °	0.0592 Å °	0.2021 Å °	-0.0986 Å °	-0.0679 Å °	-0.0016 Å °	-0.027 Å °	0.0461 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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