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万見
- PDB-2xn6: Crystal structure of thyroxine-binding globulin complexed with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xn6
タイトルCrystal structure of thyroxine-binding globulin complexed with thyroxine-fluoresein
要素(THYROXINE-BINDING ...) x 2
キーワードTRANSPORT / CLEAVED PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


thyroid hormone transport / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F6Y / 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE / Thyroxine-binding globulin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Qi, X. / Yan, Y. / Wei, Z. / Zhou, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Allosteric Modulation of Hormone Release from Thyroxine and Corticosteroid Binding-Globulins.
著者: Qi, X. / Loiseau, F. / Chan, W.L. / Yan, Y. / Wei, Z. / Milroy, L.G. / Myers, R.M. / Ley, S.V. / Read, R.J. / Carrell, R.W. / Zhou, A.
履歴
登録2010年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THYROXINE-BINDING GLOBULIN
B: THYROXINE-BINDING GLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,02718
ポリマ－43,1592
非ポリマー1,86816
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-72.6 kcal/mol
Surface area15830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.690, 42.140, 56.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2224-

HOH

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要素

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THYROXINE-BINDING ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 THYROXINE-BINDING GLOBULIN / T4-BINDING GLOBULIN / SERPIN A7


分子量: 39131.855 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 32-380 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES 346-355 OF TBG WERE REPLACED BY GAMFLEAIPRS
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05543
#2: タンパク質・ペプチド THYROXINE-BINDING GLOBULIN / T4-BINDING GLOBULIN / SERPIN A7


分子量: 4026.811 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 381-415 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05543

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非ポリマー , 5種, 321分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-F6Y / 3',6'-DIHYDROXY-3-OXO-3H-SPIRO[2-BENZOFURAN-1,9'-XANTHENE]-6-CARBOXYLIC ACID / カルボキシフルオレセイン


分子量: 376.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H12O7
#6: 化合物 ChemComp-T44 / 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE / チロキシン


分子量: 776.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11I4NO4 / コメント: ホルモン*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 366 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 367 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 366 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 367 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PRO 368 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 369 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 370 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 371 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 372 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 373 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 374 TO PRO ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 375 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PRO 376 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 377 TO ILE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.4 / 詳細: 20% PEG3350, PH 5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.998
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→29.41 Å / Num. obs: 95941 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.28→1.35 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RIV

2riv


解像度: 1.29→86.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 1.823 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FLUORESCEIN MOIETY OF THE THYROXINE-FLUORESCEIN HAS LITTLE ELECTRON DENSITY, BUT IS MODELED STEREOCHEMICALLY AND INCLUDED IN THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23453 5049 5 %RANDOM
Rwork0.20725 ---
obs0.20858 95941 95.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.609 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å20 Å2
2--1.05 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.29→86.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2927 0 86 305 3318
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223151
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1871.9884283
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77435173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8695397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.54725.344131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.13615561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.901157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5381.51900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1241.5759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03623098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.56831251
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4794.51173
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.285→1.318 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 374 -
Rwork0.303 6906 -
obs--94.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69830.12730.37780.42920.03010.64590.00230.0086-0.0128-0.03960.0145-0.00550.0218-0.0849-0.01690.0093-0.00350.00590.01870.0040.0168-24.1486-12.344823.0011
21.19680.00740.49520.8130.07991.88610.0657-0.01390.01980.03-0.0057-0.08310.0099-0.0455-0.06010.0126-0.0036-0.00220.00240.00330.0437-15.8659-10.301234.2097
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 355
2X-RAY DIFFRACTION2B362 - 395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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