PDB-2xme: The X-ray structure of CTP:inositol-1-phosphate cytidylyltransfer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xme

タイトル

The X-ray structure of CTP:inositol-1-phosphate cytidylyltransferase from Archaeoglobus fulgidus

要素

CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / CDP-INOSITOL / DI-MYO-INOSITOL PHOSPHATE

機能・相同性

機能・相同性情報

1L-myo-inositol 1-phosphate cytidylyltransferase / CDP-L-myo-inositol myo-inositolphosphotransferase / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / phospholipid biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Brito, J.A. / Borges, N. / Vonrhein, C. / Santos, H. / Archer, M.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Archaeoglobus Fulgidus Ctp:Inositol-1-Phosphate Cytidylyltransferase, a Key Enzyme for Di-Myo-Inositol-Phosphate Synthesis in (Hyper)Thermophiles.
著者: Brito, J.A. / Borges, N. / Vonrhein, C. / Santos, H. / Archer, M.

履歴

登録	2010年7月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xme.cif.gz	981.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xme.ent.gz	822.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xme.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/2xme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/2xme	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xmhSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xmh-2 2nv0-d 6buv-d 3q80-d 5xch-d 3q3v-1 2xmh-1 3h2b-d 3iuy-d 3uwd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

B: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

C: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

D: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

E: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

F: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

G: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

H: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

I: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

J: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

K: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

L: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

316 kDa, 12 ポリマー
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1

A: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

B: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

D: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

F: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.7 kDa, 2 ポリマー
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4

G: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

H: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.7 kDa, 2 ポリマー
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5

I: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

J: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.7 kDa, 2 ポリマー
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6

K: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

L: CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.030, 127.550, 141.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.56, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.5212, -0.002139, -0.8534), (-0.00218, -1, 0.003838), (-0.8534, 0.003861, 0.5212)	130.6, -220.4, 73.92
2	given	(-0.6742, 0.4895, 0.553), (0.52, -0.2171, 0.8261), (0.5244, 0.8445, -0.1082)	172.1, -151.9, 38.82
3	given	(-0.4346, -0.6485, -0.625), (-0.7026, -0.1901, 0.6857), (-0.5635, 0.7371, -0.373)	49.16, -98.41, 157.7
4	given	(-0.8621, 0.009633, 0.5067), (-0.009207, -1, 0.003345), (0.5067, -0.001782, 0.8621)	43.58, -89.95, -11.88
5	given	(0.1575, -0.9374, 0.3106), (-0.9484, -0.2312, -0.2169), (0.2752, -0.2605, -0.9254)	-3.393, 27.54, 101.1
6	given	(0.234, 0.9718, 0.03026), (0.9722, -0.2341, 0.000134), (0.007214, 0.02939, -0.9995)	70.34, -89.27, 17.61

#1: タンパク質	CTP-INOSITOL-1-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE 分子量: 26287.434 Da / 分子数: 12 / 断片: SOLUBLE DOMAIN, RESIDUES 55-286 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 株: DSMZ 7324 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / プラスミド: PET19B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: O29976
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 1.8 M SODIUM MALONATE PH 6.5 .

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→142.49 Å / Num. obs: 219870 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 30.36 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.89→1.99 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.8.0	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XMH

2xmh

解像度: 1.89→27.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	10915	5.02 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.208	217329	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1418 Å²	0 Å²	5.7576 Å²
2-	-	5.703 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.8448 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→27.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19186	0	48	1168	20402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	19618	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.1	26409	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		7154	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		483	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2840	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		19618	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.21
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.01
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		2507	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		12	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		22541	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.89→1.94 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.382	596	4.89 %
R_work	0.3507	11603	-
all	0.3523	12199	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.921	1.1998	-0.0451	3.8499	-0.4178	1.0924	0.0681	-0.1111	-0.1098	0.7646	-0.1064	-0.0695	0.0263	-0.0128	0.0383	0.2357	-0.0147	0.177	-0.2297	-0.0057	-0.1976	81.1243	-119.794	36.4174
2	1.151	-0.0438	0.2734	2.9101	1.4752	2.5554	0.0291	0.0793	0.1077	0.2216	-0.2686	0.6171	0.1108	-0.1841	0.2395	-0.0359	-0.005	0.3072	-0.2184	-0.019	0.0789	57.5917	-100.277	22.9182
3	1.594	0.5659	-0.4613	3.6501	-0.6869	1.1328	0.1536	-0.0442	0.1234	0.4924	-0.0091	0.3568	-0.1656	-0.0001	-0.1445	0.1921	0.0029	0.1886	-0.1793	-0.0143	-0.1819	74.0273	-65.2795	14.0936
4	1.3302	-0.8084	-0.5033	3.0308	0.6685	3.4896	0.1043	0.1263	-0.0622	-0.1405	-0.1483	-0.2448	-0.3757	0.3461	0.044	0.0726	-0.0724	0.0427	-0.1471	0.0132	-0.1665	98.2243	-87.7048	20.0534
5	0.9803	-0.4486	0.2915	2.0104	-0.5044	0.6955	0.0594	0.0924	-0.0262	-0.3348	0.0195	0.1553	0.1114	-0.0181	-0.0789	0.1958	-0.0275	0.124	-0.1161	-0.0088	-0.1519	34.2177	-89.842	53.8073
6	1.2513	0.7323	-0.1106	4.0498	-0.0624	1.9593	0.0294	-0.1381	-0.0336	0.2739	-0.1446	-0.4774	0.1929	0.3282	0.1152	0.0645	-0.0077	0.1764	-0.1557	0.0159	-0.1462	58.9784	-68.3377	53.8835
7	1.5819	-0.6584	-0.1274	2.7961	-0.5631	0.8833	0.1187	0.0978	-0.0089	-0.532	-0.0387	-0.0125	0.0052	-0.0871	-0.0801	0.2448	-0.0301	0.2034	-0.1812	-0.0182	-0.1814	46.7471	-35.2897	34.3259
8	1.4026	-0.3489	-0.5093	4.0981	1.0982	1.5696	0.0589	0.0746	0.0489	-0.5748	-0.0902	0.5131	-0.0823	-0.133	0.0313	0.1142	-0.036	-0.063	-0.2204	0.0213	-0.0891	20.2419	-54.5259	41.5621
9	0.5567	-0.4132	-0.3418	3.0386	1.0632	1.6047	0.008	0.0137	-0.0469	-0.3772	-0.0283	0.0081	-0.3154	-0.0689	0.0202	0.12	-0.0108	0.1602	-0.1511	0.0082	-0.0893	40.6305	-0.1532	52.1243
10	1.7823	0.5744	0.4815	3.2956	-0.5485	2.7816	0.0646	-0.2077	0.0798	0.1773	-0.1355	0.2938	-0.0498	-0.1522	0.0708	-0.1066	-0.0133	0.1448	-0.1502	-0.0292	-0.0028	19.619	-22.4397	64.9547
11	2.7681	-0.9613	-1.7835	4.5862	-0.2652	3.4867	0.0303	0.4928	-0.4522	-0.4191	-0.4622	0.4926	0.1547	-0.4079	0.4319	-0.1622	0.0208	0.1285	-0.1647	-0.1505	0.0091	62.7569	-5.0323	-0.1254
12	0.8167	0.0935	-0.41	3.0059	0.4181	1.8781	-0.0183	0.0335	0.0607	0.2268	0.0024	0.0564	0.0721	-0.0431	0.0158	0.104	-0.0171	0.2938	-0.1985	-0.0122	-0.0549	79.6143	-27.6191	17.6214

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN C)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN D)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN E)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN F)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN G)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN H)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN I)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN J)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN K)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN L)

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