PDB-2xln: Crystal structure of a complex between Actinomadura R39 DD-peptid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xln

タイトル

Crystal structure of a complex between Actinomadura R39 DD-peptidase and a boronate inhibitor

要素

D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE,

キーワード

HYDROLASE / PEPTIDOGLYCAN

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

ACTINOMADURA SP (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Sauvage, E. / Herman, R. / Kerff, F. / Rocaboy, M. / Charlier, P.

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Structure Guided Development of Potent Reversibly Binding Penicillin Binding Protein Inhibitors
著者: Woon, E.C.Y. / Zervosen, A. / Sauvage, E. / Simmons, K.J. / Ivec, M. / Inglis, S.R. / Fishwick, C.W.G. / Gobec, S. / Charlier, P. / Luxen, A. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2010年7月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月6日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2014年6月18日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xln.cif.gz	679.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xln.ent.gz	568.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xln.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2xln_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xln_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	2xln_validation.xml.gz	83.2 KB	表示
CIF形式データ	2xln_validation.cif.gz	110.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/2xln ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/2xln	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2xk1C 1w79 1w8q 1w8y 2vgj 2vgk 2wke 2xdm 2y4a 2y55 2y59 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xdm-4 2y55-1 2y4a-3 2y59-1 4b4x-1 1w8y-1 2y4a-4 3zvt-4 1w8y-4 3zcz-1 2y59-2 4ben-3 1w8q-2 2y59-4 2y4a-2 2wke-3 2xdm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE,

B: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE,

C: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE,

D: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE,

ヘテロ分子

203 kDa, 4 ポリマー
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1

A: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE,

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE,

ヘテロ分子

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50.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE,

ヘテロ分子

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50.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE,

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	102.994, 91.258, 106.878
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.46, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE, / DD-CARBOXYPEPTIDASE / DD-PEPTIDASE / PENICILLIN-BINDING PROTEIN / PBP 分子量: 50083.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ACTINOMADURA SP (バクテリア) / 株: R39 参照: UniProt: P39045, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物	ChemComp-EWA / [(1S)-1-{[(2,6-DIMETHOXYPHENYL)CARBONYL]AMINO}ETHYL]BORONIC ACID 分子量: 253.059 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆BNO₅
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.2 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9796
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 日付: 2010年1月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→35.6 Å / Num. obs: 77046 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→33.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 15.878 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.448 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24719	3878	5 %	RANDOM
R_work	0.1914	-	-	-
obs	0.19423	73143	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.847 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→33.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13394	0	159	816	14369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	13774
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.15	1.974	18846
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.8	5	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.472	25.47	574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.953	15	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.22	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10676
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	6420
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.296	0.2	9285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	921
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.243	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.32	1.5	9341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.57	2	14556
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.94	3	4944
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.533	4.5	4290
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	290	-
R_work	0.23	5365	-
obs	-	-	99.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1095	5.4262	-1.2223	9.8553	-3.4661	5.0802	0.3252	0.1803	-0.1187	-0.2535	-0.3616	0.6178	1.5916	-0.3839	0.0364	0.3305	-0.0755	0.0433	0.3294	0.017	0.3175	-16.403	-21.039	33.256
2	1.0198	-0.1037	-0.0154	0.2593	0.0719	0.8567	-0.0268	-0.0222	0.0392	0.051	0.0422	-0.0467	0.0571	-0.0011	-0.0154	0.0689	0.0153	-0.0325	0.1698	-0.005	0.151	11.705	6.734	41.164
3	1.9163	-0.8599	0.2482	1.1019	0.578	0.6958	-0.0183	-0.0185	-0.1053	-0.0571	-0.1056	0.1123	-0.0104	0.0012	0.1239	0.0611	-0.0109	-0.0345	0.151	0.0065	0.1782	-2.195	20.247	41.404
4	2.4008	0.7663	-0.0882	0.774	0.2766	1.2174	-0.0376	-0.0483	0.0648	0.1067	0.053	-0.1759	-0.0572	0.2158	-0.0153	0.0356	0.0756	-0.0484	0.1508	0.0078	0.134	19.855	8.904	45.238
5	1.6667	0.2839	-0.3481	0.7553	-0.3077	1.6465	-0.0468	0.0338	-0.1984	0.1088	0.048	0.0208	0.2143	-0.084	-0.0012	0.0655	0.0199	-0.0072	0.1035	-0.0043	0.1199	4.701	-10.82	37.747
6	0.9192	1.3158	-1.328	2.213	-1.0554	7.6105	-0.1979	-0.0648	-0.3	0.2569	0.2162	0.0092	0.8729	-0.7007	-0.0182	0.0884	-0.0429	0.0351	0.1894	0.0608	0.1847	-10.125	-18.056	42.059
7	4.8977	1.4326	0.2254	2.897	-0.4299	3.136	-0.2091	0.3328	0.5413	-0.3847	0.0876	0.2513	-0.8268	-0.2409	0.1215	0.2967	0.0876	-0.0676	-0.0768	0.0809	0.0939	54.443	38.659	18.653
8	0.3973	-0.1071	0.1611	1.0137	-0.3364	2.3795	-0.0166	-0.1362	0.0196	0.1809	0.0295	0.0082	-0.062	-0.0788	-0.0128	0.0646	-0.0201	-0.02	0.1247	-0.022	0.1301	59.955	15.502	54.741
9	1.326	-0.2577	-1.4574	0.1715	0.5775	2.3149	-0.0638	-0.2265	-0.0404	0.0445	0.0343	-0.0413	0.183	0.3759	0.0295	0.0521	0.0087	-0.0391	0.1387	0.028	0.1193	76.572	8.692	43.307
10	0.6189	-0.0959	0.2325	1.0573	-0.6629	2.6734	0.0235	-0.1151	0.0589	0.1235	0.0473	0.0639	-0.1314	-0.2289	-0.0709	0.0839	-0.0043	0.0011	0.0805	-0.033	0.1305	55.024	20.069	49.2
11	1.5058	0.3841	-0.5732	1.0362	-1.4428	2.2275	0.0641	-0.1192	0.153	0.1643	-0.0327	-0.0203	-0.5682	0.0899	-0.0314	0.2315	0.0038	0.0046	-0.0324	-0.0081	0.1463	62.25	36.046	34.996
12	4.8264	1.8578	0.3403	6.7936	0.7364	2.935	-0.0258	0.005	0.4823	-0.2869	0.0964	0.0075	-0.6452	0.3214	-0.0706	0.2629	-0.0141	0.0006	-0.0327	0.0397	0.1281	62.004	39.542	24.795
13	8.0174	3.5603	3.6881	6.7396	-1.7298	11.4176	0.7398	-0.687	1.8648	-0.5631	-0.4493	0.0042	-2.0733	-0.6127	-0.2905	0.2808	0.0753	0.0569	0.2904	0.0098	0.2915	13.207	93.735	-30.569
14	0.8822	-0.167	0.1016	1.2885	-0.5631	1.2493	0.0298	-0.1574	-0.0194	0.1663	0.061	0.1347	-0.0338	-0.1425	-0.0908	0.0759	0.0069	0.0328	0.1671	-0.0372	0.1242	13.053	63.129	-3.423
15	2.1679	-0.6165	-1.85	0.3283	0.7204	2.1598	-0.06	-0.2329	-0.1395	0.0517	0.0285	-0.0568	0.0753	0.149	0.0316	0.0985	0.0017	-0.0326	0.055	0.0193	0.128	29.76	51.405	-10.71
16	0.9433	0.0658	-0.0068	0.7497	-0.621	1.308	0.0235	-0.1397	0.0857	0.1977	0.0299	0.125	-0.1201	-0.1764	-0.0534	0.1232	0.0372	0.0281	0.1142	-0.0482	0.1135	10.615	66.247	-2.338
17	0.478	1.1492	-0.0687	3.9983	0.0653	0.4807	-0.0955	0.0628	-0.0072	0.2478	0.0336	-0.2729	-0.2963	-0.0794	0.0619	0.1667	0.0499	-0.0161	0.0714	-0.0237	0.132	25.526	81.057	-14.326
18	2.853	0.3444	0.5457	4.4874	1.8778	3.1828	-0.0051	-0.0128	0.2066	-0.1195	0.085	-0.0592	-0.351	-0.0822	-0.08	0.1056	0.0574	0.01	0.0544	-0.002	0.1337	17.506	83.653	-21.722
19	8.9987	0.1958	-1.181	6.2085	0.9703	4.2641	-0.2237	-0.2443	-0.9059	0.2539	-0.052	-0.9329	0.7887	0.5387	0.2757	0.0142	0.1256	0.1383	-0.0869	0.2995	0.3983	59.662	66.844	25.796
20	1.5337	-0.4627	0.0546	2.3448	-0.7395	1.9369	-0.0711	0.141	0.0134	-0.4579	0.1833	0.3267	-0.0215	-0.5503	-0.1122	0.1522	-0.0867	-0.0297	0.1279	-0.0068	0.1106	25.09	92.229	8.669
21	1.6904	0.8227	-0.2791	1.4	-1.1505	1.076	-0.1442	0.1494	0.0679	-0.2183	-0.0096	-0.172	0.0124	-0.0459	0.1538	0.1418	-0.0237	0.0275	0.0302	-0.0212	0.1533	45.146	103.39	10.278
22	2.9852	-1.3627	0.8766	3.7846	-0.8263	3.1791	-0.1678	0.2573	0.1053	-0.4954	0.1846	0.3599	-0.1172	-0.7324	-0.0168	0.0603	-0.1467	-0.1025	0.2051	0.0401	0.0182	21.278	95.346	5.545
23	1.7558	-0.1563	-0.1438	1.5936	-0.3043	1.4598	-0.1877	-0.0339	-0.3956	-0.3611	0.0137	-0.2477	0.286	-0.0401	0.174	0.1262	-0.0525	0.1177	-0.0289	-0.0186	0.209	44.175	76.248	17.75
24	2.7835	-1.4862	-0.3632	8.3486	3.9947	6.4621	-0.3155	0.0632	-0.7144	-0.7372	0.0434	-0.3043	0.1402	0.8768	0.2722	0.0724	0.0488	0.1689	-0.0678	0.0875	0.4628	61.724	71.613	15.665

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 194
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	195 - 249
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	250 - 305
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	306 - 423
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	424 - 466
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 44
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	45 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	150 - 250
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	251 - 359
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	360 - 423
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	424 - 465
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	1 - 12
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	13 - 145
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	146 - 247
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	248 - 385
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	386 - 411
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	412 - 465
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	1 - 44
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	45 - 132
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	133 - 251
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	252 - 291
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	292 - 437
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	438 - 466

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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