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万見
- PDB-2xj9: Dimer Structure of the bacterial cell division regulator MipZ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xj9
タイトルDimer Structure of the bacterial cell division regulator MipZ
要素MIPZ
キーワードREPLICATION / CELL DIVISION / ATPASE / WACA
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase MipZ / ATPase MipZ / : / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Division plane positioning ATPase MipZ / MipZ
類似検索 - 構成要素
生物種CAULOBACTER CRESCENTUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Michie, K.A. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Localized Dimerization and Nucleoid Binding Drive Gradient Formation by the Bacterial Cell Division Inhibitor Mipz.
著者: Kiekebusch, D. / Michie, K.A. / Essen, L.O. / Lowe, J. / Thanbichler, M.
履歴
登録2010年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references / Other ...Database references / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22012年5月30日Group: Other
改定 1.32013年1月30日Group: Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MIPZ
B: MIPZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5346
ポリマ－63,4392
非ポリマー1,0954
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-31.8 kcal/mol
Surface area21380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.122, 57.122, 164.856
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 4:147 OR RESSEQ 155:174 OR RESSEQ...
211CHAIN B AND (RESSEQ 4:147 OR RESSEQ 155:174 OR RESSEQ...

NCS oper: (Code: given / Matrix: (1), (1), (1))

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要素

#1: タンパク質 MIPZ / DIVISION PLANE POSITIONING ATPASE MIPZ


分子量: 31719.348 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAULOBACTER CRESCENTUS (バクテリア)
株: CB15N
解説: PCRED FROM GENOMIC DNA FROM ATCC 19089D. MUTATION CONSTRUCTED BY SPLICE-OVERLAP EXTENSION.
プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: B8GY04, UniProt: Q9A6C9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.1 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 20 MM TRIS PH 8.5, 23.6% ETHANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→39.2 Å / Num. obs: 10750 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 48.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XJ4

2xj4


解像度: 2.8→28.847 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.12 / 位相誤差: 27.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 1117 5.1 %
Rwork0.1851 --
obs0.1881 21906 85.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.315 Å2 / ksol: 0.276 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.339 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.3893 Å20 Å20 Å2
2--6.3893 Å20 Å2
3----12.7787 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→28.847 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4123 0 64 54 4241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014255
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.535768
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0541599
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075658
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006741
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.11
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8002-2.92750.37581450.29712613X-RAY DIFFRACTION86
2.9275-3.08170.30091350.23832640X-RAY DIFFRACTION86
3.0817-3.27460.30041240.21082620X-RAY DIFFRACTION86
3.2746-3.5270.27821430.19592615X-RAY DIFFRACTION86
3.527-3.88120.25481270.16862609X-RAY DIFFRACTION85
3.8812-4.4410.21431300.15522576X-RAY DIFFRACTION85
4.441-5.58850.18631370.14132586X-RAY DIFFRACTION85
5.5885-28.8490.17481760.14962530X-RAY DIFFRACTION84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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