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- PDB-2xhd: Crystal structure of N-((2S)-5-(6-fluoro-3-pyridinyl)-2,3-dihydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xhd
タイトルCrystal structure of N-((2S)-5-(6-fluoro-3-pyridinyl)-2,3-dihydro-1H- inden-2-yl)-2-propanesulfonamide in complex with the ligand binding domain of the human GluA2 receptor
要素GLUTAMATE RECEPTOR 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ION CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of AMPA receptors / postsynaptic endocytic zone / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / AMPA glutamate receptor complex / Long-term potentiation / asymmetric synapse / excitatory synapse ...Activation of AMPA receptors / postsynaptic endocytic zone / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / AMPA glutamate receptor complex / Long-term potentiation / asymmetric synapse / excitatory synapse / glutamate-gated receptor activity / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / endocytic vesicle membrane / amyloid-beta binding / chemical synaptic transmission / postsynapse / dendritic spine / postsynaptic density / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7T9 / GLUTAMIC ACID / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ward, S.E. / Harries, M. / Aldegheri, L. / Andreotti, D. / Ballantine, S. / Bax, B.D. / Harris, A.J. / Harker, A.J. / Lund, J. / Melarange, R. ...Ward, S.E. / Harries, M. / Aldegheri, L. / Andreotti, D. / Ballantine, S. / Bax, B.D. / Harris, A.J. / Harker, A.J. / Lund, J. / Melarange, R. / Mingardi, A. / Mookherjee, C. / Mosley, J. / Neve, M. / Oliosi, B. / Profeta, R. / Smith, K.J. / Smith, P.W. / Spada, S. / Thewlis, K.M. / Yusaf, S.P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Discovery of N-[(2S)-5-(6-Fluoro-3-Pyridinyl)-2,3-Dihydro-1H-Inden-2-Yl]-2-Propanesulfonamide, a Novel Clinical Ampa Receptor Positive Modulator.
著者: Ward, S.E. / Harries, M. / Aldegheri, L. / Andreotti, D. / Ballantine, S. / Bax, B.D. / Harris, A.J. / Harker, A.J. / Lund, J. / Melarange, R. / Mingardi, A. / Mookherjee, C. / Mosley, J. / ...著者: Ward, S.E. / Harries, M. / Aldegheri, L. / Andreotti, D. / Ballantine, S. / Bax, B.D. / Harris, A.J. / Harker, A.J. / Lund, J. / Melarange, R. / Mingardi, A. / Mookherjee, C. / Mosley, J. / Neve, M. / Oliosi, B. / Profeta, R. / Smith, K.J. / Smith, P.W. / Spada, S. / Thewlis, K.M. / Yusaf, S.P.
履歴
登録2010年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTAMATE RECEPTOR 2
B: GLUTAMATE RECEPTOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,66510
ポリマ－58,5562
非ポリマー1,1098
水9,818545
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-72.8 kcal/mol
Surface area23740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.139, 121.781, 47.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 GLUTAMATE RECEPTOR 2 / GLUR-B / GLUR-K2 / GLUTAMATE RECEPTOR IONOTROPIC AMPA 2 / GLUA2 / AMPA-SELECTIVE GLUTAMATE RECEPTOR 2


分子量: 29277.814 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 412-427 AND 653-796 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THIS IS AN S1-S2 FUSION IN WHICH GLY 118 AND THR 119 REPLACE A MEMBRANE SPANNING REGION.
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42262
#2: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-7T9 / N-[(2S)-5-(6-FLUORO-3-PYRIDINYL)-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-2-YL]-2-PROPANESULFONAMIDE / GSK-729327


分子量: 334.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19FN2O2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細N-[(2S)-5-(6-FLUORO-3-PYRIDINYL)-2, 3-DIHYDRO-1H-INDEN-2-YL]-2-PROPANESULFONAMIDE (7T9): COMPOUND ...N-[(2S)-5-(6-FLUORO-3-PYRIDINYL)-2, 3-DIHYDRO-1H-INDEN-2-YL]-2-PROPANESULFONAMIDE (7T9): COMPOUND SITS ON NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWOFOLD. TWO EQUIVALENT BINDING MODES ARE OBSEREVED. GLUTAMATE (GLU): GLUTAMATE IS THE LIGAND FOR THE RECEPTOR.
配列の詳細THIS IS AN S1-S2 FUSION IN WHICH GLY 118 AND THR 119 REPLACE A MEMBRANE SPANNING REGION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 53509 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKLデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.992 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. COMPOUND 7T9 ON POCKET ON NCS TWOFOLD AXIS THE OCCUPANCY FOR THE COMPOUND AND SOME ASSOCIATED WATERS AND SIDE-CHAINS ARE 0.5. WATERS 3000- ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. COMPOUND 7T9 ON POCKET ON NCS TWOFOLD AXIS THE OCCUPANCY FOR THE COMPOUND AND SOME ASSOCIATED WATERS AND SIDE-CHAINS ARE 0.5. WATERS 3000-3003 ARE ASSOCIATED ASSOCIATED WITH CONFORMER B, 3004-3007 WITH CONFORMER A
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2702 5.1 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.202 50730 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.83 Å20 Å20 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4018 0 68 545 4631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224383
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0631.9935943
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7455556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.59424.269171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.16515819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4431523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7122688
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50454357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.27261695
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6381586
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 194 -
Rwork0.246 3574 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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