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- PDB-2xfv: Structure of the amino-terminal domain from the cell-cycle regula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xfv
タイトルStructure of the amino-terminal domain from the cell-cycle regulator Swi6
要素REGULATORY PROTEIN SWI6
キーワードCELL CYCLE / CELL-CYCLE / REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


MBF transcription complex / SBF transcription complex / positive regulation of reciprocal meiotic recombination / G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to heat / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding ...MBF transcription complex / SBF transcription complex / positive regulation of reciprocal meiotic recombination / G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to heat / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain - #30 / Swi6, N-terminal / Swi6 N-terminal domain / : / Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat ...Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain - #30 / Swi6, N-terminal / Swi6 N-terminal domain / : / Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CACODYLATE ION / Regulatory protein SWI6
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Smerdon, S.J. / Goldstone, D.C. / Taylor, I.A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Structure of the Amino-Terminal Domain from the Cell-Cycle Regulator Swi6S
著者: Taylor, I.A. / Goldstone, D.C. / Pala, P. / Haire, L. / Smerdon, S.J.
履歴
登録2010年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月19日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: REGULATORY PROTEIN SWI6
B: REGULATORY PROTEIN SWI6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,63210
ポリマ－29,0402
非ポリマー5938
水5,927329
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-42.4 kcal/mol
Surface area11930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.934, 69.934, 297.944
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1113-

ACT

21A-1113-

ACT

31A-1114-

CAC

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 REGULATORY PROTEIN SWI6 / CELL-CYCLE BOX FACTOR SUBUNIT SWI6 / TRANS-ACTING ACTIVATOR OF HO ENDONUCLEASE GENE / MBF SUBUNIT P90


分子量: 14519.916 Da / 分子数: 2 / 断片: AMINO-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 2-126 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P09959

-
非ポリマー , 5種, 337分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 5-15MG/ML PROTEIN, 10% PEG4000, 0.1M NA-CACODYLATE, 20MM CA-ACETATE, 0.2M NH4CL, PH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年5月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 35176 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 24.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 37
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→19.784 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 16.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1962 1691 5 %
Rwork0.1705 --
obs0.1717 34034 96.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.056 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7356 Å20 Å20 Å2
2--0.7356 Å20 Å2
3----1.4713 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.784 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1774 0 30 329 2133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081914
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.012614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.647722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005352
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-1.95590.23571170.19052473X-RAY DIFFRACTION90
1.9559-2.0190.18041240.16752546X-RAY DIFFRACTION94
2.019-2.09110.18981490.16082569X-RAY DIFFRACTION95
2.0911-2.17470.18121340.15342659X-RAY DIFFRACTION97
2.1747-2.27350.22471350.15642651X-RAY DIFFRACTION97
2.2735-2.39320.22111370.16662645X-RAY DIFFRACTION96
2.3932-2.54290.18741530.15992686X-RAY DIFFRACTION98
2.5429-2.73870.19421480.17322697X-RAY DIFFRACTION97
2.7387-3.01350.21651560.16682746X-RAY DIFFRACTION98
3.0135-3.44760.19521600.17112773X-RAY DIFFRACTION99
3.4476-4.3360.16691310.1522882X-RAY DIFFRACTION99
4.336-19.78470.18161470.17683016X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22150.0755-0.28423.8177-0.51772.47320.2609-0.16920.20420.4143-0.18760.6121-0.2677-0.53080.06170.11880.02790.02560.2733-0.05410.2152-17.330938.360116.1844
20.44020.0930.1430.4682-0.37730.45410.2521-0.2272-0.23680.1552-0.34180.56840.2235-0.15120.02730.0927-0.03930.04140.3415-0.0420.3128-27.763425.064616.2196
31.084-0.26510.22550.13580.27941.499-0.0113-0.1292-0.1005-0.0233-0.08210.0881-0.1631-0.01930.07330.1137-0.0222-0.00020.222-0.04640.1263-10.569433.54715.5638
40.72370.08350.41270.95540.40221.7038-0.0223-0.0385-1.0137-0.0627-0.10540.24070.2318-0.60950.15980.1249-0.09360.01560.2445-0.08160.3634-17.790316.660710.9093
50.5287-0.13590.65610.0465-0.19690.9384-0.5285-0.8914-0.88860.4305-0.20990.10650.4557-0.40570.67030.2314-0.01690.08360.50670.01970.3615-22.084117.973319.6269
60.39520.12020.16670.7092-0.05150.08710.0548-0.1788-0.46370.2924-0.09660.39030.02140.04630.05490.1937-0.05090.04830.2746-0.00560.3362-6.873817.295720.281
71.5304-0.3267-0.7090.40350.1240.65030.0028-0.0222-0.2067-0.07410.08830.0302-0.11370.1474-0.05810.0894-0.02080.01560.1614-0.04960.1146-2.781126.070614.9541
80.70270.15850.32430.30980.10822.48480.07920.335-0.0148-0.07170.0636-0.0066-0.35470.5322-0.12760.0766-0.02930.01930.181-0.01760.0818-5.480131.956813.0387
90.27470.1439-0.01830.0771-0.01990.00720.05340.2908-0.0387-0.0645-0.07630.0382-0.00650.03060.01050.1333-0.0099-0.01310.2829-0.0620.1422-15.203826.98564.6217
102.3556-1.23392.6329.4327-1.74082.9876-0.05240.46980.0427-0.52680.39811.282-0.3847-0.4161-0.25450.20660.033-0.03480.3823-0.02930.2722-21.803835.32685.8275
115.69450.74470.06570.72911.5794.1001-0.41020.06841.142-0.60550.17160.2488-0.88960.00870.27660.4352-0.03-0.07310.27480.01110.3758-13.429944.0451-0.1269
120.552-0.02790.4580.7143-0.32980.50110.14440.07060.4596-0.002-0.1096-0.3028-0.220.3828-0.0290.1607-0.0338-0.00640.3736-0.09240.3936-11.418740.5606-10.7926
131.161-0.8215-0.11430.6532-0.01910.1596-0.10950.11730.6585-0.08070.10590.0502-0.30150.15970.0720.10110.0502-0.00620.5059-0.08480.3507-4.086235.1776-18.5262
141.3220.2146-0.07530.10380.22030.45-0.1242-0.2430.73450.07340.07410.0581-0.0047-0.01880.11620.09070.0352-0.02770.2572-0.14940.2591-22.937441.6312-7.5676
150.184-0.37770.22720.8251-0.46780.46660.18920.57480.0014-0.0187-0.36710.05330.06970.27320.16220.0969-0.00370.01030.39-0.07520.2045-18.648734.2595-17.87
164.56-2.16963.40732.4573-1.21972.7272-0.14911.29620.0782-0.4762-0.0782-0.66210.16560.3781-0.32940.12010.04690.0250.5144-0.15120.2549-13.689728.3058-22.5544
174.03470.37760.92930.5181-0.7881.7928-0.05460.60570.217-0.2689-0.0990.02840.2777-0.29880.09930.07580.02670.02640.4272-0.00810.1306-26.300132.2349-27.5476
180.4465-0.00490.31430.12650.07780.25520.01360.3711-0.2810.00830.10480.01910.09390.2013-0.10170.08460.0348-0.0240.2561-0.07940.1433-27.740627.7685-18.3244
194.0963-0.8756-1.08963.1818-1.61531.87280.34910.31640.98860.0908-0.16930.1284-0.3494-0.1014-0.08770.20760.0289-0.00990.2121-0.0130.3579-32.909444.4899-14.0021
200.3592-0.36260.64250.4422-0.37751.82640.0633-0.39350.1806-0.04150.43870.05620.0086-0.4787-0.28830.12230.0332-0.0050.2831-0.0410.1993-27.547538.2955-11.3664
211.0178-0.05830.20370.24940.19530.86050.39280.3042-0.2293-0.0204-0.1889-0.11280.12590.1306-0.16870.13180.0187-0.03170.2932-0.08390.1601-16.366729.3873-6.6154
222.49910.19821.35062.55711.80441.9539-0.6814-0.18510.8131-0.13430.65050.2193-0.45480.70940.0490.23790.0259-0.04210.3321-0.10040.2981-13.994541.13865.6785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 2:8)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 9:17)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 18:36)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 37:48)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 49:54)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 55:63)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 64:78)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 79:86)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 87:96)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 97:103)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 104:109)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 2:12)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 13:17)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 18:31)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 32:38)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 39:55)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN B AND RESID 56:60)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN B AND RESID 61:72)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN B AND RESID 73:77)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN B AND RESID 78:84)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN B AND RESID 85:101)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN B AND RESID 102:109)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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