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- PDB-2xfu: Human monoamine oxidase B with tranylcypromine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xfu
タイトルHuman monoamine oxidase B with tranylcypromine
要素Amine oxidase [flavin-containing] B
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / monoamine oxidase activity / monoamine oxidase / phenylethylamine catabolic process / positive regulation of dopamine metabolic process / response to aluminum ion / negative regulation of serotonin secretion / response to selenium ion / primary-amine oxidase / dopamine catabolic process ...Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / monoamine oxidase activity / monoamine oxidase / phenylethylamine catabolic process / positive regulation of dopamine metabolic process / response to aluminum ion / negative regulation of serotonin secretion / response to selenium ion / primary-amine oxidase / dopamine catabolic process / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / mitochondrial envelope / hydrogen peroxide biosynthetic process / response to corticosterone / substantia nigra development / response to toxic substance / flavin adenine dinucleotide binding / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / dendrite / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHENYLPROPANAL / Chem-FA8 / Amine oxidase [flavin-containing] B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Binda, C. / Li, M. / Hubalek, F. / Restelli, N. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A.
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2010
タイトル: Potentiation of ligand binding through cooperative effects in monoamine oxidase B.
著者: Bonivento, D. / Milczek, E.M. / McDonald, G.R. / Binda, C. / Holt, A. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Potentiation of Ligand Binding Through Cooperative Effects in Monoamine Oxidase B.
著者: Bonivento, D. / Milczek, E.M. / Mcdonald, G.R. / Binda, C. / Holt, A. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A.
履歴
登録2010年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2010年6月9日ID: 1OJB
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / struct / struct_ref
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct.title / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amine oxidase [flavin-containing] B
B: Amine oxidase [flavin-containing] B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,2576
ポリマ－117,4132
非ポリマー1,8434
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-18.2 kcal/mol
Surface area36500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.609, 222.551, 86.201
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.528, -0.497, -0.688), (-0.501, -0.472, 0.725), (-0.686, 0.728, 0.001)
ベクター: 139.34427, 206.99162, -54.59018)

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要素

#1: タンパク質 Amine oxidase [flavin-containing] B / Monoamine oxidase type B / MAO-B


分子量: 58706.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAOB / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P27338, monoamine oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FA8 / [[(2R,3S,4S)-5-[(4AS)-7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-4A,5-DIHYDROBENZO[G]PTERIDIN-10-YL]-2,3,4-TRIHYDROXY-PENTOXY]-HYDROXY-PHOSPHORYL] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL HYDROGEN PHOSPHATE


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#3: 化合物 ChemComp-3PL / 3-PHENYLPROPANAL / 3-フェニルプロパナ-ル


分子量: 134.175 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE (FA8): IN BOTH CHAIN A AND CHAIN B, THE C4A ATOM OF THE FA8 MOLECULE IS ...FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE (FA8): IN BOTH CHAIN A AND CHAIN B, THE C4A ATOM OF THE FA8 MOLECULE IS COVALENTLY BOUND TO THE CAK ATOM OF TRANYLCYPROMINE TRANYLCYPROMINE DERIVATIVE (3PL): THE TRANYLCYPROMINE INHIBITOR REACTS WITH THE FA8 COFACTOR OF THE PROTEIN FORMING A COVALENT ADDUCT. IN BOTH CHAIN A AND CHAIN B THE CAK ATOM OF THE TRANYLCYPROMINE DERIVATIVE IS BOUND TO THE C4A ATOM OF FA8.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 64040 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OJB

1ojb
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.2→14.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 5.316 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23925 1629 2.6 %RANDOM
Rwork0.18817 ---
obs0.18946 62170 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.564 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→14.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7911 0 126 405 8442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0228245
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2561.98811193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.785991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.08523.52358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.027151408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4351558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5431.54942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08928008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.87733301
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1074.53185
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 104 -
Rwork0.266 4493 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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