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- PDB-2xf1: Crystal structure of Plasmodium falciparum actin depolymerization... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xf1
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum actin depolymerization factor 1
要素COFILIN ACTIN-DEPOLYMERIZING FACTOR HOMOLOG 1
キーワードACTIN-BINDING PROTEIN / CYTOSKELETON
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / actin filament severing / actin filament depolymerization / actin monomer binding / cell motility / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin cytoskeleton organization / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ADF/Cofilin / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cofilin/actin-depolymerizing factor homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Singh, B.K. / Sattler, J.M. / Huttu, J. / Chatterjee, M. / Schueler, H. / Kursula, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures Explain Functional Differences in the Two Actin Depolymerization Factors of the Malaria Parasite.
著者: Singh, B.K. / Sattler, J.M. / Chatterjee, M. / Huttu, J. / Schuler, H. / Kursula, I.
履歴
登録2010年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月31日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22011年10月19日Group: Other
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COFILIN ACTIN-DEPOLYMERIZING FACTOR HOMOLOG 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5695
ポリマ－14,1841
非ポリマー3844
水3,369187
1
A: COFILIN ACTIN-DEPOLYMERIZING FACTOR HOMOLOG 1
ヘテロ分子

A: COFILIN ACTIN-DEPOLYMERIZING FACTOR HOMOLOG 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,13710
ポリマ－28,3692
非ポリマー7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area2640 Å2
ΔGint-93.7 kcal/mol
Surface area12780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.840, 68.840, 76.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2063-

HOH

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要素

#1: タンパク質 COFILIN ACTIN-DEPOLYMERIZING FACTOR HOMOLOG 1 / ACTIN DEPOLYMERIZATION FACTOR / ADF


分子量: 14184.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CYS24 AND CYS34 PARTIALLY OXIDIZED
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIPL / 参照: UniProt: Q8I467
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / pH: 7.8 / 詳細: 2.5 M AMMONUIM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.8, 277 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.038
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月11日 / 詳細: MULTILAYER MIRROR
放射モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.038 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 14010 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 24.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 38.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 14.5 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1F7S, 1AHQ AND 2I2Q

1f7s

1ahq

2i2q


解像度: 1.96→27.752 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.21 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: INITIAL STAGES OF REFINEMENT WERE PERFORMED USING REFMAC 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2296 702 5 %
Rwork0.1872 --
obs0.1894 14010 90.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.275 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9512 Å20 Å20 Å2
2--0.9512 Å20 Å2
3----1.9024 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→27.752 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数966 0 20 187 1173
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071053
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0031437
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.597395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003183
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9582-2.10930.33961030.28481966X-RAY DIFFRACTION68
2.1093-2.32150.34581320.30062521X-RAY DIFFRACTION87
2.3215-2.65720.24481520.19352888X-RAY DIFFRACTION100
2.6572-3.34690.21551550.16782933X-RAY DIFFRACTION100
3.3469-27.75470.18021600.14853017X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89991.751.18692.30891.41781.02380.2209-0.0452-0.25450.0454-0.1563-0.2090.1038-0.1654-0.13230.2272-0.0137-0.06530.1683-0.02640.20821.0434.269111.2871
23.0396-3.8991-1.46635.02471.95750.9695-0.2515-0.1846-0.32490.2258-0.00460.7-0.0146-0.10960.27580.06680.03520.02630.1197-0.04860.158415.536318.647222.9165
30.6518-0.2467-0.33980.28430.27790.8473-0.086-0.1576-0.04680.01280.05650.05510.11020.10540.02730.19660.0397-0.00120.167-0.01810.118527.036516.657725.768
40.73570.1531-0.21610.26090.32280.8188-0.0143-0.00680.0938-0.1028-0.0337-0.0393-0.1783-0.06440.04040.16660.0094-0.00880.1115-0.00750.12230.242114.138316.7985
52.8759-0.07682.22140.3495-0.08072.0839-0.09350.15550.3812-0.2831-0.0649-0.0643-0.30110.15170.14440.2284-0.0018-0.02090.1119-0.00920.129829.592621.497314.3354
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 1:7
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 8:20
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 21:57
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 58:101
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESID 102:114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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