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Yorodumi- PDB-2xfa: Crystal structure of Plasmodium berghei actin depolymerization fa... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2xfa | ||||||
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Title | Crystal structure of Plasmodium berghei actin depolymerization factor 2 | ||||||
Components | ACTIN DEPOLYMERIZATION FACTOR 2 | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / ACTIN BINDING PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | PLASMODIUM BERGHEI (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Singh, B.K. / Sattler, J.M. / Huttu, J. / Chatterjee, M. / Schueler, H. / Kursula, I. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011 Title: Crystal Structures Explain Functional Differences in the Two Actin Depolymerization Factors of the Malaria Parasite. Authors: Singh, B.K. / Sattler, J.M. / Chatterjee, M. / Huttu, J. / Schuler, H. / Kursula, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2xfa.cif.gz | 132.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2xfa.ent.gz | 105 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2xfa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2xfa_validation.pdf.gz | 435.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2xfa_full_validation.pdf.gz | 446.4 KB | Display | |
Data in XML | 2xfa_validation.xml.gz | 13.4 KB | Display | |
Data in CIF | 2xfa_validation.cif.gz | 17.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/2xfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/2xfa | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2xf1C 1ahqS 1f7sS 2i2qS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17148.051 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PLASMODIUM BERGHEI (eukaryote) / Plasmid: PGEX-6P-1 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 CODONPLUS (DE3) ROSETTA / References: UniProt: Q4YT54, UniProt: Q3YPH0*PLUS #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 44 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / pH: 5.2 / Details: 26 % PEG 10000, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.2, 277 K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-3 / Wavelength: 0.979 |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Mar 20, 2009 / Details: TOROID MIRROR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSING |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→20 Å / Num. obs: 15859 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 28.385 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRIES 1F7S, 1AHQ, AND 2I2Q Resolution: 2.1→19.92 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 2.01 / Phase error: 25.94 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.153 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→19.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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