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- PDB-2xdp: Crystal structure of the tudor domain of human JMJD2C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xdp
タイトルCrystal structure of the tudor domain of human JMJD2C
要素LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4C
キーワードOXIDOREDUCTASE / HISTONE MODIFICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K36 demethylase activity / regulation of stem cell differentiation / blastocyst formation / regulation of androgen receptor signaling pathway / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / nuclear androgen receptor binding / stem cell population maintenance / histone H3K9 demethylase activity / androgen receptor signaling pathway ...histone H3K36 demethylase activity / regulation of stem cell differentiation / blastocyst formation / regulation of androgen receptor signaling pathway / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / nuclear androgen receptor binding / stem cell population maintenance / histone H3K9 demethylase activity / androgen receptor signaling pathway / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / regulation of gene expression / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #70 / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain ...Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #70 / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / SH3 type barrels. / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysine-specific demethylase 4C
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Yue, W.W. / Gileadi, C. / Krojer, T. / Weisbach, H. / Ugochukwu, E. / Daniel, M. / Phillips, C. / Chaikuad, A. / von Delft, F. / Allerston, C. ...Yue, W.W. / Gileadi, C. / Krojer, T. / Weisbach, H. / Ugochukwu, E. / Daniel, M. / Phillips, C. / Chaikuad, A. / von Delft, F. / Allerston, C. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Tudor Domain of Human Jmjd2C
著者: Yue, W.W. / Gileadi, C. / Krojer, T. / Weisbach, H. / Ugochukwu, E. / Daniel, M. / Phillips, C. / Chaikuad, A. / von Delft, F. / Allerston, C. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / ...著者: Yue, W.W. / Gileadi, C. / Krojer, T. / Weisbach, H. / Ugochukwu, E. / Daniel, M. / Phillips, C. / Chaikuad, A. / von Delft, F. / Allerston, C. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / Oppermann, U.
履歴
登録2010年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references / Other ...Database references / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2492
ポリマ－14,1531
非ポリマー961
水3,351186
1
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4C
ヘテロ分子

A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4984
ポリマ－28,3062
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-58.6 kcal/mol
Surface area13440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.815, 79.646, 81.614
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2053-

HOH

21A-2064-

HOH

31A-2124-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4C / JMJD2C / JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROTEIN 3C / JUMONJI DOMAIN-CONTAINING ...JMJD2C / JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROTEIN 3C / JUMONJI DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2C / GENE AMPLIFIED IN SQUAMOUS CELL CARCINOMA 1 PROTEIN / GASC-1 PROTEIN


分子量: 14153.049 Da / 分子数: 1 / 断片: TUDOR DOMAIN, RESIDUES 875-995 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3
参照: UniProt: Q9H3R0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9H3R0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.51 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2M (NH4)2SO4; 0.1M TRIS PH 8.5; 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月20日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→18.58 Å / Num. obs: 24650 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.56→1.64 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GFA

2gfa


解像度: 1.56→18.512 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 22.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2064 2355 5.1 %
Rwork0.1857 --
obs0.1868 46098 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.375 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.3042 Å20 Å2-0 Å2
2--10.274 Å20 Å2
3----0.9698 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→18.512 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数947 0 5 186 1138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009993
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.241346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.253375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5601-1.59190.31971050.35642065X-RAY DIFFRACTION78
1.5919-1.62650.36321200.30642331X-RAY DIFFRACTION87
1.6265-1.66430.23711360.26722585X-RAY DIFFRACTION99
1.6643-1.70590.32251360.23542692X-RAY DIFFRACTION100
1.7059-1.7520.2211480.22192602X-RAY DIFFRACTION100
1.752-1.80350.21761380.19852638X-RAY DIFFRACTION99
1.8035-1.86170.2311390.19682624X-RAY DIFFRACTION100
1.8617-1.92820.21251420.17912602X-RAY DIFFRACTION100
1.9282-2.00530.19461330.17182650X-RAY DIFFRACTION100
2.0053-2.09640.2071550.17822670X-RAY DIFFRACTION100
2.0964-2.20680.20091360.17092592X-RAY DIFFRACTION99
2.2068-2.34480.2121370.17292624X-RAY DIFFRACTION99
2.3448-2.52540.20361470.17712655X-RAY DIFFRACTION99
2.5254-2.77880.18291130.17542643X-RAY DIFFRACTION100
2.7788-3.17910.19771800.17552578X-RAY DIFFRACTION99
3.1791-3.99870.17331530.16682597X-RAY DIFFRACTION99
3.9987-18.51280.1791370.16722595X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2473-0.0286-0.37881.95090.64232.04240.0341-0.65020.3044-0.04650.04670.2943-0.1443-0.2442-0.01680.14030.03780.00380.28460.00920.166344.830922.2944-1.9359
21.8892-0.32970.65581.0117-0.43481.04420.01960.7649-0.1019-0.0084-0.0527-0.23120.02110.38110.01630.0992-0.0061-0.0050.3574-0.06520.146712.973517.01042.0051
31.5986-0.4835-0.1330.55750.62650.8229-0.05610.12170.3571-0.22050.0653-0.0299-0.08370.0208-0.0080.2281-0.03610.0030.14250.03890.221723.249928.813519.6942
42.1667-0.1648-0.10690.110.34180.7112-0.01130.51410.3886-0.1873-0.0289-0.1233-0.09370.13950.08990.2505-0.04020.00830.20380.03520.271827.527327.929617.6071
50.84250.2430.33471.97230.0841.2458-0.07820.0982-0.20640.07280.1139-0.39750.01030.4297-0.10370.1697-0.0215-0.00280.2543-0.04680.220310.658217.98537.5417
60.49680.456-0.88960.7917-0.15312.47170.265-0.38650.1637-0.0546-0.1282-0.1283-0.02010.7786-0.06390.1748-0.01730.04360.4111-0.03340.206514.665625.3287-4.95
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 877:889)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 890:903)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 904:939)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 940:962)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 963:982)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 983:993)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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