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Yorodumi- PDB-3ukv: Structure of the C-linker/CNBHD of zELK channels in P 1 21 1 spac... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ukv | ||||||
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Title | Structure of the C-linker/CNBHD of zELK channels in P 1 21 1 space group, crystallized in the presence of cAMP | ||||||
Components | Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / KCNH / ELK / ERG / EAG / CNBD / CNBHD / cyclic nucleotide / cyclic nucleotide-binding domain / ion transport | ||||||
Function / homology | Function and homology information CNBH domain intrinsic ligand binding / potassium ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / potassium ion transport / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Danio rerio (zebrafish) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Brelidze, T.I. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2012 Title: Structure of the carboxy-terminal region of a KCNH channel. Authors: Brelidze, T.I. / Carlson, A.E. / Sankaran, B. / Zagotta, W.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ukv.cif.gz | 278.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ukv.ent.gz | 225.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ukv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ukv_validation.pdf.gz | 455 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3ukv_full_validation.pdf.gz | 466.9 KB | Display | |
Data in XML | 3ukv_validation.xml.gz | 26.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3ukv_validation.cif.gz | 36.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3ukv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3ukv | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3uknC 3uktC 3uk5 C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24071.785 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: unp residues 543-750 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Danio rerio (zebrafish) / Gene: CH211-11O22.2-001, ELK, KCNH3 / Plasmid: pMALc2T / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: A8WHX9 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 5 mM cAMP, 180 mM ammonium acetate, 22.5% (w/v) PEG 3350, 90 mM TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 28, 2010 |
Radiation | Monochromator: Double crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→48.76 Å / Num. all: 24491 / Num. obs: 24491 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 8.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.85 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3537 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: STRUCTURE OF THE CORRESPONDING SELENOMETHIONINE DERIVATIVE CRYSTAL Resolution: 2.7→48.759 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 0 / Phase error: 31.16 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.033 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→48.759 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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